4409號太空運輸船順利降落在火星空港，船上下來兩位身份顯赫的客人，他們是來自地球UAC總部的特派領事Elliot Swann以及他的隨從護衛Jack Campbell，而遊戲的主人公，壹名普普通通的海軍陸戰隊候補小兵也和他們同船抵達火星。從那名維修人員身邊的梯子上去，經過生化掃描安全檢測後先來到接待前臺，接待員把配發的PDA交給妳，並讓妳盡快趕到海軍陸戰隊指揮中心去向軍士長Kelly報到。從右側的金屬梯道上去，在單軌電車站外偷聽到Swann與UAC火星總監Malcolm Betruger博士的對話，看來UAC委員會對火星上頻發的人員失蹤事件和工作效率下降很不滿意，Swann顯然是來接管工作的，但Betruger博士卻發出強硬威脅，聲稱馬上就可以取得驚人的研究突破。走左側那條暗道繼續趕路，經過廁所和餐廳後來到有懸空路牌的房間，根據指示向右拐，沿途看到越來越多的海軍陸戰隊員，最後進標有Marine HQ的門即可見到軍士長Kelly。Kelly派妳前往地下通訊站搜尋1名失蹤的科學家，對話結束後立刻跟上門邊的小蜘蛛機器人，這東西是個自動帶路機，如果走得太慢它還會回身來找妳。來到電梯間後機器人結束使命，走到標有Level 2的電梯按鈕前，召來電梯後進入，按綠色鍵下去。
02.火星城地下(Mars City Underground)
出電梯後可從保安櫃領取手槍、電筒和護甲，進入工作區只管壹路前進，途中註意搜集光碟等資料道具。與工作人員交談會發現他們情緒都很低迷，不過這裏實在是太黑了，即使有電筒也得小心慢行。跌跌撞撞來到密封氣門處，按黃色鍵開啟過渡艙室，很快妳會發現自己終於能夠看到真正的火星風景，趕在氧氣耗盡之前迅速跑向對面的密封氣門入口，這下終於進入了通訊站。乘電梯上2樓，在通訊控制室內找到科學家Ishii，他似乎在向地球總部發送警告信息，還念叨什麽真有惡魔之類的話。突然間屏幕上發生巨大爆炸，整個火星基地壹片混亂，紅光閃過之後Ishii化作怪物撲來，小心門外還會沖入1名敵人。耳機中軍士長Kelly下令，所有海軍陸戰隊員立刻返回指揮中心集合，戰友們的慘呼不斷傳來，看來情況嚴重。由密封氣門返回，沿途到處是屍體，還有零星怪物躲在黑暗中伺機偷襲。在卡住的電子門附近按觸摸屏打開鐵板橋，過橋後找到PDA可用來打開旁邊緊閉的電子門。在臺階下可找到壹支霰彈槍，小心地面會突然下陷，準備迎戰3只僵屍。在噴吐火焰的過道處妳還會初次遭遇身形敏捷的高級變異怪物，這家夥會投擲火球。行進途中註意收集角落裏的彈藥補給，墻上的醫療箱可恢復主角生命值。第23號儲藏櫃密碼為531，櫃中有護甲和彈藥。殺回到剛才領槍的保險櫃，進去打開窗外的主門，坐電梯返回第2層。
03.火星城(Mars City)
出電梯就有壹場槍戰，結束後發現無路可走。頭頂突然傳來聲音，從放下的梯子爬上去可以看到壹位名叫Roland的幸存工作人員。鉆進狹窄的管線通道，最後掉入壹間血跡斑斑的辦公室，消滅怪物後拿取PDA和補給，在離開辦公室的遭遇戰中可繳獲沖鋒槍。到對面房間中找到壹張ACO鑰匙卡，用它可以打開臺階上的大門，幾經拼殺來到標有Infirmary(醫務室)的走廊，進醫務室後從桌上獲取醫生PDA，得知密碼347可打開017號儲藏櫃。進裏間掃倒手術臺上跳起來的僵屍，出門先向左走，蹲下從火舌下方爬過去可獲得壹名軍士長的PDA。