1987年，佩林成為了南錫隊的梯隊教練，從而開始自己的執教生涯。1993/94賽季，36歲的佩林接手了當時尚在丙級聯賽混跡的家鄉球隊特魯瓦，三個賽季後率隊升上乙級，
1998/99賽季則以乙級聯賽第三名的身份成功升入法甲。
1999-2000賽季，佩林率特魯瓦以13勝4平17負積43分、聯賽第14名的身份保級成功，逐漸在法國足球界名聲鵲起，在此後兩個賽季中，特魯瓦逐漸在法甲聯賽中站穩腳跟，連續兩個賽季獲得參加歐洲托托杯的資格，並在歐洲賽場有不俗表現，曾有淘汰紐卡斯爾聯隊晉級歐洲聯盟杯第二輪的佳作。在特魯瓦的成功讓佩林在2002年夏天得到了入主馬賽的機會，隨後他還曾短暫轉戰阿聯酋阿爾-艾因隊。
2005年5月，他接替紮耶奇擔任樸茨茅斯主帥，盡管幫助“龐貝軍團”在那個賽季保級成功，但是在接下來的2005/06賽季中途便因戰績不佳被解職。在佩林入主弗拉頓公園的八個月內，他在20場比賽中僅僅取得4場勝利。
2006年夏天，從樸茨茅斯下課的佩林接過索肖帥印，將索肖帶到了聯賽第七名的位置，並擊敗老東家馬賽勇奪法國杯冠軍。佩林在索肖的成功大大增加了他在法甲豪門裏昂俱樂部主席奧拉斯心中的印象分。早在2002年桑蒂尼離開裏昂到法國隊上任之時，奧拉斯便有意將裏昂帥鞭交給佩林，但最終是勒岡成為熱爾蘭球場的主人。時隔五年之後，2007年佩林借法國杯冠軍這塊敲門磚，與奧拉斯再續前緣。
2007/08賽季法甲聯賽佩林率領裏昂成功衛冕，並且創紀錄的獲得了七連冠，這也是五大聯賽中首支聯賽七連冠球隊，此前僅有尤文圖斯(1931-35)和皇家馬德裏(1961-65,1986-90)奪得過5連冠。2008年11月正式出任聖埃蒂安隊主教練。
2010年開始，佩林開始長期在西亞執教，在卡塔爾的阿爾科爾隊執教後轉戰卡塔爾國奧隊，還曾執教阿爾加拉法、烏姆薩拉爾，與卡塔爾足球的淵源頗深。