壹、發票的作用不同。從增值稅抵扣鏈條的角度講，增值稅普通發票和專用發票的不同作用是二者的實質性區別，即增值稅專用發票是可以抵扣的，但普通發票是不可以抵扣的。
二、票面信息不同。增值稅專用發票是可以抵扣進項稅的發票，票面上帶有“增值稅專用發票”字樣；而普通發票是不能抵扣進項稅的發票，票面上帶有“增值稅普通發票”字樣。
三、發票聯次不同。增值稅專用發票由基本聯次附加其他聯次構成，基本聯次為三聯，分別為發票聯、抵扣聯和記賬聯。發票聯為購買方核算采購成本和增值稅進項稅額的記賬憑證；抵扣聯為購買方報送主管稅務機關認證和留存備查的憑證；而記賬聯為銷售方核算銷售收入和增值稅銷項稅額的記賬憑證。
普通發票基本聯次為兩聯，分別為發票聯和記賬聯，第壹聯為記賬聯，銷貨方用作記賬憑證；第二聯為發票聯，購貨方用作記賬憑證。
四、發票使用的納稅人不同。增值稅專用發票使用的納稅人主要為增值稅壹般納稅人；而普通發票使用的納稅人為增值稅小規模納稅人。增值稅壹般納稅人采用壹般計稅法，增值稅的計算為銷項稅額減去進項稅額，其進項稅額為企業取得的增值稅專用發票，否則不得抵扣進項稅額。
而增值稅小規模納稅人采用簡易計稅法，增值稅的計算為不含稅銷售額乘以適用的征收率，那麽，小規模納稅人增值稅應納稅額的計算與進項稅無關，即便是取得增值稅專用發票也不得抵扣進項稅，也沒有必要取得增值稅專用發票，取得普通發票就可以了。
五、發票的入賬成本不同。增值稅壹般納稅人發生采購業務取得增值稅專用發票的入賬成本為不含稅價格；而增值稅小規模納稅人無論收到的是增值稅專用發票還是普通發票，因不存在增值稅進項稅抵扣的問題，是以含稅價格入賬。也就是，增值稅專用發票入賬成本壹般低於普通發票。
比如，企業員工到外地出差，發生的住宿費用為計稅合計3000元，其提供住宿服務的酒店開具的是增值稅專用發票，則入賬的差旅費費用為2830元，其差額170元為可以抵扣的進項稅額；而如果酒店開出的是增值稅普通發票，則入賬的差旅費費用為3000元。增值稅專用發票和普通發票的入賬成本的不同的。
而需要強調的是，企業在貨物采購、勞務等交易中，即便是取得了增值稅專用發票，但用於簡易計稅項目、免征增值稅項目、集體福利、個人消費項目，或經營中發生的非正常損失，或購進的是不得抵扣的貸款服務、餐飲服務、居民日常服務和娛樂服務等，均需要做進項稅轉出。
總之，增值稅發票分為普通發票和專用發票，其二者的實質區別為，是否可以抵扣增值稅進項稅額。也就是說，增值稅專用發票可以抵扣增值稅進項稅額，而普通發票不得抵扣進項稅額。