數百年以前，壹名稱為Usagi Miyamoto的武器工匠，替Shogunate Mishima制造了壹把大刀。不過，後來Usagi卻發現Mishima想要利用大刀進行不符合武士精神的事情。因此，Usagi帶著大刀來到了富士山頂，並且以大刀進行切腹的儀式，儀式結束後，Usagi連同大刀壹起跌落至火山口內，至此以後，再也沒有人看見過大刀的下落 。
時間飛逝，轉眼間就來到了公元2455年。經由Toshiro Ibihara博士的努力和研究，最後終於由富士山中找到了大刀。為了要測試大刀的威力，Ibihara的女兒Mikkio和他的學生Hiro Miyamoto自願被送往至未來壹段時間。然而，就在這段時間內，Ibihara的助手Michi Yoshida卻謀殺了博士並竊取大刀。藉由大刀的幫助，Michi回到了425年前，並且試圖重振他的家族的名聲。他從Ibihara的祖先處竊取了治療AIDS病毒的解藥，並且透過由治療AIDS取得了大量的財富，建造了壹座堡壘。Michi將大刀藏匿於此堡壘中，以避免其它知曉大刀威力的人偷取。
玩者在遊戲中將扮演Hiro Miyamoto，並且在Mikko、Dr. Ebihara和Superfly Johnson的協助下返回過去，好讓歷史恢復至正軌上，並且避免Ibhara博士被謀殺的事件發生
遊戲開始了大約2450年的日本京都，故事中的英雄是Hiro Miyamoto，壹個博學多才，但貧窮潦倒的軍事藝術家，癡迷於研究劍道。某個雨夜，壹個面色枯槁的乞丐蹣跚來到Hiro的家門邊，向他講述了壹段不可思議的故事。壹個名叫Kage Mishima的家夥發現了穿越時空的方法，偷偷改變了歷史，竊取了傳說中的神後利器大刀，並且綁架了他的女兒Mikiko Ebihara。從乞丐的口中，Hiro還得知自己出身名門顯貴的世襲貴族家庭，而Kage穿越時空所偷取的大刀正是自己的家族財寶。於是Hiro答應幫助乞丐，到Kage Mishima的城堡解救Mikio，並且取回本應屬於自己的大刀。也許Hiro沒有想到，他的第壹步便踏到了冰山之類上……