首先，核動力推進技術相對與常規推進技術較為復雜，需要考慮反應堆和第壹回路的屏蔽與防護問題。在維護上要投入更大。又因為核動力裝置只能用於大型水面艦艇和核潛艇，總體裝備數量不會很多。必然導致艦艇造成本很高。從經濟方面考慮不劃算。
其次，水面艦艇作戰均是以艦隊形式作戰（核潛艇基本是單艦作戰），核巡洋艦需要與艦隊中其他驅逐艦、護衛艦協同行動。因此其理論上的高航速和無限續航力沒有發揮的空間。即使單艦行動也要考慮到艦上給養、彈藥、輔機用油和維護甚至水兵士氣。所以核動力的優勢並不明顯。
最後，從目前各國裝備艦艇的劃分上看，即使萬噸級的戰艦也少有劃歸巡洋艦的。而且隨著相控陣雷達和垂直發射系統的成熟，艦艇用途上的差異越來越模糊。所以現在基本是以艦艇噸位來進行劃分。再考慮我國海軍未來二十年的作戰方針基本不可能裝備巡洋艦、