亞美尼亞與阿塞拜疆這兩個國家的打仗的主要原因還是領土之爭，沖突主要因為納戈爾諾.卡拉巴赫地區（簡稱納卡）的歸屬問題。
自“十月革命”蘇聯成立後，亞美尼亞和阿塞拜疆對於納卡的歸屬問題壹直爭吵不休，先是蘇聯高加索局將納卡劃分給新成立的亞美尼亞，後有收回之前的決議，把納卡又分給阿塞拜疆作為獎賞，但這個地方94%人口是亞美尼亞人，這導致了日後的巨大爭議。
在蘇聯強盛期間，兩國尚且能夠被壓制住，但臨近蘇聯解體前，也就是1988年，兩國矛盾終於爆發。起因是阿塞拜疆試圖將納卡地區全面“阿塞拜疆化”，不斷增加納卡的阿塞拜疆人數量，同時減少亞美尼亞人口，至1988年，納卡的亞美尼亞人口已遞減至總人口的三分之壹。
當地亞美尼亞領導人抱怨當地學校既沒有亞美尼亞語教科書，電視上也沒有亞美尼亞語節目 ，提出決議將納卡地區並入亞美尼亞。
阿塞拜疆認為這是無理要求，戈爾巴喬夫也發表聲明表示不同意，但此時的蘇聯已經是力不從心。亞美尼亞族和阿塞拜疆族居民之間在納卡、蘇姆蓋特市、巴庫等地區爆發了劇烈的沖突，造成了很大傷亡。兩國人民深受其害，阿塞拜疆的大部分亞美尼亞人被迫逃回亞美尼亞，大部分亞美尼亞的阿塞拜疆人也被迫返回阿塞拜疆。
兩國獨立之後，紛紛組建了自己的軍隊，納卡地區也組建了亞美尼亞人軍隊，沖突越來越激烈，斷斷續續地不停發生小規模戰爭，但納卡卻牢牢地被納卡軍隊控制住。
國際組織多次調停，但都沒有什麽效果，三方都拒絕首先讓步。阿塞拜疆認為，要討論納卡地區的最終地位，亞美尼亞必須從所有占領區撤軍；亞美尼亞則堅持，先對納卡地區地位達成***識，然後才能撤軍；納卡當局則要求先獲得正式承認，再開展進壹步談判。
納卡軍隊在亞美尼亞的支援下不僅擊退了阿塞拜疆的無數次進攻，而且進壹步占領了納卡周圍原屬阿塞拜疆的7塊地區，這些地區加起來占原阿塞拜疆領土的13.4%。面對不利戰局，阿塞拜疆被迫承認納卡當局為談判方，從而開啟了直接談判進程，1994年5月，在俄羅斯的調解下，阿塞拜疆、納卡和亞美尼亞在比什凱克簽署了停火協定。
之後納卡地區維持了短暫的和平，從2016年起又爆發了激烈的沖突，再到如今戰火重起，根本的原因還是領土歸屬的問題以及大國之間博弈的問題。