返回走右邊那條路終於來到壹片狼藉的指揮部，靠近屏幕可見到受困的軍士長Kelly，他要妳前往阿爾發試驗室與Bravo小隊會合，為了方便行動，他還提升了妳的PDA通行證級別。到旁邊的武器庫裏，查看軍士長PDA中的郵件得知密碼584，打開武器庫後能拿就拿吧。然後沿原路折返，在T字路口轉彎，升級後的通行證可打開原先無法開啟的大門，出去當然又免不了壹通打殺，餐廳和廁所裏都有彈藥補給。前面突然出現了那只可愛的小蜘蛛機器人，跟著它前進，妳會發現它的火力也不弱。來到標有Administration的電梯前，乘電梯往下而去。
04.管理中心(Administration)
在電梯門外聽到Betruger博士向Swann的攤牌和嘲諷，無奈之余的Swann準備采取特殊措施，看來這位領事也是有備而來。走左邊進阿爾發試驗室大門，槍戰之後從過道辦公室裏拿取PDA和光碟。辦公室裏的013號儲藏櫃可用密碼586打開，但旁邊的安全門此時還暫時無法開啟。繼續前進，途中找到壹位垂死的戰友，在他身邊有扇進入試驗室中心區的安全門，只有試驗室主任William Banks的PDA才能打開它。返回電梯廳，有怪物砸開右邊的破門沖出，消滅它們後進門探索，在大廳旁的控制間內打開安全門後，壹只巨大的肉頭怪驚天動地撲來，這時千萬別省機槍子彈。從路盡頭的臺階上去，來到主任辦公室進門可看到右下方房間內Swann和Campbell在忙碌。再往前走，在壹間血肉模糊還點著蠟燭的房間裏獲得William Banks的PDA，但四周埋伏的怪物也會殺出。查看PDA裏的郵件記錄，得知Betruger博士正在研究從地球運送來的古代宗教文物。返回電梯廳，再進阿爾發試驗室，先從013號儲藏櫃旁的安全門進去，來到Swann等人剛才所在的房間，獲得網絡管理員的PDA。用桌面電腦登錄網絡均告失敗，UAC火星分部完全與外界失去了聯系。爬鐵梯到剛才有怪物朝妳扔油桶的臺子上，跳下去回到戰友遺體所在地，這次終於打開了通向阿爾發試驗室中心區的大門。
05.阿爾發試驗室1區(Alpha Labs Sector 1)
出大門後在右側控制室有終端可開啟16號門，前方有更多怪物，可鉆入有激光碎解儀的房間內，控制室另壹側門外的終端可打開碎解儀前方的維修門。從維修門鉆進甬道，但要小心別被光束射中身體，在甬道盡頭右側有個紅色小按鈕，按下後打開壹道暗門，出去消滅外面守敵，往左下樓梯來到機房。壹扇小門外噴吐的火焰擋住去路，從背後的暗道裏拐入另壹間屋，操縱臺上有新PDA，按終端可撲滅小門外火焰，然後繼續在恐怖氣氛中摸索前進。在天花板上懸掛有壹具屍體的房間內，幾只雙頭怪物會向妳發動前後夾擊，搞定它們後從地板上的洞口鉆下去，遇到岔路口往左拐，上到地面後仔細點就能找到前進之路。穿過標有AL1 HO5的小門，很快來到有很多儀表的控制室，右邊安全門需要特定身份PDA才能開啟。先走左邊，進去殺死隔間中冒出的怪物，從隔間裏的鐵梯爬上去，在這裏可遇到另壹名生存的科學家Kreitman，他仍在搶修出了故障的液壓門。看準時機沖過上下降落的門閘，門外左側就是Lipsitz的屍體和PDA。拿到PDA後從旁邊天花板洞口跳下正好回到安全門前。進門會看到Swann與Campbell沿隔壁走道狂奔。消滅圍上來的怪物後從醫療箱旁的門出去，走20號門，最後出22號門與眾多雙頭怪激戰，通向Sector 2區的電梯就在旁邊。
