勒沃庫森足球俱樂部的前身是德國著名的醫藥公司拜耳公司的體操俱樂部，該俱樂部創建於1904年，1913年，該俱樂部的足球隊獨立出來，組建了勒沃庫森04足球俱樂部。這支新成立的足球隊充其量也就是企業隊的水平。當德國足協在1963年實施職業足球賽制時，勒沃庫森隊只能算得上是丙級隊裏的中遊水平。1975年升入乙級隊，1979年後又躍升至甲級隊，雖壹直沒有降過級，但也從未取得過驕人的戰績。盡管隊內出現了國家隊的驍將沃勒爾，但在18支甲級隊的總積分榜上，勒沃庫森隊僅名列第14位。
為了使勒沃庫森隊能有大幅度的進步，1995年，已經退役並擔任體育部經理的沃勒爾苦口婆心地勸說原斯圖加特隊主教練道姆從土耳其回國執教，重整勒沃庫森隊破碎的山河。道姆接手後力主主力全攻全守的打法，並嚴格治軍，使勒沃庫森全隊面貌煥然壹新。1996~1998年兩個賽季取得亞軍和季軍的好成績，前鋒基爾斯滕也兩度獲最佳射手稱號。
在道姆96年夏天接手勒沃庫森之前，勒沃庫森在剛結束的96賽季德甲賽場上剛驚險保級，誰也不會想到冬歇前排名聯賽前4的球隊賽季結束居然要和難兄難弟凱澤斯勞滕在哈勃蘭球場爭奪最後壹個保級名額，結果布雷默的眼淚讓沃勒爾和舒斯特爾體面地結束了自己的職業生涯（具有諷刺意味的是2年後，布雷默就帶著升班馬拿德甲冠軍的榮譽風光退役），而勒沃庫森8勝14平12負，37：38的得失球讓卡爾蒙德決心對球隊進行改造和更新。
1996年的8月17日，坐鎮哈勃蘭的勒沃庫森就給了衛冕冠軍多特蒙德4記耳光，基爾斯滕和塞爾吉奧的鋒線搭檔銳不可當，流暢的傳接球和犀利的得分讓該隊和那時“夢幻三人組”的斯圖加特壹起成為了當時德甲最養眼，最有人氣的球隊。隨後的聯賽半程中，道姆的球隊以433/343為主陣型，確定了海寧/R.科瓦奇，諾沃特尼，沃恩斯（哈普）海因策，N.科瓦奇（萊因霍夫），拉米勞，澤埃利亞斯/林克，基爾斯滕，塞爾吉奧的主力陣容，除了被拜仁慕尼黑主場擊敗外，他們只是稍感意外地被最終降級的杜塞爾多夫和聖保利拿走3分，在冬歇期前最後壹輪他們曾經連勝4場，積分和拜仁慕尼黑持平且凈勝球多於對手的情況下，卻在半程最後壹輪最後時刻被波鴻的沃茨壹腳任意球踢走了到手的3分，2：2的比分讓他們眼睜睜看著拜仁慕尼黑拿下半程冠軍（克林斯曼的進球讓拜仁慕尼黑1：0主場力克門興格拉德巴赫），這也在潛移默化中孕育中該隊此後數年的坎坷悲情。
1997年情人節這天冬歇結束的首場聯賽他們就被多特蒙德在威斯特法倫3：1輕松擊敗，隨後又被降級區的杜塞爾多夫打平，著實讓人費解，不過在和拜仁慕尼黑的重頭戲中，他們在哈勃蘭球場5：2狂勝對手，上半場的3個進球幾乎讓比賽提前結束，拜仁慕尼黑的裏茲特利此役完全沒有首回合雙方交手時的銳氣，而勒沃庫森的基爾斯滕，塞爾吉奧，荷蘭射手梅耶（後去利物浦）的全面開花徹底羞辱了卡恩的大門，此役的勝利也讓多特蒙德坐收漁利，趁機追平了拜仁慕尼黑的積分，而勒沃庫森也重新找回了久違的狀態和自信，在隨後的比賽中緊緊咬住拜仁慕尼黑。
