1995-1997年賽制
首圈采用小組賽形式進行比賽，出線球隊以淘汰形式爭奪歐洲足協杯參賽資格。
1998-2005年賽制
采用五圈淘汰制作賽，參賽球隊以所屬國家聯賽的歐洲足協系數決定球隊加入位置，每個國家將可獲得壹至三個參賽名額。第三圈獲勝的十二隊進行最後階段淘汰賽，決賽勝出的三隊將會成為國際托托杯冠軍，並獲得歐洲足協杯參賽資格。
從2006年開始采用的賽制
每圈均以兩回合淘汰賽形式，采取“主客制”決勝負；若主客兩回合總計入球數相同，則計算作客入球優惠，若仍未能分出勝負，則須加時再決勝負，今屆國際托托杯並不設黃金入球或銀球制，兩隊必須完成加時上、下半場各15分鐘的賽事，加時入球較多的壹隊勝出，若加時入球總數相同則計算作客入球優惠，倘若加時賽互交白卷則以互射十二碼分勝負。
采用三圈淘汰制作賽，參賽球隊以所屬國家聯賽的歐洲足協系數決定球隊加入位置，每個國家只有壹個參賽名額。11支在第三圈獲勝球隊可得歐洲足協杯第二圈外圍賽參賽席位。此外，從2006年開始，國際托托杯加入總冠軍榮銜，在當屆歐洲足協杯中晉級路程最長的國際托托杯第三圈獲勝球隊將會成為國際托托杯總冠軍。而2006年的國際托托杯冠軍為紐卡素，他們是唯壹壹隊晉身歐洲足協杯32強的國際托托杯第三圈獲勝球隊。