東京決戰開始，帝國第十騎士戰死，第壹騎士重傷，二皇子面對不利形勢最終在11區使用了尼娜開發的戰略武器，朱雀揮淚投下，1000萬生命離開人間
20話 覺醒的紅色騎士
戰略武器使得11區的校園以及政廳都化作壹片荒野，阿修福德學院由於靠外未受波及，阿尼亞恢復記憶，決意叛變並與卡蓮壹起同騎士團合流，基諾追趕阿尼亞知道ZERO真面目，憶起自己是17皇子的騎士
21話 run away
卡蓮等人在與騎士團合流之後，朝比奈戰死，死前透露給騎士團成員ZERO是布裏塔尼亞1717皇子，維萊塔、扇、藤堂等決意控制騎士團最高指揮權，魯路修與傑蕾米亞壹同前往娜娜莉所居住的政廳
22話 雙面的背叛
魯路修與傑蕾米亞在前往政廳的途中被扇、藤堂、維萊塔等騎士團的殘黨所包圍，同是帝國剩余圓桌騎士亦出現在魯魯修面前，危難之時洛洛現身與騎士團鏖戰，卡連與洛洛、阿尼亞、基諾攜手掩護魯路修
23話 偽造的兄妹
魯路修、傑蕾米亞、卡蓮、基諾、阿尼亞終於到達了政廳，洛洛由於意識流停止時間太長、人數太多，心臟難以負荷死去，c.c被皇帝抓住恢復記憶，告訴魯路修神根島有重大秘密，皇帝稱娜娜裏非魯路修真正妹妹
24話 9年前的真相
魯路修和傑蕾米亞前往C.C.所說的神根島，緊接著C.C. 娜娜莉、二皇子、柯內莉婭也前往那裏，皇帝啟動弒神遺跡，公開瑪麗安娜的真正死因和魯路修即娜娜儷的關系
25話 魔神毀滅之日
魯路修雖然知道真相，但是娜娜儷已成為他心中唯壹的牽掛，為了守護娜娜儷的諾言，魯路修決定親自弒神，壹切隨著神的破滅終結。
分集介紹——第1部《叛逆的魯路修》
—序—
皇歷2010年，神聖布裏塔尼亞帝國向日本宣戰，在最新的武器——人型戰鬥機器Knighmare面前日本幾乎毫無反抗余地，雖然有藤堂等人進行了頑強的戰鬥創造了打擊布裏塔尼亞的奇跡，但最終日本還是采取了不抵抗政策淪為帝國殖民地，日本的名字被剝奪，被稱為AREA11，而日本人的名字也改成了數字ELEVEN。
日本最後壹任首相樞木玄武的兒子，10歲的樞木朱雀憂傷地坐在戰後蒼涼的戰場中，這時候布裏塔尼亞母親被殺害自己和妹妹被送到日本來做外交工具的皇子，10歲魯路修走過來，堅決地說：“朱雀，我要把布裏塔尼亞打倒。”
1 魔神誕生之日
魯路修被卷入新宿事件，遇到了久別7年的朱雀，朱雀現在是作為名譽布裏塔尼亞人的壹等兵。隨後庫洛維斯所謂的“毒氣罐”被打開，裏面竟是壹個綠頭發的少女，朱雀因為拒絕向魯路修開槍而遭遇射擊，而魯路修從少女那裏得到了Geass——對對方下達命令對方必須遵守命令的能力。
2 覺醒的白色騎士
魯路修用Geass奪走騎士侯維萊塔的knighmare指揮扇、華蓮他們戰鬥，追擊部隊節節敗退，這時候被羅伊德所救的朱雀駕駛最新向導兵器lanclot出陣壹下擊潰了抵抗分子們。魯路修抓住空隙殺死了庫洛維斯並得到了柯內利婭知道母親死亡真相的情報。
3 虛偽的同學
華蓮出現在學校，魯路修因為使用Geass失敗而遭到華蓮懷疑，而魯魯在浴室裏用錄音電話消除了懷疑，並通過實驗了解了Geass對同壹個人只能用壹次。同時朱雀因被指控是殺害庫洛維斯的兇手而被捕。
4 其名為Zero
通過華蓮，魯路修帶著假面與抵抗分子幾人見面，自稱zero，然後帶領他們用計救出朱雀。但朱雀說出了自己想要和平，想從內部改變布裏塔尼亞帝國的想法，如果他不回去那些人就會以此為借口欺壓Eleven和名譽布裏塔尼亞人，於是朱雀毫不猶豫地回到了法庭。
5 皇女和魔女
魯路修回家後竟看到了當時的綠頭發少女，自稱C.C，魯路修告訴C.C自己要為了失明的妹妹娜娜莉用Geass的能力毀掉現在的世界創造新世界。另壹方面朱雀因證據不足被釋放，遇到了粉色頭發的少女，與她說了自己企望和平世界的想法，後來知道她竟然是布裏塔尼亞第3皇女尤菲米婭。
6 被奪走的假面