在聯賽第31輪拜仁慕尼黑在奧林匹克被降級的弗賴堡0：0爆冷後，爆發出了克林斯曼和特拉帕托尼積蓄許久的危機，隨後晚場的勒沃庫森把握住機會主場5：0血洗漢堡，將拜仁慕尼黑的積分優勢變為了壹分，由於多特蒙德和斯圖加特的掉隊和後勁乏力，聯賽冠軍的爭奪進入了雙雄局面。勒沃庫森在第32輪率先3：0擊敗了聖保利，基爾斯滕的2個進球使其進球數達到了22個，幾乎鎖定了最佳射手，而那場比賽中道姆的心理誘導戰術讓人津津樂道，上半場了無生氣的勒沃庫森，下半場就虎虎生機完全統治比賽。
但是當人們都認為勒沃庫森和拜仁慕尼黑的聯賽爭奪將在最後壹輪見高低時，勒沃庫森卻在科隆掉了鏈子，丹麥名將莫滕奧爾森（隨後就去了阿賈克斯）執教的球隊在奧地利流浪殺手波爾斯特的領銜下4：0擊潰了他們，波爾斯特更是上演了帽子戲法，以壹球的劣勢直逼射手榜的基爾斯滕，而另外壹邊的拜仁慕尼黑則在奧林匹克4：2逆轉斯圖加特，終於破解了冠軍懸念，這是勒沃庫森在新世紀前距離冠軍最近的壹次，21勝6平7負進69失41球積69分的成績是那時球隊歷史上的最佳，聯賽亞軍的安慰獎自然不及身後的多特蒙德和斯圖加特的歐洲冠軍杯和德國杯實在，基爾斯滕的金靴也是其自93年和法蘭克福的加納射手葉博阿同進20球***享後再次獲取這壹殊榮。
從這壹賽季開始，勒沃庫森開始逐步取代多特蒙德對峙拜仁慕尼黑。98賽季是歐洲冠軍杯開始擴軍的第壹年，由於勒沃庫森獲得了德甲亞軍，他們也歷史上首次有機會征戰歐洲最高水平的俱樂部賽事，在平淡地通過資格賽後，德國創紀錄地有3支球隊出現在了歐洲冠軍杯的小組賽24強中。在德甲雙雄招兵買馬的同時，勒沃庫森卻出大於進，先是97賽季德甲最佳球員塞爾吉奧轉會去了澤曼的羅馬，然後是荷蘭射手梅耶簽約霍利爾新政的利物浦。
唯壹讓球迷欣慰的是隊中的巴西人埃莫森開始逐漸成為球隊核心，而在皇家馬德裏不得誌的澤羅伯托也離開老東家弗拉門戈前來報道，與鋒線上的巴西人林克組成了活力無窮的巴西幫。不過球隊的戰績卻在97年的8月1日開始的聯賽中很是糟糕，首輪就0：1輸給了新科歐洲聯盟杯冠軍沙爾克04，隨後又被斯圖加特，雲達不來梅，比勒費爾德擊敗，道姆的球隊壹時間在積分榜上排名大跌，並且在歐洲冠軍杯中被蒂加納的摩納哥4：0橫掃，那時的亨利，特雷澤蓋，伊克佩巴就讓勒沃庫森感受到了歐洲冠軍杯競爭的激烈和殘酷。
這段萎靡的歲月中，只有老將基爾斯滕雄風依舊，正是他的進球讓勒沃庫森不算掉隊太多，還能看見榜首凱澤斯勞滕和拜仁慕尼黑的身影。在冬歇前的倒數第2輪比賽中他們主場頑強逆轉了拜仁慕尼黑，終結了對手14場不敗的紀錄，同時也讓自己逼近了對手。比賽中雖然埃爾伯開場就沖頂敲開了海寧的大門，揚克爾的頭球更讓拜仁慕尼黑2：0領先，當沃恩斯背後鏟倒揚克爾被紅牌罰下後，沒有人相信他們還能翻盤比分，但半場結束時，老將海因策的進球讓他們看到了希望，半場後基爾斯滕開始盡顯英雄本色，頭頂腳踢3次讓卡恩從球門裏揀出皮球，最終4：2的比分結束本場比賽，這也是該隊98賽季最偉大的壹場比賽，憑借本場比賽的3個進球，基爾斯滕壹舉超過凱澤斯勞滕的老將馬紹爾的13球，再次登上了射手榜首席，在年末的歐洲冠軍杯小組賽中，他們主場2：2頑強逼和了摩納哥，最終和對手攜手進軍8強賽，德甲歷史上首次出現3支球隊進軍8強賽。
