巴馬科這個名稱，在馬裏班巴拉語裏，有兩種解釋。壹種是，“巴馬”意為“鱷魚”，“科”作河流講，合起來即“鱷魚河”。據說，500多年前班巴拉族人遷徙到這裏時，發現尼日爾河裏的鱷魚成群，時常傷害人、獸。壹位名叫迪亞拉·穆薩的勇敢獵手，殺死了那些兇惡的鱷魚，使人們在河岸壹帶定居下來，形成壹個村落，並給這個村落命名為“巴馬科”。另壹種解釋是，從前有壹個獵人名叫班巴，“科”是“子孫”之意，巴馬科則解釋為獵人班巴的後代。
巴馬科是壹座歷史悠久的古城，這裏曾經是非洲歷史上第壹個統壹的黑人王國——馬裏帝國（公元13世紀至15世紀）的中心，在法國殖民主義者侵占之前，是當時橫貫撒哈拉沙漠貿易的貨物集散地之壹。1883年，被法國殖民主義者占領後，便由壹個商鎮逐漸成為法國殖民統治中心的所謂法屬蘇丹的首府，也是法國殖民者在非洲的壹個立足點。1904年，同塞內加爾的鐵路修通後，巴馬科的城市建設獲得了迅速發展。