1、主要業務不同：證券公司是壹種提供證券經紀和證券交易服務的金融機構，其主要業務包括股票、債券、基金、期貨等證券的交易和承銷、證券投資咨詢、資產管理等業務。基金公司是壹種專門管理投資基金的金融機構，其主要業務包括基金的募集、管理、銷售和贖回等業務。
2、服務對象不同：證券公司是由證券監管部門批準設立的，其主要服務對象是個人投資者和機構投資者。基金公司由基金業監管機構批準設立，其主要服務對象是廣大投資者。