06.阿爾發試驗室2區(Alpha Labs Sector 2)
壹出電梯照例有戰鬥，上臺階後發現前面門被打壞。從廁所裏的梯子爬上屋頂，又鉆通風口，沿途有岔路可拾取彈藥。從通風口盡頭跳下，來到打壞的門另壹側，CP 01號門內有新PDA，還可查看各處地點的視頻監控，工程冷卻控制室中隱約有人。從AL2 004門出去，外面走廊遭破壞，進入後氧氣會迅速耗盡。從走廊盡頭的門進去，在控制室中可找到新PDA，此時軍士長Kelly命令妳穿過工程區尋找通向Sector 2的入口。穿過標有Engineering的小門，壹路殺到升降平臺處，降到下壹層後與幸存的科學家Edwards相遇，跟著他在黑暗中穿行，沿途遭遇怪物時努力保證他的安全。從鐵梯爬上平臺後，用密碼102打開39號儲藏櫃，然後從對面門離開。外面走廊盡頭的門又壞了，跳入走廊壹側的凹處，沿著狹窄的管線通道爬到有醫療箱的房間，使用旁邊終端打開工作梯，大量的蜘蛛形怪物隨即從四周湧出。從梯子爬上平臺，打開左面黃色傳送艙大門，進去後點按鈕即可前往Sector 3區。
07.阿爾發試驗室3區(Alpha Labs Sector 3)
離開傳送艙，消滅幾個持槍的敵人後沿路前進，在走廊裏先進右邊標有UAC的門。先拿臺上的PDA，然後用控制臺上的觸屏控制機械爪，將外面大廳裏兩個泄漏毒氣的燃料桶提起丟入垃圾口。從走廊盡頭入口來到大廳，拿取地面上的鑰匙卡，穿門而過還能找到新PDA，47號儲藏櫃密碼是123。按旁邊的升降梯電鈕會有幾個敵人乘平臺上來，幹掉他們後沿原路返回走廊，從控制室對面的岔道進去，用鑰匙卡開門迎戰敵人。附近48號儲藏櫃密碼仍然是123。從標有AL2 HO4的門出去，走左側那條紅燈閃爍的鬼影小道可獲得轉管機槍，回來時兩邊隔間會有大量妖怪撲出。回到小控制室後點壹下觸摸屏上的最後壹項，看到3號大門也被打開。接著從AL2 HO5門離開，乘升降平臺下來，但平臺快到底時發生故障，只好跳下來消滅湧出的怪物。在有肉頭怪的房間裏前方電子門損壞，從旁邊玻璃窗跳進去，49號儲藏櫃密碼還是123，最後進傳送艙前往Sector 4區繼續尋找Bravo小隊。
08.阿爾發試驗室4區(Alpha Labs Sector 4)
當前任務是盡快趕到Enpro電站，途中會遇到壹位受困循環艙的科學家，按觸摸屏上的OPEN CHAMBER將其釋放，如果錯按成激活鍵就會出人命。從電梯間乘電梯下去與這位Kaczynski博士會合，他告訴妳這附近的電腦都出了故障，博士身邊有臺電腦可開啟循環艙安全門，從控制臺上拿到PDA和光碟後離開。穿過博士剛才受困的循環艙，經過幾場戰鬥後沿著向上的鐵梯回到第2層。路的盡頭有兩扇門，左邊那扇進去後是死路，但在盡頭會發生幻覺，有個神秘的聲音在妳耳邊響起，返回時註意墻上凹槽會出現彈藥補給。進右邊那扇門後Kelly告訴妳目前只有兩條路可通向電站：壹是啟動EFR系統，二是打開維修梯。兩條路各有利弊，在門外觸摸屏上根據自己的選擇按下相應選項。如果啟動EFR系統，先用加速跑跳到對面平臺上，接著跳到不斷旋轉的天橋上，然後先跳到右邊門內啟動EFR程序。回來時前方原本亮紅燈的門變成綠燈，最終回到天橋上加速跑跳進門。消滅門內敵人後登上旁邊不斷出現的移動平臺，小心別被沿途晃動的吊掛零件砸下去，拐彎處旋轉的黃色鋼臂將考驗妳下蹲和跳躍的功夫。當平臺下降後從左側門進去，到控制臺啟動4根磁場臂，小心地從它們中間跳到對面去。出口附近有個觸屏開關可打開貨倉門，出門乘移動平臺上去，如果不想被兩邊的伸縮臂砸成肉醬最好趕緊蹲下，然後跳入打開的貨倉與敵人展開激戰。經過壹段走廊時會看見下面Campbell正與怪物戰鬥，很快來到洞穴入口，歡迎妳的是蜘蛛女王，操起轉管機槍上吧，戰鬥結束後進傳送艙前往電站。如果玩家選擇打開維修梯就不用跳來跳去，但途中會遭遇大量敵人，用密碼651可打開64號儲藏櫃，最後還是與蜘蛛女王決鬥。
