薩維利亞退役後很長時間裏都沒出任過主教練，而是擔任帕薩雷拉的助理教練，和他壹起執教阿根廷國家隊、帕爾瑪、烏拉圭國家隊、墨西哥蒙特雷、巴西科林蒂安斯以及河床。2009年3月15日開始首次擔任主教練，執教大學生。解放者杯賽上大學生必須從預選賽打起，他們靠客場進球淘汰秘魯水晶體育，小組賽第二名出線，淘汰賽擊敗巴拉圭自由、烏拉圭防禦者、烏拉圭民族，決賽在主場被0-0逼平的情況下客場2-1擊敗了小組賽曾壓倒自己的巴西克魯塞羅奪冠。2009年世界俱樂部杯決賽中，大學生讓強大的巴塞羅那隊僅靠梅西在加時賽末段的進球才險勝。此後他還率領大學生奪得了2010年聯賽冠軍。因抗議俱樂部大量甩賣主力球員，薩維利亞於2011年2月3日辭職。2011年6月11日，他和不久前剛在亞冠聯賽小組賽中墊底被淘汰的阿聯酋俱樂部阿爾·賈奇拉（Al Jazira）簽約擔任其主教練。
擔任阿根廷國家隊主教練
2011年7月29日晨，於阿根廷首都布宜諾斯艾利斯，阿根廷足協任命薩維利亞為新任國家隊主帥。阿根廷足協秘書長對當地的官方媒體稱：“已經做出決定，薩維利亞將是新任主帥”。在正式完成解雇巴蒂斯塔的後續工作後，下周薩維利亞將正式亮相。
2011年8月6日，阿根廷足協召開新聞發布會，壹直被媒體認定的亞歷杭德羅·薩維利亞毫無意外地被正式宣布為國家隊主教練，同時他的上位也為國家隊帶來了全新的教練班子。薩貝拉和足協的合同自今天起生效，簽到世界杯預選賽結束。如果阿根廷獲得2014年巴西世界杯的參賽資格，則該合同將自動延長。在發布會上，綽號“懶人”的薩貝拉闡述了自己的看法和理念。 他表示他追求球隊攻守平衡，同時不排除讓梅西擔任國家隊隊長。 巴西世界杯決賽於北京時間2014年7月14日淩晨，在德國隊與阿根廷隊之間展開，就在賽前傳出消息，阿根廷主帥薩維利亞將在世界杯之後卸任。