明尼蘇達森林狼隊作為NBA兩步擴張計劃的壹部分，同奧蘭多魔術隊、邁阿密熱火隊和夏洛特黃蜂隊壹起，於1989-90賽季加入NBA。
1989-90賽季，在等待主場球館目標中心體育館建成的日子裏，森林狼隊壹直在都市穹頂體育館作戰。11月10日森林狼隊終於取得了他們的第壹場勝利，經過加時以125-118戰勝費城76人隊。森林狼隊最終戰績是四支新軍中最好的，22勝60負。森林狼隊的防守列NBA次席，每場失分只有99.4分。理查德森也入選了NBA新秀第壹隊。森林狼隊在都市穹頂的處子賽季創下了NBA觀眾人數的紀錄，***有1072572人次前來觀戰，平均每場26160人。4月17日在他們的主場創造了NBA歷史上第三多的觀眾人數，49551人。
1990-91賽季，森林狼以壹場勝利開始，對手是達拉斯小牛隊。他們用這場勝利作為新球館標靶中心體育館揭幕，這場球的19006張球票全部賣出。在賽季之初森林狼隊起伏不定，十二月他們經歷了七連敗。壹月份，主教練比爾·穆塞爾曼摒棄了自己原來那種小心謹慎的防守球風，采用了快攻戰術。原本得分很低的森林狼隊壹下子得分暴增，在接下來的連續8場比賽中，他們每場球都拿下100分以上。這壹舉措帶來了三連勝。四月，森林狼隊得到7勝5負，球隊歷史上第壹個勝多負少的月。4月4日他們創紀錄的得到134分，戰勝丹佛掘金隊，這壹紀錄保持至今。賽季最後的8場比賽中他們贏了6場，最終的戰績是29勝53負，進步了7場球。坎貝爾仍然在得分榜上領先全隊，場均21.8分。第二個賽季結束後，穆塞爾曼被解職。新教頭吉米·羅傑斯於六月上任。
1991-92賽季，森林狼繼續快速進攻的打法，不過前10場比賽中他們輸掉了9場。之後，二年級的前鋒傑拉德·格拉斯和1989年第二輪被選中的三年級後衛道格·韋斯特代替了首發陣容中老將蒂龍·科爾賓和托尼·坎貝爾的位置。科爾賓隨後被送到猶他爵士隊，換來6尺11寸的前鋒瑟爾·貝利。新秀中鋒盧克·朗利在1991年第七位被選中，11月30日他在同達拉斯的比賽中出場4分鐘，成為第壹個在NBA打球的澳大利亞人。1月份的比賽開頭尚可，前六場中他們贏了三場。然而緊接著森林狼隊便墜入深淵，十連敗。從此這個賽季便壹瀉千裏。從2月29日到3月29日的壹個月時間他們16連敗，包括壹場86-112被薩克拉門托國王隊完爆的比賽。三月份森林狼隊經歷了球隊歷史上最差的壹個月，戰績是可憐的1勝15負。傷病襲擊了這支實力既不強，又缺乏板凳深度的球隊，傑拉德·格拉斯、托德·墨菲、菲爾頓·斯班瑟、蘭迪·布魯爾、湯姆·加裏克和托尼·坎貝爾都受傷病困擾而只能在板凳上度日。在壹敗塗地之後，球隊在賽季末取得了三連勝，這也是兩年裏全隊最長的連勝記錄。最後這個賽季以15勝67負收場，創下俱樂部最差的戰績。托尼·坎貝爾仍然在得分榜上領先全隊，但得分也只有16.8分。道格·韋斯特投籃命中率達到51.8%，創下了球隊記錄。
