瓜(瓜迪奧拉)在拜仁是成功的：
2013年1月16日，德甲豪門拜仁慕尼黑在其官網上宣布，前巴薩主教練瓜迪奧拉將從2013-14賽季正式擔任球隊主教練。
2013年7月21日，瓜迪奧拉率領的拜仁慕尼黑隊以5比1戰勝門興格拉德巴赫隊，奪得冠軍，捧得德國電信杯。
2013年07月25日，瓜迪奧拉率領拜仁2-0擊敗巴塞羅那，奪得赫內斯杯冠軍。
2013年08月03日，瓜迪奧拉率隊拜仁2-1戰勝曼城獲得奧迪杯冠軍。
2013年8月1日，在奧迪杯決賽中，瓜迪奧拉率領的拜仁慕尼黑隊以2比1戰勝曼城隊，奪得冠軍。
2013年8月31日，瓜迪奧拉率領拜仁與切爾西120分鐘戰成2-2，比賽進入點球大戰。在點球大戰中，拜仁5罰全中奪得2013年的歐洲超級杯冠軍。
2013年12月22日，瓜迪奧拉率領拜仁擊敗東道主卡薩布蘭卡，奪得第10屆世俱杯冠軍。
2014年5月10日21時30分（德國當地時間15時30分），德甲末輪所有場次同時開球。拜仁主場1-0勝斯圖加特，老將皮薩羅替補出場壓哨絕殺，瓜迪奧拉率領拜仁奪得2013-14賽季德甲聯賽的冠軍。
2014年5月18日2時（德國當地時間17日20時），瓜迪奧拉率領拜仁2-0力挫多特蒙德獲得德國杯冠軍，創造17次奪冠紀錄，成為國內聯賽和杯賽“雙冠王”。
2015年12月20日晚，拜仁慕尼黑官方宣布，球隊現任主帥瓜迪奧拉將不會同俱樂部續約，在2015-2016賽季結束後將卸任。