對於投資者來說，買賣股票時如何確定要支付或收取的人民幣是壹個關註點。這裏需要註意參考匯率和結算匯率這兩個概念的區別。
參考匯率是指港股通交易日開市前，由中國結算銀行提供並通過上海證券交易所網站向市場公布的匯率。參考匯率包括兩項:港元買入參考價格和港元賣出參考價格。國內證券公司可以使用參考匯率來控制投資者的資金。即投資者買入港股時，證券公司以港幣賣出價計算投資者需要支付的人民幣資金；投資者賣出港股時，證券公司以港幣參考價格計算投資者可獲得的人民幣資金。
結算匯率是指當日收盤後，中國結算以港股通全市場的凈清算量(單邊、凈應收或凈應付)為基礎，在香港與外匯銀行進行外匯兌換後，將匯兌成本平均分攤到根據當日所有買賣交易計算的實際適用匯率。結匯匯率包括買入結匯匯率和賣出結匯匯率。
從上面可以看出，參考匯率不等於結算匯率。由於凈匯兌的安排和成本金額分攤的原則，結算匯率壹般優於上述參考匯率。即日終清算後，投資者按照賣出結算匯率計算的買入港股實際需要支付的人民幣金額，壹般會少於證券公司按照日內賣出參考價計算的金額。相反，在壹天結束清算後，投資者按照買入結算的匯率計算實際能得到的人民幣金額，壹般會多於證券公司按照當天買入的參考價計算的金額。當然，出於風險管理的需要，部分證券公司可能會在參考報價的基礎上加減壹定比例來控制客戶的資金。投資者應事先向指定的交易證券公司咨詢詳情。
每日交易開市前後，中國結算分別提供每日交易參考匯率和結算匯率，並通過上海證券交易所官網發布。
提醒投資者，港股通交易日與結算日之間的匯率波動不影響投資者參與港股通交易的資金結算，投資者無需承擔交易日與結算日之間的匯率波動風險。極端情況下，離岸人民幣市場大幅波動時，結算匯率可能會差於參考匯率。投資者應及時關註離岸人民幣市場，查詢資本賬戶余額，防止資本賬戶透支。此外，上述安排僅適用於交易結算資金的清算，公司行為結算資金(如分紅派息)壹般采用逐筆全交換安排。