1992-93賽季，傑克·麥克洛斯基出任森林狼隊新的總經理。他們獲得了1992年選秀的探花簽（這也是球隊歷史上最高的選秀順位），挑選了杜克大學的中鋒克裏斯蒂安·萊特納。麥克洛斯基上臺之後的另壹項大交易是把“小熊”理查德森和薩姆·米切爾送到印第安納步行者隊，換來查克·珀森和邁克爾·威廉姆斯。賽季開始時，他們的名單中出現了六張新面孔，並且在11月取得了4勝7負的成績。12月球隊這個月的戰績是1勝12負。森林狼隊也遭受了球隊歷史上最慘痛的失敗，他們在12月5日輸給西雅圖超音速隊37分。1月11日，森林狼隊換帥，希德尼·洛代替吉米·羅傑斯出任主教練。作為當時NBA最年輕的主教練，洛帶領森林狼隊在剩下的賽季中取得13勝40負，整個賽季戰績為19勝63負。在希德尼·洛執教下球隊稍有改觀，但仍然在失敗的泥沼中掙紮。在2月18日以121-114戰勝薩克拉門托國王隊的比賽中，森林狼隊罰中40球，創下球隊紀錄，其中包括萊特納創下球隊個人單場紀錄的18次。1993年3月24日希德尼·洛的身份由臨時教練扶正為主教練。然而球隊糟糕的表現給了剛上任的主教練壹個下馬威，四月份他們以壹個12連敗開始，這是球隊歷史上第二場的連敗。賽季末，萊特納入選新秀第壹隊。
1993-94賽季，森林狼在選秀大會上用第五順位得到了內華達大學拉斯維加斯分校（UNLV）的後衛伊賽亞·萊德爾。賽季之初他們就連敗五場，賽季過半時成績是14勝27負。在剩下的半個賽季中，他們僅僅取得6勝35負，最後10戰盡敗，以可憐的20勝62負告終。盡管他們比最差的達拉斯小牛隊多勝出7場，然而在與達拉斯的六次交鋒中，森林狼隊居然輸掉了五場。盡管球迷的熱情相當高，但森林狼隊險些被賣給壹個投資集團，他們打算把球隊遷往新奧爾良。NBA主管委員會對此進行投票表決，格倫·泰勒承諾將球隊留在明尼阿波利斯。在新賽季開始之前，比爾·布萊爾（Bill Blair）取代了希德尼·洛，成為森林狼隊新的主教練。
1994-95賽季，明尼蘇達森林狼隊創下了壹項不光彩的NBA紀錄：連續四個賽季輸球場次達到60場。在初次執教NBA的比爾·布萊爾調教下，球隊再次尷尬的拿到21勝61負，在中西區墊底。森林狼隊無論在得分還是籃板方面都存在問題。在進攻端，他們平均每場得到94.2分，在27支隊伍中排第26位，繼1989-90賽季的95.2分之後再創新低。防守端，他們平均每場比對手少搶6.1個籃板，聯盟倒數第壹。他們是全聯盟唯壹壹支籃板數不足3000個的球隊。森林狼隊被10支隊伍橫掃。賽季末，前波士頓凱爾特人隊球星凱文·麥克海爾出任主管籃球運營的副總裁，代替退休的總經理傑克·麥克洛斯基。麥克海爾很快采取行動，在1995年選秀大會上大膽的用第五順位選擇了高中生凱文·加內特。
1995-96賽季，森林狼取得了建隊以來第二好的成績，26勝56負。12月，菲利普·桑德斯代替比爾·布萊爾出任森林狼隊主教練。2月份，不堪忍受球隊糟糕戰績的萊特納，和肖恩·魯克斯壹起被送到亞特蘭大老鷹隊，換來安德魯·朗和“土豆”斯伯特·韋伯。這筆交易為新秀凱文·加內特掃清了成為球隊領袖的障礙。森林狼隊在3月份取得了8勝8負的戰績。這是球隊歷史上第二次在壹個月中取得過半的勝率。盡管這種勢頭並沒延續到四月份，然而球隊發現了加內特的潛力，他場均得到10.4分，6.3個籃板，並且入選1995-96新秀二隊。
1996-97賽季，森林狼贏了40場比賽，在三月初就早早刷新了建隊以來的勝場紀錄，歷史上第壹次闖進季後賽。盡管森林狼隊首次季後賽征途是短暫的（他們第壹輪就被休斯敦火箭隊橫掃），然而它重新點燃了這座城市對籃球的興趣。賽季末加萊特離開森林狼隊，以自由球員身份和丹佛掘金隊簽約。森林狼隊為了避免類似的事情在加內特身上發生，不惜付出壹切代價。他們和加內特簽下了壹紙為期六年的巨額合約。
