1、陳德林（1995年~2002年）：昌九生物科技有限公司創始人，2000年昌九生物科技有限公司與江西省糧食局合並組建昌九實業集團公司，陳德林擔任董事長。
2、吳晉寶（2002年~2017年）：曾擔任昌九實業集團公司總經理、董事長助理，2002年接替陳德林成為昌糧集團董事長，任期長達15年。
3、張輝（2017年~2020年）：2017年，吳晉寶卸任昌糧集團董事長，由前昌九實業集團公司副總經理、昌九實業控股有限公司董事長張輝接任。
4、段金海（2020年至今）：2020年，段金海接任昌糧集團董事長，此前他曾任職於中國食品集團公司、金龍魚集團股份有限公司等企業，具有豐富的食品制造和銷售經驗。