中乙聯賽預賽階段分為南北兩個賽區, 分別進行主客場雙循環比賽。全國總決賽階段則采用主客場淘汰制，所有比賽不準俱樂部使用外援，加上有年齡限制(每支球隊25歲以上的隊員不能超過5名)。 中乙聯賽決賽階段為兩個賽區的前四名組成的杯賽。
八強賽和半決賽為主客場淘汰賽，決賽和季軍爭奪賽為壹場定勝負的比賽，主場由參賽兩隊主場抽簽產生。具體分組為上半區：A1對B4，A3對B2；下半區：A2對B3，A4對B1。 2007賽季改變賽制，由原來預賽每區前四名球隊晉身八強賽(兩回合合計)，改為兩支預賽冠軍直接進入四強賽，每區第2至4名球隊加上大學生足球聯賽的冠亞軍則先晉身八強賽。
決賽(於四強賽兩支勝方的球隊爭奪)，亦設有季軍戰(由兩支於四強賽落敗的球隊爭奪)，而聯賽的冠亞軍(2007賽季為前三名)將獲得來季升上中甲聯賽的資格。
到2010賽季，由於參加聯賽的球隊為改制後最少，僅有10隊。中乙聯賽首次采用四循環賽制，也就是每兩支球隊之間壹個賽季要對陣四次，分別打兩個主場和兩個客場。預賽每區前三名球隊晉身全國總決賽階段，中國足協又取消了大學生聯賽前兩名的參賽資格。預賽冠軍直接進入四強。北區亞軍對陣南區季軍，南區亞軍對陣北區季軍，爭奪另外兩個四強名額。四強賽獲勝的兩隊將獲得來季升上中甲聯賽的資格。
到2011賽季，賽制恢復為2007年之前的賽制。
擴展資料：
中乙聯賽標誌
該標誌由廈門日報社美術編輯陳聰榮設計，於2008年4月2日由中國足協發布並啟用。 為進壹步規範中國足球協會乙級聯賽(中乙聯賽)的管理，加強中乙聯賽的宣傳，擴大影響，促進發展，中國足協於2006年初通過網絡公開向社會征集中乙聯賽標誌(LOGO)，截止到2008年初，***收到應征稿件近80份。經過嚴格的挑選程序，最終確定由廈門日報社美術編輯陳聰榮設計的標誌為中國足球協會乙級聯賽標誌。
中乙聯賽獎牌
中乙聯賽獎牌有金銀銅三種，分授冠亞季軍。以2010年獎牌為例，其正面有“中國足球協會乙級聯賽”字樣和中乙聯賽的標誌，背面有“第壹名”等名次字樣和年份。獲得年度中乙聯賽前三名的俱樂部球隊，各頒發獎牌40枚。
中乙聯賽冠軍獎杯
中乙聯賽的冠軍獎杯正式名稱是“中國足球協會乙級聯賽冠軍杯”，簡稱“中乙聯賽冠軍杯”。該獎杯是流動獎杯。獲得年度聯賽冠軍的俱樂部球隊名稱將刻在流動獎杯上。
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