1997-98賽季，在開季的11勝14負之後，森林狼隊贏了接下來16個客場中的14場，最後取得45勝37負，比上賽季提高5場。12月23日他們依靠斯蒂芬馬布裏的35分和創球隊記錄的8個三分球，在客場戰勝西雅圖超音速隊，從而結束了對超音速的26連敗。壹周以後，他們歷史上首次戰勝了芝加哥公牛隊，結束了對公牛的16連敗。從1月9日到21日，森林狼取得七連勝，這也創造了球隊紀錄。在三月底，全隊開始逆轉，在最後16場比賽中取勝12場，使他們占據西區第七，成功進入季後賽。森林狼隊在季候賽首輪遇到了西雅圖超音速隊，他們同森林狼的總戰績史32勝4負。超音速隊第壹場比賽大勝兩天後，他們以98-93復仇，之後轉戰主場目標中心體育館，又以98-90取勝。這是他們季後賽的首次勝利，森林狼隊距離西區半決賽壹步之遙。超音速仍然在五場比賽中得到了最終的勝利。
1998-99賽季，明尼蘇達失去了他們核心三人組的三分之二，湯姆·古格裏奧塔和太陽隊簽約，斯蒂芬·馬布裏被交換到新澤西籃籃網隊。但凱文·加內特仍然帶領著森林狼隊連續第三年闖入季後賽。在縮水賽季中森林狼隊取得了25勝25負，在季後賽第壹輪敗給聖安東尼奧馬刺隊。森林狼隊在系列賽中的第二場獲勝，這也是馬刺隊整個季後賽僅有的兩場失利之壹。
1999-2000賽季，森林狼取得建隊歷史上最好的50勝32負。這是他們連續第三個勝率過半的賽季，也是連續第四次闖進季後賽。森林狼隊在季後賽首輪遭遇波特蘭開拓者隊，最終以1-3告負，他們僅僅取得了系列賽中第三場的勝利，在主場目標中心體育館以94-87戰勝對手。
2000-01賽季，森林狼似乎要為生存而掙紮，他們對球隊發生的事情無能為力。上賽季剛剛結束的時候，森林狼隊失去了馬利克·希利，他不幸在壹次車禍中喪生。十月，NBA宣布前鋒喬·史密斯和森林狼隊的合同無效（他之後在十壹月和底特律活塞隊簽約）。球隊在2000-01賽季迎來了昌西·比盧普斯、拉方索·埃利斯、雷吉·斯雷特、托德·戴和後來的菲利普·洛佩斯。他們以47勝35負的成績結束常規賽，連續第四個賽季勝率過半，並連續第五次進入季後賽的地位，並且在西區排名第八。他們47勝的戰績是有史以來第八名最好的成績。森林狼隊在第壹輪遭遇聖安東尼奧馬刺隊，他們在第三場中取勝，但最後還是以1-3敗北。森林狼隊創下了建隊以來主場取勝最多的紀錄，他們在主場取得30勝11負。4月8日狼隊在主場輸給洛杉磯湖人隊，結束了主場10連勝，這也是球隊歷史上單季主場連勝紀錄。
2001-02賽季，森林狼以30勝10負開始，最終以平隊史紀錄的50勝結束，連續第六次挺進季後賽，加內特也如願以償獲得了MVP。他們作為西區第五，在季後賽首輪遇到西區第四達拉斯小牛隊，然而在僅僅三場比賽之內就被小牛隊解決，這是他們連續第六年在季後賽首輪就被掃地出門。
2002-03賽季，森林狼取得51勝31負，這是球隊歷史上最好的成績。這個賽季使球隊連續第六年勝率過半，也使球隊連續第七年出現在季後賽中。在季後賽第壹輪中他們以2-4敗在試圖第二次衛冕的洛杉磯湖人隊手下。
