孤島驚魂5壹***有三個結局，第壹結局是隱藏結局，神父離開，第二結局是反抗結局，主角被洗腦，在車上會殺死警長和所有人，第三個結局是反抗結局，主角只身壹人前往教堂面對神父，最終會引發核彈的爆發。
孤島驚魂5三個結局分別如下：
1、隱藏結局
第壹結局，也就是隱藏結局，坐飛機到神父那不用抓，等壹會會自動觸發離開動畫
2、悲劇結局
第二結局，最後的選擇壹 離開，被精神控制了的盟友不會殺了妳的朋友，然後妳和妳的朋友離開，不過妳的盟友全部留下，因為主角被雅各做了壹種實驗聽見歌曲《Only you》就會性情大變，所以在離開中車上警長點開了收音機，收音機會播放那首曲子，觸發悲劇結局。
3、反抗結局
第三結局，最後的選擇二，反抗全部被精神控制了，需要打倒自己盟友和朋友，救起來就清醒全部救了打倒神父，逮捕神父中會觸發核爆劇情，倒計時之前趕往堡壘(觸發成就永遠在壹起)，觸發劇情車上朋友全死了神父不見自己也暈了。然後被人帶到堡壘裏，突然醒了和開頭壹樣不過這次是神父不是老兵。