人類在公元21世紀末結束了國家割據的局面，成立了全球城市聯盟體，和月面都市壹起，成立名為 “新藍星聯邦”（Neo Gaiya Federation NGF）。統壹廉潔高效的聯邦體將人類全體的力量集中，最直接的效果就是進入公元22世紀後，各項應用型科技都大大的超越了21世紀人們所預測的極限，量子通信、宙航行和行星殖民技術讓人類在22世紀初就在月球上建立起了繁華的城市，以基因改良和人造生命為代表的超級生物科技則讓人類不斷超越自然生命極限，以至於22世紀後出生的人類全部都經過基因優化，並且植入了可自動升級的納米機械，這些新生兒壹出生就具有了能夠快速學習的大腦，強壯的、能夠抵抗幾乎所有疾病的身體，超過50年以上的年輕生命力……為了紀念這個嶄新的時代，新藍星聯邦正式放棄公元紀年，宣布月球殖民紀元M.C.（MoonColony）的到來。
就在全人類慶祝月球永久基地群全面完工的時候，在月球背面的壹處未命名的環形山地面下，M.C時代迎來了新世紀最大發現——壹艘巨大的太空船殘骸，以及遍布在殘骸內部和周圍的褐黃色類水晶礦群，NGF立刻開展了長達半個世紀的調查和研究，最後確定此殘骸是第二類文明產物，且早在人類出現以前就墜毀在此。這些短短的信息卻將人們的視線從那片褐色類水晶礦群轉移開來，NGF便開始秘密且緊急的研究這群不明礦物的神秘力量。
M.C0057，NGF下屬科技團體——盤龍（P.L.O.N-Particle Liberationer Of NGF/Physics Lord Of Nanotech;意為NGF粒子解放者組織/納米物理學領袖），在兩代科學家的潛心研究下，終於揭開了黃色類水晶的秘密——幻能晶體顆粒，而這些水晶也被稱作幻能水晶。幻能水晶最大的作用和最神奇的能力，就是能和精神力產生***鳴，調動周遭的非生命力元素，組成各種各樣的物質形態，比如瞬間制成壹輛汽車，壹枚導彈，甚至壹艘超級飛船——當然需要相當的精神力控制才能辦到。
M.C時代迎來了繼開發月球後第二次革命，幻能晶體開始大規模使用，不論在地球上還是月球。人類傳統的生產科技被全面取代，各式舊制造科技相繼淘汰，幻能晶體的儼然成為了“上帝水晶”，牢牢的深入到人類生活的方方面面。
但，正如華夏文明中壹句古訓：物極必反——全面的繁榮過後，危機開始悄然出現。
M.C.0179地球上最大的生物科研組織——“古都”（G.U.D.U Gene Upgrade&Develop Union 基因化 發展聯盟），開始嘗試在基因改良和人造生命技術中添加幻能晶體，本意是嘗試更好的讓納米機械和人體結合並且***同進化，結果卻出現了災難般的結果——當科學家在細胞培養液中添加微量的幻能晶體後，細胞體開始瘋狂的生長，並且迅速的突破了生命形態極限，第壹批始祖異化種物就這麽出現了，這群體格巨大、面目猙獰的爬蟲哺乳類混合生物在眨眼時間內就用狂暴的力量破壞了古都中心城鎮的壹切，NGF聞訊大驚，立刻調動部隊予以剿殺，剿殺結果卻十分的悲慘——由於NGF成立後，人類不斷限制軍事力量發展，以至於到MC年代使用的仍是21世紀前的舊式武器，而且這群由治安部隊組建的臨時軍隊，本來就缺乏實戰經驗，更缺乏面對異化生物的實戰經驗，在龐大的始祖異化生物攻擊下，剿殺部隊被迅速的殺戮殆盡。就在NGF焦頭爛額卻又無能為力的時候，始祖異種生物停止了擴張，這讓NGF高層和全體人類誤以為災難已經過去，而實際上這群擁有本能智慧的異種生物則激活了壹個世界末日——幻能輻射爆發。