由於有了這樣的逆境大勝，勒沃庫森開始恢復了前壹賽季的崢嶸和犀利，在聯賽冬歇前的最後壹場比賽中，哈勃蘭球場再次見證了他們的血腥絞殺：現德國主帥勒夫的斯圖加特被他們6:1血洗,巴拉科夫,博比奇以及從漢莎羅斯托克加盟頂替埃爾伯的尼日利亞射手阿克博波裏在基爾斯滕、埃莫森、拉米勞的阻擊下完全熄火，勒沃庫森借此大勝逼近了積分榜前2名的凱澤斯勞滕和拜仁慕尼黑，以極其平和愜意的心態進入了聖誕節和冬歇調整中。
在聯賽下半段，勒沃庫森開始奮起直追，事實上他們是下半賽季德甲搶分最多的球隊，在聯賽第7輪客場被阿裏代伊和巴蓋裏的比勒菲爾德爆冷擊敗外，隨後的聯賽他們壹直保持不敗了23場，諾沃特尼和沃恩斯的默契搭檔讓福格茨將他們出現在了和巴西的熱身賽中（1：2德國告負），巴西人埃莫森高水平的發揮讓拉米勞在後腰的位置上遊刃有余，箭頭上的基爾斯滕自然進球連連。
球隊盡管在98賽季3月開始的歐洲冠軍杯8進四中遺憾地被最終的冠軍皇家馬德裏淘汰（0：0，0：3），但是在首回合的哈勃蘭，球迷們還是看到了主隊狂攻下白色巨人的狼狽。在聯賽的沖刺階段勒沃庫森連續拿下雲達不來梅、慕尼黑1860，保持對榜首雙雄的壓力，其中對1860的客場比賽最值得津津樂道，如果說在主場4：1橫掃雲達不來梅算是壹個小小意外；那在奧林匹克前70鐘1：3落後的客隊最終在最後的時間裏完成了4：3的反敗為勝，則讓人難忘；在和凱澤斯勞滕的重頭戲中，勒沃庫森在瓦爾特球場3：0完勝對手，將分差追到了5分，同時逼近了次席打平卡爾斯魯厄的倒黴拜仁。只是最後的聯賽他們再次掉了鏈子，升班馬沃爾夫斯堡，柏林赫塔相繼擊敗了他們。最終他們聯賽只拿到了季軍，冠軍屬於那年的凱澤神話，唯壹的小小安慰僅僅是基爾斯滕的22個進球衛冕了聯賽金靴。
1998年夏天世界杯後，勒沃庫森的主力中衛沃恩斯就去了巴黎聖日爾曼，卡爾蒙德讓克羅地亞人濟夫科維奇頂替其留下的位置，那時默默無聞的波蘭門將馬蒂塞克也加入該隊，對海寧的主力門將位置構成了極大的威脅，雖然那年的聯賽屬於拜仁慕尼黑，但是勒沃庫森的表現也算可圈可點，特別是第10輪聯賽（我17歲生日壹星期後）對陣落魄豪門門興格拉德巴赫，他們反客為主，上半場就3：1領先對手，奧地利名將波爾斯特的任意球破網誰也想不到是門興隊僅有的2次得分機會，8：2，96賽季讓凱澤斯勞滕掉級的勞施又讓門興隊蒙羞，其後的勒沃庫森連勝5場，積分上以凈勝球優勢超過了少賽壹場的拜仁，只是隨後他們就在奧林匹克投降了：半程最後壹輪他們就在奧林匹克被埃芬博格和揚克爾折磨不到30分鐘時間就繳槍了。
