弟弟：西蒙（1992年1月1日生）
妻子：莉莎（2008年開始交往，2009年夏天訂婚 公證處：慕尼黑伊斯曼寧 ）穆勒認識麗莎時，還是個預備隊球員。有壹次，穆勒的隊友巴德和女朋友琳娜吵架，巴德拉上穆勒助陣，琳娜邀來麗莎助陣。穆勒和麗莎為了替各自的朋友出氣，甚至吵了起來。麗莎表示，他們當時都有點兒恨對方，從此再無往來。與麗莎相戀時，穆勒還是個剛簽完合約的二隊隊員。麗莎告訴他：“妳壹定能成為職業球員，壹定能成為國家隊隊員。”麗莎是壹位出色的騎師和馴養員。當麗莎在馬廄裏忙活的時候，穆勒也會親切陪伴，“我壹般就是在旁邊站著看，別顯得太傻就可以了”。
2009年，兩人低調完婚，幾乎每場比賽麗莎都會到場觀戰，穆勒最愛的慶祝進球動作，便是向妻子所在的看臺飛吻。麗莎說，對她而言，穆勒依然是那個風趣幽默的普通人，從未變過。幽默是這對小夫妻愛情保鮮的秘訣。穆勒說：“她會和我壹起在家放聲大笑，我們倆很擅長在家裏找樂子，雖然我不清楚幽默感在我追她的過程中起了多少作用，但肯定是有用的。”
拜仁社交王：德國《圖片報》對拜仁慕尼黑眾球星的facebook粉絲數量做了排名，其中穆勒名列榜首。根據此榜單，德國國腳穆勒擁有拜仁隊中最多的facebook粉絲數量，超過490萬，他個人主頁更新的頻率在拜仁隊中也是最快。在壹次采訪中穆勒對《圖片報》透露過，網頁上的內容都是他自己更新的。