原來異種生物在幻能晶體的影響下其精神波長變得十分狂暴嗜血，而這些狂暴精神能量反過來又加速刺激幻能晶體釋放出激烈的、不穩定的幻能輻射，始祖異種生物憑借匪夷所思的能力，將體內的狂暴幻能晶體輻射引爆，輻射波長開始幹擾周遭城市中所有由幻能晶體制造的事物，並且引發諸如核裂變壹樣的連鎖反應，凡事被幻能輻射刺激的城市開始相繼坍塌，毀損，只留下舊時代那些“由淘汰技術建造的古跡”。同時，在幻能輻射的影響下，自然生物開始發生突變，昆蟲體型變得巨大，植物也將根莖從土壤中拔起，伺機攻擊路過的生物……而人類在這場劇烈的變動中，顯得是那麽的弱小和無力。到M.C.0180，短短壹年的時間裏，地球表面的城市中壹半變成了塵土和沙礫，曾經繁華的超級都市也在異種生物和幻能輻射引起的地址變動下或沈入海底、被火山灰覆蓋或者被異化植物包裹成死城，而月球則幹脆被高濃度的幻能水晶輻射照射引發大爆炸，塵埃中的月球已經變成壹個異化生物聚集地。新藍星聯邦就此覆滅，人類仿佛進入了最為黑暗的年代。
然則，往往在最黑暗的時候，人類的底力才會爆發出來。
M.C.0200年，幻能輻射消退4年後，在原歐亞大陸邊東部海岸，殘存的人類組織重新開始活動，首當其沖的就是盤龍——這個將幻能水晶帶入人類生活的高科技組織，在研究幻能水晶之初就開始了壹項連NGF都不知道的秘密計劃——“超神子”（The “Godless Child Project，簡稱GC計劃），由於精神力在21世紀末就被科學的定義並開始實際應用，到盤龍科學家發現幻能水晶能夠和精神力***鳴的時候，GC計劃便立刻出現了實際成果——第壹批能夠用精神力自由釋放幻能輻射力量的超能力兒童，他們比壹般的基因改良兒童更強大——不光是基本的智慧和體能，他們還能夠操控NGF不被允許的強大力量——幻能元素。比如釋放火焰和閃電，有的還能釋放高強度的的精神力聲波。在異種生物災變爆發之前，盤龍秘密將他們撫養成人，並悄悄安排他們在盤龍集團內部擔當幹部或特殊員工，有的聲波元素操控者還因為在音樂上的衍生天賦，被包裝成明星歌手或藝人。直到災難年代到來，盤龍失去了原本在月球的總部，留在地球上的成員也在異種生物攻擊下元氣大傷，隱匿在歐亞大陸東北部的群山之中。現在重新出現，很大程度上都依靠了GC計劃那壹批超能力兒童，已為成人的他們以殘存的人類自居，運用這些元素力量清理了當地的異能生物，同時盤龍開始重新使用舊時代技術建立新的地表城市，還有武裝力量，最後到M.C.0330年，盤龍聯合周遭幸存的小型城鎮,正式宣告成立了盤龍聯邦政權，並重新定義盤龍名稱含義為P.L.O.N (Psyche-power Liberationer Orbit of Neosaga),即新世紀精神力解放者（集團）。同時早先第壹批CG計劃的元素使者們通過自然方式孕育的後代，也傳承了他們父輩和母輩的能力，以自己的意誌開始在這片毀滅後的地球上反擊異種生物，重建家園。
第二股毀滅後人類力量則是古都集團，這個直接導致世界末日的科研集團，是第壹批遭受異種生物攻擊的人類，若不是自NGF建立之初就開始建設的地下防護和安保設施，這個位於歐亞大陸東南地區的古都集團城市，早已和其他地表城鎮壹樣變成歷史。在躲入地下的古都科研部後，古都的基因科學家開始重新審視幻能水晶的力量，並壹致認為過度依賴幻能水晶力量是錯誤的，於是他們和盤龍集團壹樣開始重新研究傳統科技，嚴格控制幻能水晶的使用。但由於地表上依然盤踞著強大的異種生物，古都的科學家明白如果想回到地面，就必須要擁有自己的武裝力量——於是便開始了“光明熾天使計劃”（The “Bright Serafim”Project），古都科學家使用他們最為擅長的基因技術，在舊時代的強化人科技基礎上，決心創造出人類史上最強大的改造戰士。第壹批試驗戰士全部是基因改良的克隆體，在基因優化上也全面的偏向戰鬥能力和生體存活能力，但由於缺乏熱兵器庫存和制造技術，也受限於有限的地下資源，第壹批光明戰士在地上異化生物的圍攻中彈盡糧絕，死傷殆盡，同時古都基因科學家發覺即便是體能到人體物理極限的光明戰士們，在面對異化生物鬼怪般的恐怖力量下，依然存在著明顯的能力懸殊。