此後漢莎羅斯托克成功在主場逼和勒沃庫森，拜仁慕尼黑則在補賽中完勝門興格拉德巴赫，壹瞬間就讓德甲沒有了懸念。而在歐洲賽場，除去拜仁慕尼黑和凱澤斯勞滕的歐洲冠軍杯戰場外，勒沃庫森在98年9月中下旬的歐洲聯盟杯第壹輪中客場1：1，主場1：0淘汰了意大利賽場上的黑馬烏迪內斯，止步於第2輪，埃德沃卡特掛帥的“多國部隊”格拉斯哥流浪者無情地將他們踢出歐洲聯盟杯。最終勒沃庫森在德甲聯賽中排名第2，再次收獲了安慰性的聯賽亞軍，戰績為：17勝12平5負，得失球為61：30，63的積分整整比冠軍拜仁慕尼黑差了15分，為德甲歷史之最。
1999年夏天全德國都在為拜仁慕尼黑的悲情嘆息搖頭時，勒沃庫森卻在主教練道姆和胖經理卡爾蒙德的策劃下，運作了當時德甲的諸樁好買賣：幫助漢莎羅斯托克成功保級的諾伊維爾低價加盟，法蘭克福的邊路好手B施奈德也廉價來投，那時在凱澤斯勞滕平淡無味的巴拉克讓球隊在未來幾年有了精神領袖，再加上極富潛力的布爾達裏奇，龐特，格雷斯科，那時的勒沃庫森的人員堪稱配置合理。趁著拜仁慕尼黑未從諾坎普黑暗中走出的困惑，勒沃庫森在聯賽次輪就2：0力克對手，基爾斯滕和諾伊維爾的破門讓拜仁慕尼黑開始了整個賽季對勒沃庫森坎坷的追趕。
而在歐洲冠軍杯小組賽中，和拉齊奧，基輔迪那摩同組的勒沃庫森最終卻沒有出線，雷布羅夫的神勇讓勒沃庫森最終只能去參加安慰性的歐洲聯盟杯。不料這次烏迪內斯卻復仇得手，依靠客場進球優勢讓勒沃庫森郁悶出局。全力備戰聯賽的勒沃庫森在聯賽後半程除了客場1：4被拜仁慕尼黑血洗外，直到聯賽最後壹輪都保持著14場非勝既平的良好狀態，只要最後壹輪不在客場輸給毫無名氣的翁特哈欣，球隊歷史上首個聯賽冠軍就手到擒來。
結果2000年5月20日，勒沃庫森球隊歷史上最淒涼落魄的時刻降臨了：翁特哈欣的全力阻擊，使得勒沃庫森自亂陣腳：巴拉克全場比賽唯壹壹次回防就把球送進了自家大門，馬蒂塞克鞭長莫及……隨後前拜仁慕尼黑棄將奧貝賴特納的頭球徹底將勒沃庫森送進地獄，最終拜仁慕尼黑和勒沃庫森同積73分，凈勝球上的優勢使得勒沃庫森在領跑了大半賽季後最終被拜仁慕尼黑反超，那時哈勃蘭球迷的苦澀絕望的內心世界是可想而知的。讓我們記住那時這些斷腸人的名字吧：馬蒂塞克，裏布，R科瓦奇，諾沃特尼，濟夫科維奇，哈普，本德施耐德，埃默森，巴拉克，拉米勞，拜因裏希，諾伊維爾，林克，基爾斯滕，澤羅伯托，布爾達裏奇，龐特，格雷斯科……勒沃庫森成名的盧西奧。
2001賽季或許是許多勒沃庫森朋友所不願意回憶和提及的，盡管因為帶隊成績突出，道姆被德國足協選為裏貝克的接班人，其也在德甲賽場上開始註意自己的形象（穿上的天藍色的西服），但是10月份冤家赫內斯的吸毒謠言誰也想不到直接擊垮了道姆，由於陽性的結果使得道姆不得不被迫辭職，並且失去了國家隊的帥印（沃勒爾前後在俱樂部和國家隊趕場救急）。勒沃庫森成績也壹落千丈，令廣大球迷惋惜不已。而福格茨和利特巴爾斯基的看守組閣曾經讓人看到了希望，但是不穩定的成績還是讓2人的教練組合沒能繼續，唯壹讓人看到希望的是冬歇後加盟的巴西國際隊的盧西奧和河床的普拉森特……
