《大金玄都道藏》刊刻後，原經板於金泰和二年(1202)為天長觀大火焚毀，各處道藏也多損失於金末兵燹。元初，道士宋德方遵其師丘處機遺命，於元太宗九年(1231)倡刊新道藏，命其弟子秦誌安於平陽(今山西臨汾)玄都觀總領其事，據管州(今山西靜樂)所存金藏，搜羅遺逸道經，校讎付刊，成《大元玄都道藏》，凡7800余卷。元初佛道相爭，元世祖於至元年間繼憲宗之後再次下令焚禁道書，該藏版、經書皆毀。