在這種情況下，古都科學家不得不再次依靠幻能水晶的力量，經過復雜和嚴苛的研究，古都科學家終於成功通過壹套復雜的微晶片和超合金封裝技術，將幻能輻射中壹種特殊的幻能元素引導出來，也就是幻能光元素，為了讓光明戰士們能夠使用這種強大的力量，古都科學家將這套復雜的設備制造成古代盔甲的樣子穿著在戰士身上，最後決定讓光明戰士們使用刀劍盾牌這種遠古的方式進行戰鬥。結果是振奮人心的，第二批光明戰士借由全身的幻能晶片盔甲和盾牌，能夠有效的抵禦異能生物的攻擊，而光元素能力仿佛是異化生物的克星，無數異化生物死在了光明戰士們的刀劍之下。M.C.0313年，古都集團在總部原址上建立了新的地面城市，為了爭取更多的生存資源，也為了和新生的盤龍聯邦對應，古都聯合不願意加入盤龍的城鎮壹起，成立了新的古都聯邦。
相對於盤龍和古都，最後壹個人類聯邦——漠北聯邦的出現，顯得是那麽的低調又突然。早在21世紀，漠北地區的沙漠化可以說是全球最為嚴重的地方，而漠北的人民長期以來獨立生活在世界邊緣，有著強烈的地域民族情結，在NGF成立後，該地區也壹直都是問題矛盾多發地，最後漠北地區實際上已經被NGF放棄管理和改造，任由該地區人民在自己的土地上自治。所以在NGF帶領全球人類大踏步的普及新科技，特別是幻能水晶技術的時候，漠北地區還是保持的21世紀的生活習慣和技術傳統，這曾經壹時被發達地區人民認為落後和原始的沙土上，卻在幻能水晶爆發的災難後表現出讓人乍舌的完好性——因為漠北地區基本沒有使用幻能水晶那樣被當地人詛咒的外星技術，所以他們的城鎮基本上沒有被幻能輻射所破壞，大部分城鎮房屋都是在與侵入的異種生物的戰鬥中毀損的。漠北的人民英勇善戰，他們是唯壹壹個沒有遵守NGF規定銷毀所有武器和生產線的地區，所以漠北地區的人們保留了21世紀遺留的軍事力量，槍械、舊式坦克、噴氣式戰鬥機、直升機，甚至還留有海上軍艦和21世紀末超級武裝機甲的制造技術。所以漠北的人民在始祖異化生物造成的影響開始，壹直憑借這些軍事力量在地表上堅持和異化生物進行戰鬥，比起躲在地下避難所的其他人群，漠北的戰鬥減員速度是相當驚人的，到幻能輻射消退後，漠北的人們才得以喘口氣，壹邊保持基本的防衛力量壹邊著手重建家園。直到M.C.0301年全球衛星通訊恢復後，漠北的抵抗組 織才知道了盤龍和古都聯邦的成立，同年散布在漠北聯邦的抵抗組織發表聯合聲明，宣告聯邦的成立，漠北這個泛指的地區名變成了壹個正式的聯邦組織，並賦予了新的意義：漠北 M.O.B.E.I=Military Organization for Bio-xeno Enemy Invade/對異端生物反侵略軍事同盟。漠北聯邦的成立，正式形成了重建大陸上三足鼎立的局面。
到M.C.0350年，三足鼎立的格局不但沒有走向聯合，反而因為資源缺乏，互相競爭，特別是盤龍與古都，兩者均作為消耗甚大的科技集團聯邦，對有限資源的競爭越演越烈，並互相指責對方應對異化生物造成的災難負責，最後終於升級為武裝沖突。漠北通常保持中立，但有時不得不對綿延到自身境內的戰火向另外兩個聯邦啟動自衛權利。好在三方都明白競爭底線，何況目前地球和月球上依然盤踞著異化生物大軍，再加上重建城市和月球的使命，三方在公開層面上不贊成大規模戰爭，並在M.C.0370年建立了世界中心管理組織，並壹致同意重新啟用“新藍星聯邦NGF”的名稱。用以防衛大陸西邊的強力異化生物的侵擾，還集結現有的科技力量發射了航天飛機探查月球。然而，三大聯邦私下依然會拉攏遊走世界各地的戰鬥人員和傭兵工會，並對其和其他聯邦小規模的沖突睜壹只眼閉壹只眼。各種各樣的的組織也開始相繼出現，有進行能源開采的，也有從事商業服務的，甚至還有懷著不明目的深入異化怪物群落內的秘密集團……總之，這個毀滅後重建的世界，充滿著危險、混亂還有希望……