我公司出口貨物因質量問題遭退運，但已超過壹年，我已到稅務補交增值退稅，但在海關辦理清關業務時需要求

這個是正規的操作，超過壹年以上的退運貨物是不能免稅進口的；妳補交的是原來的出口退稅，因為出口有退稅但是現在退回了就必須補回去，這個是不管壹年內還是壹年外都是這樣的；然後申報進口繳納進口的關稅和增值稅，也是因為超過壹年不能免稅的原因，現在的情況妳必須交稅的，當然進口退運繳納的增值稅是否可以抵扣，倒是可以和國稅局申請壹下，抵扣掉的話其實也是沒有成本的。