朱雀也成為了學園的學生但大家因為他是名譽布裏塔尼亞人而用異樣的眼神看他。魯路修的zero假面被貓戴走貓在校園裏亂竄，最後貓將假面掉下，被朱雀抓住，魯路修向大家表明朱雀是自己的朋友並讓朱雀加入學生會。
7 襲擊柯內利婭
柯內利婭和尤菲米婭兩位皇女是因為原總督庫洛維斯皇子的死而新任的AREA11總督及副總督。柯內利婭為抓zero而設計了和新宿壹樣的場面，魯路修被引出然後完敗，被C.C救出，並下決心要創造可以與布裏塔尼亞抗衡的強大組織。
8 黑色騎士團
壹些布裏塔尼亞人被日本解放戰線的人作為人質要求與柯內利婭談判，米蕾、夏利、尼娜三個學生會成員和尤菲米婭也在其中，尤菲為了保護尼娜挺身而出。朱雀駕駛lanclot搭救無效。後來所有人被zero救出，zero向世界宣布黑色騎士團的成立以及黑色騎士團的宗旨——正義的使者，站在弱小者的壹邊（其實是意識形態）。
9 REFRAIN
這集介紹了華蓮的家庭——媽媽是日本人當了布裏塔尼亞人的小妾生下的她，哥哥是前任抵抗分子的首領已犧牲。黑色騎士團在攻擊REFRAIN（毒品）制造廠時華蓮發現自己的媽媽也在此吸毒，但也因此了解了媽媽多年忍氣吞聲是為了自己成為布裏塔尼亞人不被欺負。
10 紅蓮起舞
Zero率領黑色其實團在成田連山進行著沒有退路的壹戰，準備就此打垮柯內利婭。華蓮駕駛最新的機型紅蓮二式英勇作戰。
11 成田攻防戰
在副總督尤菲的同意下lanclot出戰，解救了紅蓮二式面前的柯內利婭，zero被逼到絕路，這時候C.C出現用能力讓朱雀想起了關於父親的痛苦往事，lanclot暴走，魯路修因為觸碰到C.C而進入到她的內心，知道了她的真實名字，並在山洞裏叫了出來。
12 京都來的使者
喜歡魯路修的女孩夏利約他壹起去聽音樂會。白天zero率黑色騎士團與京都交涉成功、確立了合作關系。而夏利白天去成田認屍，原來夏利的爸爸在成田壹戰中犧牲了。晚上見面時夏利和魯魯在雨中親吻。
13 夏利和槍口
魯路修參加完夏利爸爸的葬禮回來，心中動搖，但已經走上了修羅之路便沒有退路。維萊塔因被Geass影響過而產生了懷疑，告訴夏利魯路修可能和黑色騎士團有關系，兩人跟蹤魯路修。Zero在晚上的作戰中與lanclot沖突而受傷，lanclot又被紅蓮二式纏住，夏利揀了壹把槍對著自己面前暈倒的zero想為爸爸報仇，這時候zero的假面掉了下來露出魯魯熟悉的面容。
14 Geass對Geass
黑色騎士團撤退，魯路修醒來後發現槍不見了地上有壹灘血跡。夏利回家含淚下下信函後趕往成田，魯路修因那晚在knighmare上有看到夏利懷疑之下也去往成田，而此時夏利已遇到了擁有可以聽見人心中所想事物的Geass的毛。在成田，魯路修面對用槍口指著自己的夏利不知所措，原來夏利昨晚為了保護魯魯對也看到了zero真面目的維萊塔開了槍，在毛的誘導下準備和魯魯壹起贖罪。夏利壹槍把魯路修打倒，許多兩人的照片從魯路修的衣服裏飛了出來。毛被C.C用火車帶走，夏利倒在魯路修的懷裏，魯路修對夏利使用Geass讓她忘記了關於自己的所有記憶（那個地方的插曲和劇情配合在壹起，好淒慘TAT）。
15 喝彩的毛
魯路修回到學園，夏利已經不認識他了。毛打電話來找C.C.出去，C.C為了魯路修的身份不被暴露而赴約，身處險境，魯路修用巧計利用警察抓住了毛。原來C.C11年前與毛訂下同樣的契約，Geass的能力讓他遠離了人群，為此C.C被悲傷的情緒籠罩。在這集的劇情還有日本解放戰線的藤堂被抓、扇救了受槍傷暈倒的維萊塔，她已失憶。 、
16 被囚的娜哪莉
娜哪莉被毛綁架作為和魯路修的遊戲，魯路修和朱雀在循環系統下層找到了娜娜莉，但她的頭頂被安了搖擺炸彈，魯路修告訴了朱雀哪根是應該剪斷的線然後對自己使用Grass使自己忘記已經告訴了的事，只身去找毛挑戰。堅信人心裏想的壹定是真實的的毛輸了，被朱雀抓住。但毛探測到了朱雀的心裏，原來朱雀為了使日本放棄抵抗戰略減少傷亡而殺死了自己的父親樞木玄武，朱雀顫抖著松了手。毛逃出去，C.C在門口結果了毛。
