分離交易可轉債與普通可轉債的本質區別在於債券與期權可分離交易。也就是說，分離交易可轉債的投資者在行使了認股權利後，其債權依然存在，仍可持有到期歸還本金並獲得利息；而普通可轉債的投資者壹旦行使了認股權利，則其債權就不復存在了。
此外，分離可轉債不設重設和贖回條款，有利於發揮發行公司通過業績增長來促成轉股的正面作用，避免了普通可轉債發行人往往不是通過提高公司經營業績、而是以不斷向下修正轉股價或強制贖回方式促成轉股而帶給投資人的損害。同時，分離交易可轉債持有人與普通可轉債持有人同樣被賦予壹次回售的權利，從而極大地保護了投資人的利益。
再者，普通可轉債中的認股權壹般是與債券同步到期的，分離交易可轉債則並非如此。《上市公司證券發行管理辦法》中規定，分離交易可轉債認股權證的存續期間不超過公司債券的期限，自發行結束之日起不少於六個月，因為認股權證分離交易導致市場風險加大，縮短權證存續期有助於減少投機。