俱樂部於1863年成立於特倫特河畔斯托克（Stoke-on-Trent，城市名）。但球隊的第壹場記錄在案的比賽發生在1868年的10月，球隊主要成員是鐵路工人，名字謂之曰“斯托克漫遊者（Stoke Ramblers）” 。
1888-89賽季，英格蘭足球聯盟創始的時候，斯托克城是創始成員之壹。但在1890年，球隊連續兩屆聯賽排最尾的十二位，最終被足球聯盟除名。
1890-91賽季，斯托克城加入足球同盟（Football Alliance），並獲得了該賽季的冠軍。之後在1891-92賽季，獲選再次加入足球聯盟。1894-95賽季，斯托克城隊在英格蘭甲組聯賽中排第十四位，又在鄰選賽3-0擊敗牛頓希斯，成功保留甲組席位。
1898-99賽季，斯托克城隊在這個賽季的英格蘭足總杯的賽場上，壹路過關斬將，歷史首次晉身足總杯的四強。 1906-07賽季，斯托克城隊在甲組聯賽中僅僅排在第二十位，慘遭降級至乙組。接下來的1907-08賽季，球隊又退出足球聯盟乙組聯賽。轉而在1908-09賽季，加入伯明翰及鄰近地區聯賽（Birmingham & District League）。1909-10賽季，在加入南部乙A組聯賽的同時還獲得這個聯賽的冠軍；通過附加賽6-0擊敗乙B組冠軍黑斯廷斯及聖雷諾，奪得南部乙組聯賽總冠軍。
1910-11賽季，在南部乙組聯賽因得失率較差而屈居亞軍，但球隊成功升級南部甲組聯賽。1912-13賽季，球隊僅在南部甲組聯賽排第二十位，降級南部乙組聯賽。不過在1914-15賽季，球隊再次奪得南部乙組聯賽的冠軍。
1919-20賽季，第壹次世界大戰後，球隊獲重選加入足球聯盟乙組聯賽。1921-22賽季，乙組聯賽以較佳得失球率壓倒巴恩斯利奪得亞軍，成功升級至甲組聯賽。
1922-23賽季，球隊在甲組聯賽中排第二十壹位，被迫降級至乙組。1925-26賽季，又在乙組聯賽排第二十壹位，降級北區丙組聯賽。
壹個賽季過後，球隊在1926-27賽季，奪得北區丙組聯賽冠軍，升級重新返回乙組聯賽。又在1932-33賽季，奪得乙組聯賽的冠軍，升級甲組。之後在1935-36和1946-47兩個賽季，球隊在甲組聯賽中均奪得第四名，這個也成為球隊在頂級聯賽的最佳成績。
1963-64賽季，球隊在英格蘭聯賽杯中，壹路取勝殺入決賽，在決賽中兩回合累計3-4負於萊切斯特城，奪得英格蘭聯賽杯的亞軍。之後在1970-71賽季，斯托克城隊再次殺入英格蘭足總杯的四強。
1971-72賽季，在英格蘭聯賽杯決賽中2-1擊敗切爾西奪得冠軍 ，這也是俱樂部贏得的第壹個正式比賽冠軍；同時球隊也在英格蘭足總杯中晉身四強，在雙線比賽中均取得良好的戰績。
在20世紀70年代至80年代，斯托克城壹直處於低級聯賽中遊走，在晉級英超之前，1984-85年以來斯托克城從來沒有出現在頂級聯賽的賽場上。斯托克城曾經長期在頂級聯賽積分榜前列徘徊，也在曾在50年代到60年代期間墮入英格蘭的二級聯賽。
在頂級聯賽呆了六個賽季之後，斯托克城又在1984-85賽季慘遭降級，此後又在二級聯賽混了十年。斯托克城最近壹次贏得桂冠頭銜的時候是在2000年，在他們歷史上第壹個外籍主帥，冰島人古永·托爾達松（Gudjon Thordarson）的率領下獲得“英錦賽（The Auto Windscreens）”杯冠軍，冰島人此前還率領斯托克城隊在2001年晉級英冠聯賽。 2008-09賽季，是斯托克城第壹次出現在英超聯賽的賽場上，主教練托尼·普利斯（Tony Pulis）率領斯托克城隊在2007-08賽季的英冠聯賽中獲得亞軍 ，在0-0戰平萊切斯特城（Leicester City）之後，他們鎖定了其中壹個直接升級的名額。
繼2008-09賽季，斯托克城隊升級得到第12名後，在接下來的3個賽季（2009-10、2010-11和2012-13賽季），球隊的排名在第11名至第14名之間保級成功。雖然隊中有愛爾蘭中場德拉普的界外球手榴彈戰術，但在2010-11和2012-13賽季中其威力有所下降，但斯托克城陣中仍有眾多高大前鋒及後衛，在場上戰展現了傳統英式的轟炸戰術。
2013年5月30日，在主教練托尼·普利斯下課的8天後，英超斯托克城俱樂部宣布了繼任者——馬克·休斯下賽季將入主不列顛尼亞球場 。
2014-15賽季，斯托克城隊在英超聯賽中的最終排名為第9名，是俱樂部在英超賽場上的最好成績，同時也是在英超拿到的最高積分54分。2014-15賽季，是斯托克城隊堪稱偉大的賽季。在主場3-2戰勝阿森納、並以6-1橫掃利物浦，讓外界意識到斯托克城隊的不斷崛起，亦成為豪門球隊的終結者 。