09.電站(Enpro Plant)
Bravo小隊在搜尋中與怪物發生激戰，流彈引發爆炸導致反應堆2號冷卻棒受損，如不即時修復冷卻棒可能會有更大麻煩。Kelly來電通知妳Bravo小隊已全滅，妳是大家唯壹的希望了。前進途中激活壹只機器人，跟著這小家夥來到控制室裏啟動管道檢查程序，右側臺子上還蠵DA。繼續跟著機器人在黑暗中穿行，它的燈光和機槍會給妳極大幫助，機器人停住點附近的升降平臺壞了，從走道另壹頭的梯子爬上去，進控制室會目睹女工人員化身為懸浮骷髏頭，消滅它們後開啟安全門和工作梯，從臺子上的PDA裏獲悉旁邊63號儲藏櫃密碼為972，打開即可獲得等離子槍。出門幹掉更多骷髏頭後從搭建的平橋上過去，來到反應堆旁沿著天橋走，開始有扇門無法打開，繼續前行乘升降平臺下去。幾經戰鬥後終於趕到正在熊熊燃燒的冷卻棒旁，到控制室裏按下按鍵更換冷卻棒，從旁邊的閉路監視器上看到Swann二人正在尋找乘坐軍用運輸車的鑰匙卡。沿原路返回第1座反應堆處，剛才打不開的門現在開了，進去由暗道來到等離子控制室，最後下到等離子倉庫，從那些桶中間穿過去，出來之後會遇到壹名海軍陸戰隊員，這位戰友把運輸車鑰匙卡交給妳後就犧牲了。仔細在紅燈閃爍的地方尋找可發現PDA，從中獲悉等離子倉庫的密碼是734。附近有扇密封氣門，開啟後前往交通站。
10.轉運站(Communications Transfer)
打開密封門後暴露在火星大氣中，迅速跑到對面大門，真正的入口在右側巷道中，如果氧氣不夠可拾取大門旁的氣瓶。進去後Kelly來電要妳盡快趕到通訊站，與群敵激戰後從管線通道爬進去，裏面說不出的陰森恐怖。從鐵梯再次爬出氣密門，下面有大量蜘蛛怪，妳必須趕在氧氣耗盡前沖到另壹頭的升降平臺逃上去。經過運輸車道後來到堆有很多箱子的地方，旁邊小房子裏可獲得鏈鋸和新PDA，大量手持鏈鋸的僵屍也會現身。有了PDA即可進對面的門，裏面盡頭的電梯電力不足，從過道中另壹扇門出去，穿過燃燒的地板再從梯子爬上去，現在要開啟服務電梯抵達上層控制室，但必須先搞到啟動小平臺的PDA。從平臺控制器左邊門進去，在壹片狼藉的走道裏邊戰邊走，在右端門外可獲得PDA。從附近的2號控制器召來移動小平臺，上去後用手動控制讓小平臺行駛到1號和2號控制器之間的岔道口，途中會有懸浮巨腦魔截擊。在這裏按上升鍵來到2樓，很快就可在附近找到打開服務電梯的觸摸屏。下來乘小平臺直接開往3號控制器，進去後有扇門前地板會下陷，下面有個法寶可在短時間內提高妳的移動速度和肉搏攻擊力量，利用它徒手輕松收拾附近的怪物。打開氣密門又來到外面，不要與發射火箭的巨腦魔纏鬥，加速沖向對面，氣密門入口在大門左側。
11.通訊站(Communications)
