(壹)影響子公司管理外匯積極性
外匯資金集中管理實現了母子公司間外匯資金的自由劃轉和內部調節，對於跨國公司來說，在外匯資金的統籌管理、節約資金成本、規避匯率風險和實現外匯資金效益最大化等方面都有積極意義。而從子公司的立場，對資金的相對控制權已經削弱，由集團來全面控制和掌握外匯資金，對子公司管理外匯的積極性會產生壹定的消極影響。
(二)加大了對外匯資金流動的監管難度
實行外匯資金集中管理後，跨國公司與所屬子公司之間頻繁劃轉外匯資金，相對單個公司，無論是外匯收支總額還是公司間外匯資金劃轉筆數都大幅增加，而大額外匯資金的頻繁流動又加大了外匯監管部門對外匯資金流動的監管難度，給外匯監管部門提出了新的監管課題。
(三)對跨境資本流動形成了沖擊
跨國公司的突出優勢是可以在全球範圍內配置資源,跨國公司對外匯資金集中管理的需求，不僅體現在境內機構外匯資金的集中，還要求與境外資金集中統壹管理，實現全球範圍內資金的集中。而現行外匯管理政策中對資本項目還未完全放開，跨國公司境內和境外成員公司的外匯資金實現跨境集中還存在壹定的限制條件。
(四)對外匯管理的“行為監管模式”形成了沖擊
跨國公司實行資金集中管理，在內部進行資源的統壹配置和使用，必然在成員公司間產生大量的關聯交易。現行的外匯管理政策中，雖在經常項下提出了 “貿易主體分類監管”的要求，但也只是在結售匯單項上實施，在資本項下未提出主體監管要求，限制企業間無貿易背景的融資行為。整體上看目前外匯管理依舊以行為監管為主，還沒有完全實現向主體監管的轉變，因此還不能適應對跨國公司關聯交易有效監管的要求。