17 騎士
魯路修希望有個騎士來壹直保護娜娜莉，他選定了朱雀。傍晚黑色騎士團眾去解救藤堂，又壹次遭到lanclot的阻擊，在四聖劍的攻擊下lanclot的駕駛倉被破壞，朱雀的面容露出，原來壹直以來的白色機甲就是朱雀，魯路修苦笑。這時尤菲向媒體宣稱自己的騎士確定為朱雀。
18 向樞木朱雀命令
朱雀正式在典禮上被命為騎士，Zero定下作戰要俘虜朱雀和lanclot。Lanclot被引到力場裏無法動彈，zero上前與朱雀交涉。此時朱雀接到了這樣的命令：將往他們所在地發射導彈，朱雀負責拖住zero。尤菲無法撤消命令，獨身前往，希望能因為自己被牽連而撤消導彈。與此同時華蓮奮力沖了過去，zero終於向朱雀下達了Geass命令。整個場地被導彈摧毀了。
19 神之島
Zero、尤菲、朱雀、華蓮四人漂流到了神根島之上。當zero用槍指著尤菲時尤菲溫柔地叫出了魯路修的名字，兩人尋找食物、看星星，感嘆再也不能回到以前的生活。當華蓮洗澡的時候（又是…）朱雀出現，兩人搏鬥之後也尋找食物、考魚吃，互相爭論人生觀……隨後兩對人與搜尋部隊分別相遇 ，zero和華蓮奪取了兩架knighmare逃走，原來是會飛還有大炮的新機型gawain。
20 九州戰役
夏利看到了自己曾經寫過的信知道了zero就是魯路修，對自己關於魯魯的記憶產生懷疑。尼娜見到了壹直傾慕的尤菲米婭。Lanclot加上了飛行功能，但在與聯邦的戰鬥中能源用盡，此時朱雀接到尤菲的表白。Zero提供了新的能源，兩人在九州第壹次聯手，大敗聯邦。
21 學園祭宣言
阿什福特學園祭召開，有很多有趣的活動，還要制作世界第壹的比薩，大家都很開心。尤菲碰上了娜娜莉。為了回到以前的生活，尤菲大膽地在學園祭上宣布神聖布裏塔尼亞帝國承認“日本人”，即將建立布裏塔尼亞人和日本人平等的特區。
22 血染的尤菲
雖然很多的人反對，但皇女已宣布的事情不好收回，日本行政特區的成立典禮召開。會場上zero出現要求與尤菲單獨交談，魯路修被尤菲的善良與犧牲感動，同意合作成立日本特區，並開玩笑地說“我要是下命令的話誰也不能反抗哦，比如現在我說殺光日本人的話…”而偏偏Geass卻在此時失控了，玩笑變成了Geass指令，尤菲沖出去下令繳殺日本人，會場被鮮血染紅了，魯路修含淚下令誅殺尤菲。
23 至少和悲傷在壹起
尤菲被zero射殺，親眼目睹了這壹幕的朱雀瘋狂搶回尤菲送往飛船治療。Zero與聯邦結盟，下決心最大程度利用尤菲的死，告訴日本人建立特區完全是尤菲米婭的陷阱，並在會場裏宣布新日本的成立。同時尤菲在朱雀面前安靜地死去，這時神秘的女孩V.V出現告訴朱雀Geass的真相。戰爭全面爆發，魯路修接到朱雀說自己已被仇恨支配的電話。
24 崩落的舞臺
操作人員受Geass影響解體了應對地震的構造，戰事火熱，zero將阿什福特學園作為司令部，想用黑色騎士團的力量保護娜娜莉，華蓮摘下面罩面對學生會的大家。維萊塔的記憶恢復，打傷扇逃了出來。朱雀駕駛lanclot想要向zero復仇卻又壹次被騙到了力場裏不能動彈。娜娜莉叫學生會成員去救朱雀，只剩自己壹個人房內而被V.V帶走了。將軍達爾頓因Geass而襲擊柯內利婭，柯內利婭受傷。
25 ZERO
向柯內利婭提問，卻還是沒有問出母親被殺的真相，反而得知那天是母親自己減少了守衛人員。C.C忽然說感覺娜哪莉被抓去神根島了，兩人準備趕往時遭到復活的米雷米婭的阻撓，zero把指揮權全權交給了藤堂。羅伊德出陣拯救了lanclot，朱雀駕駛它追往神根島，華蓮駕紅蓮二式尾隨。這邊尼娜為了給尤菲報仇做了危險的武器升到地面，那邊C.C讓魯路修去救娜哪莉，自己獨自對付米雷米婭，並給了魯路修最後壹吻。山洞中朱雀用槍打掉了zero的面具，朱雀和華蓮絕望，黑暗中壹聲槍響，震動了娜娜莉弱小的身軀。