農村合作醫療的交費方式有：
1、參保人員持《新型農村合作醫療證》、《戶口薄》到指定的地點辦理參合登記；
2、參保人員前往鄉鎮新農合經辦機構繳納費用。
壹、農村合作醫療保險如何繳費？
線上：支付寶繳費：
1、打開支付寶，在主頁上找到更多，點擊進入另壹個頁面去查看相應的按鈕。---找到城市服務，點擊進入。進入城市服務後，找到電子社保卡，點擊進入。
2、進入電子社保卡頁面後，按要求輸入自己農保卡的發卡度日期和卡仔態號，支知付寶上有樣卡可以參考，填寫好之後，點擊同意協議並綁定。
3、跳轉到實名驗證道以及銀行卡賬號密碼的驗證。
4、驗證成功之後，顯示綁定成功，支付寶和卡綁定，後續到期需要繳納農保的時候，可以從支付寶直接繳納即可。
微信支付：
1、點擊：我的微信—支付—城市服務—社保—XX（城市）社保服務—（通過人臉識別認證進入），往下滑看到：個繳人員自主繳費。
2、選擇“居民身份證”，輸入持手機人身份證號和姓名
3、輸入要交費人員身份證號和姓名，再點“下壹步”;
4、最後顯示要交費人員信息及交費年度和費用，直接使用微信賬戶支付。
法律依據
《中華人民***和國社會保險法》第二十四條
國家建立和完善新型農村合作醫療制度。
新型農村合作醫療的管念答源理辦法，由國務院規定。
《中華人民***和國社會保險法》第二十五條
國家建立和完善城鎮居民基本醫療保險制度。
城鎮居民基本醫療保險實行個人繳費和政府補舉配貼相結合。
享受最低生活保障的人、喪失勞動能力的殘疾人、低收入家庭六十周歲以上的老年人和未成年人等所需個人繳費部分，由政府給予補貼。