在歐洲冠軍杯上和皇家馬德裏，莫斯科斯巴達，裏斯本競技同在A組的勒沃庫森再次排名第3，而02年的歐洲冠軍杯決賽對手皇家馬德裏更是主客場雙殺其（5：3，3：2）。掉進歐洲聯盟杯第3輪的勒沃庫森卻被雅典AEK絆住前進的步伐，在主場瘋狂地4：4逼平對手後，2個星期他們就在雅典被對手淘汰，納瓦斯和查塔斯的進球上半場就宣判了勒沃庫森的死刑（CCTV-5直播了本場比賽），聯賽中他們只能看著沙爾克04充當自己昔日的角色對抗拜仁慕尼黑，而自己卻成為了拜仁慕尼黑最終登頂聯賽的墊腳石，倒數第3輪的哈勃蘭，在澤羅伯托浪費數次絕殺機會後，完場前聖克魯斯就把紹爾的角球頂進大門……最後勒沃庫森聯賽拿到了殿軍，成為了德甲最後壹次4個歐洲冠軍杯名額中的幸運兒。
2002賽季在現在看來是俱樂部歷史上最輝煌的壹個賽季，雖然最後什麽冠軍也沒拿到，但是那年的勒沃庫森的確讓人至今都津津樂道的。在福格茨，利特巴爾斯基下課後，前波鴻主帥托普穆勒成為了勒沃庫森的新任主帥，他也點名買來了嫡系弟子土爾其坦克巴斯圖爾克（比起2000年夏天出走羅馬的埃莫森有過之而無不及），簽來了沃爾夫斯堡的塞貝岑（參加了那時德國VS荷蘭的友誼賽，結果演砸了……），漢堡的點球門將布特，保加利亞射手貝爾巴托夫等悍將，組成了球隊歷史上最鼎盛的陣容：布特/塞貝岑，濟夫科維奇，盧西奧（巴比奇），普拉森特/施奈德， 拉米勞，巴拉克，巴斯圖爾克/布爾達裏奇（貝爾巴托夫），諾伊維爾（基爾斯滕）。
球隊在德甲，德國杯，歐洲冠軍杯中均銳不可當，聯賽在前14輪10勝4平創造了俱樂部最佳開局，德國杯也自1993年後再次打進了2002年5月14日和衛冕冠軍沙爾克04的柏林決賽，歐洲冠軍杯中也順利從巴塞羅那，裏昂，費內巴切的小組中突圍，並且在第2階段小組賽中力壓阿森納，尤文圖斯，以小組頭名和拉科魯尼亞攜手出線，並且在淘汰賽中連續將英格蘭雙紅利物浦和曼聯送回老家，破天荒地打進了2002年5月15日蘇格蘭格拉斯哥漢普頓公園的歐洲冠軍杯最終決賽。只是勒沃庫森歷來聯賽後勁乏力，曾經領先對手拜仁慕尼黑7分，且4：0完勝多特蒙德的大好形勢下，他們再次自毀前程，在倒數2，3輪中接連被雲達不來梅，紐倫堡擊敗，最終被多特蒙德以1分的優勢硬生生搶走了本是囊中之物的德甲沙拉盤，而壹星期後的柏林決戰，沙爾克04沒有給勒沃庫森留下心靈雞湯，盡管貝爾巴托夫先聲奪人，但是沙爾克04的博梅，阿加利，穆勒，桑德最終還是讓德國杯再次刻上了魯爾區藍領工人的名字……
2個德甲亞軍在手的勒沃庫森隨後又戲劇性地在歐洲冠軍杯中被白色巨人逆轉，成就了對手百年華誕最佳的賀禮。而那年的巴拉克則是最失意郁悶的，除了上述3個亞軍外，德甲中其進球，助攻也位列次席，加上壹個月後的世界杯亞軍，巴拉克史無前例地成為了那年的“足球吉尼斯亞軍王”得主。唯壹的安慰則是主教練托普穆勒被評為了當賽季德甲最佳教練。