2003-04賽季，森林狼收羅了拉特雷爾·斯普雷維爾、薩姆·卡塞爾和邁克爾·奧洛沃坎迪以強化陣容。但是讓這些新球員融入球隊陣容起初卻很艱難，森林狼在11月結束的時候僅拿到了9勝8負的戰績。12月森林狼開始成形，全月僅輸2場，成為中西部分區冠軍的有力競爭者。隨著加內特幾乎每場都貢獻兩雙的表現，森林狼整個賽季都位居聯盟最佳球隊之列，加內特以24.2分13.9籃板的場均表現拿到了他的第壹座最有價值球員獎杯，森林狼也以58勝24負的戰績拿到了西部頭名。首輪4比1戰勝掘金之後，森林狼面對的是歷經季後賽檢驗且壹心想要晉級總決賽的薩克拉門托國王隊。經過隊史第壹次的第七場決勝戰，狼隊4比3戰勝國王，晉級西部決賽。面對擁有“F4”的湖人，最終2比4不敵敗北。
2004-05賽季，新賽季剛開始就遇到了問題，拉特雷爾·斯普雷維爾和薩姆·卡塞爾雙雙對他們的合同狀況表達了不滿。他們都把這種不滿帶到了球場上，整個賽季都表現不佳，也都比上賽季有了大幅下降，森林狼始終沒能順利前進。整個賽季勝率都在50%附近徘徊的森林狼似乎遇到了延續整個賽季的大霧，他們在1月份的最初8場輸掉7場，掙紮持續到2月份，主帥菲利普·桑德斯被炒，總經理凱文·麥克海爾接手球隊試圖拯救這個賽季。但是奇跡沒有發生，森林狼整季都繼續著他們平庸的發揮，最終以令人失望的44勝38負戰績名列西北區第三名，自1996年以來第壹次無緣季後賽。
2005-06賽季，森林狼聘請了新主帥德維恩·凱西，引入了壹些新球員，包括將薩姆·卡塞爾送到洛杉磯快船隊換來了馬科·賈裏奇。壹開始，新球員看起來適應得很好，森林狼打出了不錯的開局，前18場贏得12場。但是這未能延續下去，隨後的14場比賽森林狼只贏下3場。為了尋求更多的變化，森林狼在1月26日將沃利·斯澤比亞克、德維恩·瓊斯和邁克爾·奧洛沃坎迪以及壹個未來的首輪選秀權送到波士頓凱爾特人，換來了裏基·戴維斯、馬克·布朗特、賈斯汀·裏德、馬庫斯·班克斯和兩個未來的第二輪選秀權。在交易完成後，森林狼並沒有打得更好，在2月份打出可怕的3勝11負，季後賽希望迅速消退。他們隨後以糟糕的33勝49負結束賽季，排名西南分區第4，連續第二個賽季無緣季後賽。
2006-07賽季，凱文·加內特繼續作為獨狼而戰鬥，森林狼沒有多少有才華的球員幫助他。選秀日和波特蘭開拓者的交易是失敗的，森林狼和開拓者交換選秀權，將布蘭頓·羅伊送出，換來了蘭迪·弗耶。弗耶在自己的新秀賽季表現掙紮，而羅伊卻極為出色，最終贏得了最佳新秀。凱文·加內特持續表達他對球隊的不滿，他打出了又壹個不錯的賽季卻依然無法換來回報，球隊表現掙紮而平庸，每壹次強勢的連勝都會被同樣的甚至更長的連敗所抵消。他們打到20勝20負的時候，主帥德維恩·凱西被解雇，取代他的是蘭迪·威特曼。主帥的更替沒能收到效果，森林狼在新帥帶領下打得更差了，他們最終以糟糕的32勝50負結束了賽季，連續第三年錯過季後賽。
2007-08賽季，森林狼將球隊的特權球員凱文·加內特交易到波士頓凱爾特人隊，換來了艾爾·傑弗森、西奧·拉特利夫、傑拉德·格林、塞巴斯蒂安·特爾費爾、萊恩·戈麥斯和兩個首輪選秀權以及現金。這是NBA歷史上為交易壹名球員付出的最大規模的球員和選秀權打包。總經理凱文·麥克海爾完全徹底地肢解了球隊，以推倒重來。盡管傑弗森在明尼蘇達的第壹個賽季取得了成功，場均21分11.2籃板，但加內特留下的空缺對森林狼來說太難以填補，他們開局是糟糕的5勝34負。在賽季後半段，森林狼的表現稍微地有競爭力了壹些，他們逃離了倒數第壹的位置，以22勝60負結束賽季，位列西北區第四。
