通關之後，黑2獲得“挑戰鑰匙”，白2獲得“助手鑰匙”。
黑色摩天樓第五區通關後，黑2獲得“摩天樓鑰匙”，白2獲得“樹洞鑰匙”。
捕捉雷吉洛克後，黑2獲得“鐵鑰匙”，白2獲得“冰山鑰匙”。
野生精靈
小鴨嘴龍、跳跳豬、噗噗豬、卷卷耳、長耳兔、木棉球、風妖精、哥德寶寶、哥德小童、哥德小姐、毛頭小鷹是黑2專有的野生精靈。
電擊怪、向尾喵、優雅貓、呆火駝、噴火駝、百合根娃娃、裙兒小姐、單卵細胞球、雙卵細胞球、人造細胞卵、禿鷹小子是白2專有的野生精靈。
大甲黑2與赫拉克羅斯白2是版本專有的野生精靈，但在隱藏洞穴中，兩者在同壹個版本中出現。
獵斑魚黑2與櫻花魚白2是版本專有的野生精靈，但其未進化型珍珠貝在兩個版本中都有出現。
隱藏洞穴
巴大蝴是黑2的隱藏洞穴的專有精靈。
大針蜂是白2的隱藏洞穴的專有精靈。
赫拉克羅斯、恰雷姆在黑2的隱藏洞穴中的出現率高於白2。
大甲、超力王在白2的隱藏洞穴中的出現率高於黑2。
特殊精靈
在4號路上，黑2每周四出現壹只隱藏特性的禿鷹娜，白2每周壹出現壹只隱藏特性的勇士鷹。
在小波灣上，黑2每周壹出現壹只隱藏特性的雄性胖嘟嘟，白2每周四出現壹只隱藏特性的雌性胖嘟嘟。
通關後在龍螺旋之塔，黑2可以捕捉捷克羅姆，白2可以捕捉雷希拉姆。黑色酋雷姆與白色酋雷姆是酋雷姆與捷克羅姆或雷希拉姆合體而成，對合體的兩只素材沒有限制。
通關後在夢的遺址，黑2可以遇到拉帝歐斯，白2可以遇到拉帝亞斯。
在地底遺跡，使用黑2的“鐵鑰匙”可以開啟雷吉斯奇魯的房間，使用白2的“冰山鑰匙”可以開啟雷吉艾斯的房間，兩把鑰匙可以通信。
黑色摩天樓通關後可以獲得閃光的圓陸鯊，白色樹洞通關後可以獲得閃光的迷妳龍。
地形差異
4號路在兩個版本中的外貌大幅差異，黑2是建設中的大樓，白2是挖掘中的古代遺跡。
反轉山的山洞在兩個版本中的地形不同，但主要出口的位置固定。
雙龍市在黑2中呈現近未來外觀，在白2中呈現自然外觀。
黑2與白2中的等離子巡防艦構造及攻略順序有明顯區別。
冠軍之路在兩個版本中的地形略有差異，但訓練家的位置大幅不同。
黑色城市與白色森林位於不同版本的同壹個位置，通過通信“摩天樓鑰匙”與“樹洞鑰匙”，可以在同壹個遊戲中切換黑色城市與白色森林的出現。