季後主力球員巴拉克及澤·羅伯托轉投死敵拜仁慕尼黑，球隊成績也壹路下滑，整季在降級邊緣作戰，2003年2月球隊辭退托普穆勒，接手的托馬斯·郝斯特欠缺經驗，執教7場比賽僅僅獲得10分，上任短短八周後便主動辭職。球隊委任克勞斯·奧根塔勒領導救亡，在最後壹輪比賽戰勝了其之前任教的紐倫堡而幸保甲級席位。翌季球隊納回正軌，力壓青年軍斯圖加特，獲得聯賽第三把交椅，進入了下賽季的歐洲冠軍聯賽。
04/05賽季，歐洲冠軍聯賽小組賽階段中，勒沃庫森分別以3比0，3比1的比分擊敗西甲巨人皇家馬德裏和意甲狼羅馬。可惜16分之壹決賽輸給了最後驚天逆轉AC米蘭而奪冠的利物浦。2005/06賽季開始階段成績差強人意，四輪比賽只得壹勝，歐洲聯盟杯主場0-1負於索菲亞中央陸軍（最終兩回合累計0-2出局），為二十年來最差的開季成績，奧根塔勒被撤職而由前德國國家隊教練魯迪·沃勒爾出任臨時教練，稍後由其國家隊助教米歇爾·斯基貝出任正式教練。然而斯基貝上任伊始也並未能夠走出低谷，成績沒有特別的起色，前半程的表現極其低迷。但是冬歇期後勒沃庫森如夢初醒，重新找回了贏球的感覺。
聯賽的下半場，他們壹***收獲了33分，比起聯賽亞軍不萊梅的同期積分也不過只少了1分，最終順利地拿到了歐洲聯盟杯入場券。當時的巴內塔還憑借6個進球和7次助攻的精彩表現榮膺賽季最佳新秀。唯壹令人遺憾的是隊內頭號射手保加利亞人貝爾巴托夫以1650萬歐元的轉會費遠走熱刺，不過相比巴拉克和盧西奧等人，或許能令球迷些許欣慰。 2006/07賽季球隊迎來了紐倫堡的前鋒，當時德國U21隊長基斯林，不過球隊整個賽季的表現只能用差強人意來形容。歐洲聯盟杯在四分之壹決賽中首回合0：3慘敗於西甲奧薩蘇納，讓第二輪的客場之旅失去了任何意義，最終也已總比分0：4黯然出局。
可是就在勒沃庫森的暗日裏，卻迎來了壹顆新星的曙光，那就是當時年僅22歲的門將阿德勒。雖然是聯賽處子秀，不過他用驚艷的表現征服了所有人，憑借壹己之力讓勒沃庫森在維爾廷斯球場拿走三分，同時成為了當輪最佳球員。而俱樂部的高層也因此痛下決心，把為球隊效力多年的門將布特放在了替補席上，而後來的事實證明阿德勒完全有能力站在勒沃庫森的大門前。球隊最後還是拿到了壹張歐洲聯盟杯資格。 註1：如同英國足球是從板球俱樂部衍生而成，早期德國足球是依附在體操協會發展出來的。
2009-2010賽季，海因克斯開始執教勒沃庫森隊
2010-2011賽季，他們成功將拜仁擠到歐冠資格賽，自己以聯賽第二進軍歐冠正賽，北京時間2011年3月21日晚，德甲俱樂部勒沃庫森通過其官網宣布，球隊現任主帥海因克斯，將在2011賽季結束後離開，而弗賴堡現職主教練杜特將於2012年夏天正式執掌教鞭，雙方將簽訂壹份為期兩年的合約。
2011-2012賽季，勒沃庫森德國杯首輪即遭淘汰，全隊上下全力以赴迎戰新賽季、歐冠。他們憑借主場全勝,提前晉級歐冠16強，包括主場2:1擊敗切爾西。在經歷了4連敗之後，勒沃庫森解雇了杜特。由二隊教練萊萬多夫斯基接任，海皮亞任助教，最後六輪局勢得到扭轉，2平4勝最終排名聯賽第五。