南昌八壹是壹家多股東俱樂部，俱樂部的擁有者分別是上海衡源企業發展有限公司、上海金貿資產經營有限公司、華東交通大學、上海閘北體育場及南昌八壹體育場。南昌八壹體育場作為股東之壹，為球隊場租省下部分開銷，而其他股東則提供了部分資金。而由於其它的出資方基本都來自上海，所以球隊歷屆管理層中很多都是上海人，而球隊中也有大量從前效力過其它上海球隊的球員。
俱樂部前身是2003年在上海閘北區成立的上海衡源足球俱樂部，在當年的中國足球乙級聯賽中，上海衡源未能在分組預賽的華東區出線而遭到淘汰。
2003年底，享譽中國足壇的勁旅八壹足球俱樂部由於戰績、體制、資金等種種原因宣布解散，衡源足球俱樂部隨後並購了八壹隊19歲以下青年隊，並且遷往江西南昌。新組建的南昌八壹衡源足球俱樂部在2004年4月2日正式成立，隊徽也基本沿用了上海衡源的風格。同年俱樂部就參加了乙級聯賽，最終止步於八強，被北京宏登兩回合4-2所淘汰。在第二年的乙級聯賽中南昌八壹憑借穩定的發揮最終以聯賽冠軍的身份和北京宏登隊攜手晉級中國足球甲級聯賽。升入甲級聯賽的第壹年俱樂部以第11名完賽，完成了保級的任務。在2007賽季中球隊取得了第5名的不錯成績，處於聯賽的上遊水平。
2008賽季，南昌八壹俱樂部提出了沖超的目標。南昌八壹不負眾望，到了聯賽的21輪，球隊排名第2位，領先第三名的重慶力帆5分。但是到了關鍵的第22輪比賽中，南昌八壹客場0-1輸給了重慶力帆，形勢開始對南昌不利。第24輪之後，南昌八壹的領先優勢只剩下了1分。第25輪，南昌八壹在客場與青島海利豐戰成1-1，重慶力帆則1-0擊敗上海東亞，反超南昌八壹1分。盡管最後壹輪南昌八壹1-0擊敗北京宏登，但重慶力帆也同時以3-2戰勝南京有有。南昌八壹隊最後排名第3，與中超擦肩而過。 2008年11月27日，俱樂部總經理兼主教練李曉辭職。
2009賽季開始前，李曉以前在上海申花的隊友、原陜西中新助理教練朱炯成為主教練，球隊壹舉簽下了徐文、劉寅濤、朱寶傑、李昊禎、鄭科偉等十余名內援，以及哥倫比亞前國腳卡斯特裏隆等外援。但南昌八壹的沖超之路真可謂歷經坎坷，在球隊的前半賽季的12場比賽中，僅僅取得了5勝3平4負積18分的成績。甚至壹度連續五輪未能取得勝利。憑借後半賽季穩定的發揮，又以3-1戰勝了最直接的競爭對手上海東亞正是依靠著這場勝利反超東亞的1分，壹直壓制著上海東亞。雖然聯賽僅過三輪之後，作客沈陽五裏河奧體中心的南昌八壹1-5慘敗給沈陽東進，聯賽第二名被上海東亞重新奪回，但在南昌八壹潰敗壹周後，上海東亞也在自己的主場陰溝翻船2-3敗給沈陽東進，最終在聯賽收官戰，南昌八壹以6-1大勝南京有有，成功殺入中國足球超級聯賽，江西省也首次擁有了自己的中超球隊。
歷年聯賽戰績
2003年 上海衡源成立，乙級聯賽分組預賽未出線
2004年 南昌八壹衡源成立，乙級聯賽八強遭淘汰
2005年 乙級聯賽冠軍，升入甲級聯賽
2006年 甲級聯賽第11名，成功保級
2007年 甲級聯賽第5名
2008年 甲級聯賽第3名
2009年 甲級聯賽第2名，升入超級聯賽
歷任主教練
趙凱，2003年
李曉，2004-2008年
朱炯，2009年至今