外匯的收入主要源於兩個因素：外貿出口的所得和外來投資；外匯的支出則對應地源於外貿進口的支出和對外投資。
對於日本而言，它的外貿出口遠大於外貿進口，也就是所謂貿易順差，巨大的貿易順差，給日本帶來了大量的外匯。（鑒於樓主的PS內容，不復制粘貼數據了。呵呵）
在投資方面，日本是典型的避險型投資市場，或者準確地說，在上世紀90年代之後，日本成為了典型的避險型投資市場。這就導致大量國際資本緩慢而堅定地湧入日本，在近年的金融危機作用下，這個過程明顯加速。（數據略）
由於貿易和投資方面，日本都是外匯凈流入國，所以，日本的外匯儲備較大，也就不足為奇了。
附帶說三個問題：
壹：我國外匯儲備能夠超越日本成為世界上外匯儲備最大的國家，壹是因為我國的外貿始終保持順差的狀態；二是因為人民幣升值後，國際熱錢湧入明顯。
二：壹個國家外匯儲備的大小，與是否是發達國家無關，主要看這個國家的經濟結構，以及由經濟結構導致的貿易和資本流動情況。比如石油出口國，外匯儲備也會不少。而美國？外匯儲備必然很低。
三：外匯儲備大，有好處也有壞處，這個就不多說了。
純手寫，希望樓主明白了這個問題。
數據方面：
2005年據國際在線：據日本財務省20號公布的2005年度日本貿易收支快報顯示，日本05年度的貿易順差額為7兆8992億日元，比04年度減少了30.3%，時隔4年出現減少。
2006年據中國貿易救濟信息網： 2007年5月14日，日本財務省公布的最新數據顯示，2006財政年度(2006年4月1日～2007年3月31日)日本國際收支經常項目順差比上壹財年增長11.1%，達到21.2531萬億日元，連續4年刷新歷史最高紀錄。
2007年據和訊網：據日本***同通信社報道，日本財務省13日發表07年國際收支報告，日本07年國際收支經常項目實現順差25兆12億日元，較06年上漲26%，連續兩年實現增長。
2008年據南方紡織網：日本財務省9日發布的最新統計報告顯示，日本08年經常項目順差較前年下降34.3%，其中商品和服務貿易順差下降81.7%，08年全年日本經常項目順差為16.28萬億日元(1美元約合92日元)，較07年下降34.3%。商品和服務貿易順差為1.8萬億日元，較前年驟降81.7%。
2009年據神光證券網：日本財務省22日公布的年度貿易統計速報顯示,在截至今年3月31日的2009財政年度,日本貿易順差額為5.23萬億日元。
網站樓主可以自己分別查看。
資本賬方面，樓主去看壹下jasoniyy給的網站吧，那裏有05到08年的數據。妳自己整理壹下。