進入開票系統，開具稅率為征收率的增值稅發票，通過“征收率開票”模塊開具適用稅率的增值稅發票，通過“適用稅率開票”模塊開具適用稅率的增值稅發票。特殊情況下，可以開具適用稅率的發票，視增值稅應稅銷售行為發生的時間而定。
具體有三種情況:對於壹般納稅人期間發生的增值稅應稅銷售行為，已申報納稅但未開具增值稅發票，需要補辦的；或者銷售打折、暫停、退貨的，需要開具紅字發票，用原適用稅率抵扣藍字發票；或者適用稅率的原始發票有誤，可以開具適用稅率的發票。