日本在20世紀初期才推行足球運動，在全國各地陸續開設足球學校，並於1921年舉辦了第壹屆全國杯賽(1946年易名為現今的天皇杯)。日本全國聯賽於1965年正式成立，但球隊全部由工業財團贊助，球隊名稱也是以工業財團為命名，例如古河電工、三菱重工、日產汽車，球會經費全部由工業財團承擔，故此球隊名字全部沿用財團的名稱。80年代,日本以相撲及棒球比較受歡迎，足球當時仍未普及，日本足總希望能夠組織壹個職業足球聯賽，能夠將足球會成為壹個職業性的獨立個體。由1988年開始商討，直到1993年首屆日本職業足球聯賽成立。
首屆日本職業足球聯賽只有10隊隊伍參加，並且獲得約2,000萬美元（約1.56億港元）資金重組，全面革新，放棄舊制度，禁止球隊以商業贊助命名，改用所屬城市名稱。最終冠軍由川崎讀賣奪得。J·LEAGUE參賽隊伍逐年不斷增加，由首屆10隊球隊參加，增至2005年有18隊球隊參加。由於90年代初日本經濟發達，得到強大的消費力推動，令J·League聲名大噪。此外，廣泛的電視轉播及市場推廣令球會收入大增，因此球會有財力輸入大量來自世界各地的著名外援球員，而日本國家足球隊的實力得以提高，1998年更首次出席世界杯，可惜90年代末經濟遭受重大打擊，加上亞洲金融風暴，J·League壹度步入低潮，球賽入座率大減，但隨著2000年推出足球彩券及成功舉辦2002世界杯決賽階段，令J·League發展亦止跌回升。其後多名日本國腳先後重登陸歐洲，並且取得不錯的成績。J·LEAGUE在早期為日本足球建立壹個很好的基礎，令日本成為亞洲最實力的足球強國之壹。2013年03月05日，2013賽季日本足球職業聯賽拉開序幕。 1992年1992年公布參加首屆J LEAGUE***有10支隊伍。
鹿島鹿角、浦和紅鉆、古河市原（現今的千葉市原）、川崎綠茵（現今的東京綠茵）、橫濱飛翼（1999年時與橫濱水手合拼，成為現今的橫濱水手）、橫濱水手（1999年時與橫濱飛翼合拼）、清水心跳、名古屋鯨八（2008年改稱名古屋鯨魚）、大阪鋼巴（又稱大阪飛腳）、廣島三箭 1994年2隊新球隊加入（***12隊）。
磐田喜悅、平冢比馬（2000年改稱湘南比馬） 1995年 2隊新球隊加入（***14隊）。
柏太陽神（又稱柏雷素爾）、大阪櫻花 1996年2隊新球隊加入（***16隊）。
京都不死鳥、福岡黃蜂 1997年1隊新球隊加入（***17隊）。
神戶勝利船 1998年1隊新球隊加入（***18隊）。
劄幌岡薩多
首次設立升降級附加賽，劄幌岡薩多及川崎前鋒在附加賽中落敗而降落乙組。 1999年橫濱飛翼宣布合拼入橫濱水手，橫濱飛翼球迷由於反對合拼因而成立橫濱FC。
聯賽隊數減至16隊，並成立乙組聯賽，包括上屆降級的劄幌岡薩多合計有10支隊伍參與。
山形蒙迪奧、仙臺維加塔、大宮松鼠、川崎前鋒、甲府風林、鳥棲砂巖、東京FC、新潟天鵝、大分三神 2000年水戶蜀葵加入乙組。2001年橫濱FC加入乙組。2004年由於2005年度球季 J1 隊數增至 18 隊，因此2004年球季所有隊伍，除了成績最差的球隊外，均無須降級；而 J1 的榜尾球隊需與 J2 的第三名參與升降級附加賽，結果當屆 J1 排名最低的柏雷素爾得以幸免降級。2005年J2 的德島漩渦（2004年JFL 第 1 名）及草津溫泉（2004年JFL 第 3 名）首次升上 J2。采用新的升降級制度，原本 J1 聯賽成績最差的兩隊，會被 J2 的聯賽冠、亞軍取代制度保持不變，但 J1 的第 16 名（尾3）需要與 J2 的第 3 名參與升降級附加賽，勝出可以參加來屆 J1 賽事。 2006年2006年球季 J2 隊數增至 13 隊，J2 的FC愛媛（2005年JFL冠軍）首次升上 J2。將作客入球優惠制引入日本聯賽杯及增加日本職業足球聯賽升降級附加賽。 2008年J2 隊數增至 15 隊，FC岐阜及熊本深紅加入 J2，並成為以三循環形式進行。2009年J2 隊數增至 18 隊，櫪木SC、岡山綠雉及富山勝利加入 J2。 取消升降級附加賽，J1 的第 16 名（尾3）亦需要直接降級，由 J2 的第 3 名參加來屆 J1 賽事。2010年J2 隊數增至 19 隊，北九州向日葵加入 J2。2011年J2 隊數增至 20 隊，鳥取飛翔加入 J2。由於J2仍未達到預定的22支參賽球隊,本賽季仍暫停降級。2011年3月17日，受日本9.0級地震影響，J LEAGUE決定2011年4月3日之前的比賽全都暫停。 2012年J2 隊數增至預定的 22 隊，町田澤維亞、松本山雅加入 J2。J2的第三名至第六名將進行升級附加賽決定最後壹個J1的升級資格。同年J2引入有條件的升降級制度及升降級附加賽，最多兩隊有機會要降級至日本足球聯賽(JFL)。2012賽季結束後，町田澤維亞降入JFL2013年長崎航海加入J22015年雪法山口加入J3