2008-09賽季，艾爾·傑弗森繼續成為球隊唯壹的亮點，明尼蘇達的其他位置全都暗淡無光。森林狼繼續掙紮，在前19場比賽中輸掉15場，主帥蘭迪·威特曼被解雇。取代威特曼的正是聘請他的那個人，凱文·麥克海爾被剝奪了總經理職責，而在12月8日被任命為主帥。而森林狼賽季初從孟菲斯灰熊隊獲得了凱文·樂福，場均11.1分和9.1個籃板正式宣布森林狼開始崛起。
2009-10賽季，森林狼送走了邁克·米勒和蘭迪·弗耶，從奇才換來三名球員和首輪第五號選秀權。這筆交易完成之後，森林狼已經擁有了4個首輪選秀權。他們用5號簽選擇了西班牙後衛裏基·盧比奧，6號簽選中了錫拉丘茲大學的控衛喬尼·弗林，18和28號簽分別選中了北卡羅來納大學的後場組合泰·勞森和韋恩·埃靈頓。盧比奧最終選擇留在西班牙，勞森被交易給了掘金，而弗林則成為球隊新賽季的正選控衛後衛。森林狼繼續在低估徘徊。艾爾·傑弗森雖然健康地打滿了整個賽季，但是狀態壹直沒能恢復到受傷前的水準，新秀弗林在組織工作上也還有很大欠缺，賽季結束時，他們只收獲了15場勝利，最終排名西部墊底，僅比籃網多贏3場球。
2010-2011賽季，艾爾·傑弗森被交易到爵士，凱文·樂福被扶正為首發，也迎來了他爆發的壹年。邁克爾·比斯利正式與明尼蘇達森林狼隊簽約，和凱文·樂福組成了森林狼恐怖的鋒線。雖然森林狼戰績17勝65負，但使球迷看到了森林狼崛起的希望。凱文·樂福獲得了年度進步最快球員獎，場均20.2分，15.2個籃板的數據使得凱文·樂福擠入壹流大前鋒行列。連續兩雙的紀錄達到53場，勒夫取代了前輩摩西·馬龍所創造的連續50場比賽拿到兩雙的記錄。
2011-12賽季，縮水賽季。這個賽季森林狼迎來了他們賽兩個賽季前選到的在歐洲賽場上才華橫溢的天才金童，裏基·盧比奧，簽下了J.J·巴裏亞，在選秀夜用榜眼簽簽下了德裏克·威廉姆斯，以及凱文·樂福和尼科拉·佩科維奇的成長。麥克海爾卸任離開狼隊，裏克·阿德爾曼成為了森林狼的新主帥。但是在2012年3月9日主場與湖人的比賽中，盧比奧膝蓋被科比撞傷，賽季報銷。森林狼的傷病名單開始暴增，戰績壹路下滑，最終仍舊無緣了季後賽。
2012-13賽季，俄羅斯雙槍安德烈·基裏連科和阿萊克斯·舍維德加入，布蘭頓·羅伊復出。但凱文·樂福只打了18場比賽，羅伊只打了五場比賽就宣告傷病反復最終再度退役，盧比奧直到聖誕節才復出，巴丁格季初閃光了幾場就受傷，手術。到2月時森林狼的傷病使這支球隊最少只剩下6個人能打球，本賽季狼隊再次無緣季後賽。
2013-14賽季，基裏連科被桑德斯送去布魯克林籃網隊，隨後迎回科裏·布魯爾，續約巴丁格並以千萬年薪續約佩科維奇，簽下凱文·馬丁。季初交易走了德裏克·威廉姆斯，換來凱文·樂福的大學隊友，盧克·理查德·巴莫特。在賽季結束後，森林狼有聯盟第十三的籃板率。還有聯盟第十的進攻效率和聯盟第十六的防守效率。賽季僅僅贏了四十場勝利並且離季後賽的大門還差九個勝場。
2014-15賽季，森林狼16勝66負，聯盟墊底。凱文·勒夫在賽季前交易期送去騎士，並且換來了兩位加拿大狀元安德魯·威金斯和安東尼·本內特。前者打滿82場，場場首發，並且獲得全明星新秀挑戰賽MVP。後者被稱為水貨狀元，在森林狼依舊沒有起色。2014選秀用首輪13號選下了來自UCLA的扣籃高手紮克·拉文，由於盧比奧受傷缺席了賽季大部分比賽，拉文被扶正為主力控衛，並且獲得了15年全明星扣籃大賽的新扣籃王。在2月份交期截止期前又用賽迪斯·楊換回了闊別8年的精神領袖——狼王凱文·加內特。