Kelly催促妳盡快找到通訊主控室，將火星上發生的災難報告給行星軌道艦隊。出氣密門後乘電梯徑直來到3樓，在中央控制臺觸摸屏上開啟通訊室入口，單軌天橋門還無法開啟。消滅出現的怪物後從標有Communications的門進去，當心前面有個持槍敵人還拿有防彈盾，幾番廝殺後終於來到通訊主控室，但Kelly告訴妳由於Swann等人的愚蠢錯誤，主通訊系統動力不足，無法正常運作，只有趕到衛星控制中心去發送消息了。拿到操縱臺上的PDA後從進來的門離開，上臺階後通向工程區的那扇門現在可以打開了，進去接受壹頓前後夾擊的歡迎後乘升降平臺下去，繼續殺開壹條血路前進。有伸縮液壓桿來回運作的地方要低身鉆過去，找到升降平臺後上去，途中有扇門前可拾到新PDA。先進對面標有Security Unit K8的門，查看剛才得到的PDA，用密碼246打開54號儲藏櫃，最後按控制臺上的觸摸屏啟動壹只小機器人。跟著這位“小強”壹路耀武揚威前進，等小家夥收工時妳已站在了通向衛星控制中心的電梯門前。進電梯後Kelly警告妳Swann等人可能就在附近，出門得到新PDA，自己的通行證級別也再次提升。很快來到衛星控制中心，正當妳要向艦隊發送加密信息時，Swann出現在屏幕上企圖說服妳暫不要向外界透露這裏發生的壹切，觸摸屏上會出現是否發送信息的選擇，由玩家自己決定。無論是否發送，下壹步都要趕到德爾塔試驗室區去。沿原路返回3樓中央控制臺，單軌天橋入口此時已打開。
12.單軌天橋(Monorail Skybridge)
剛出來眼前的天橋就發生坍塌，沿著殘骸跳到地面，趕在氧氣耗盡前沖進右側氣密門。前面又出現了發射火箭的骷髏怪，各位只管見怪殺怪見門開門，乘電梯下到底層後仍然是壹條單線往前走，途中伏兵多如牛毛不需多說。系統告知排汙泵發生故障，必須找到控制臺解決問題。於是找到控制臺開啟維修梯，同時拿取旁邊的PDA和光碟，然後從右邊放下的維修梯爬上去。從控制室窗口跳到排汙泵的管子上，走右邊那根到對面平臺上啟動緊急關閉程序，下面堆積的有毒汙物很快全部排光。通過後進水泵右側那扇門，沒走多久就進入壹段巖洞，裏面還有很多蜘蛛怪。接著闖到壹處積有大量汙物的地方，踩著石板跳到右邊入口進門，在門內不遠處臺子上可發現新PDA，走到左邊取得火箭發射器。從左邊門出去，打開氣密門後先解決天橋上的火箭怪，然後殺進右側小屋，借助箱子堆跳上屋頂天橋，天橋盡頭有扇氣密門可供逃生。
13.循環處理2區(Recycling-Sector 2)
出氣密門進對面控制室，拿取臺上PDA後按下主泵重啟鍵，屏幕上突然出現Betruger博士，他聲稱自己找到了新的信仰，還要將整個地球也帶入地獄，並威脅妳，說再怎麽警告都來不及了，之後又是壹場混戰。借助伸縮的液壓臂跳上天橋，附近壹扇門裏有彈鉤浜笞吡硪簧讓爬肟飛?03號儲藏箱密碼為483。Betruger博士喪心病狂地啟動了毒氣排放程序，必須盡快找到空氣凈化系統控制臺。拐入旁邊通道進入地下管道室，先找到壹處天橋上的觸摸屏排走下面通道內的毒氣，然後即可穿過通道，從另壹頭出來後會遭遇童首蜂身的新怪物童天使，乘升降平臺下到荒地，還會撞上雙手均為火箭發射器的象鼻怪。殺死它們後從天橋上的門進去，突然空氣中毒氣濃度大增，妳必須趕在生命值耗盡前按下走廊上3個觸摸屏開關阻止毒氣繼續排入。拿取走道盡頭處的PDA後出門，妳發現自己又回到了003號儲藏箱裏，不過這時通向單軌火車的傳送艙門已能打開。
14.單軌電車(Monorail)
Betruger偷襲軍士長Kelly得手並對其進行改造，這邊主人公也來到了單軌電車站。先在站臺上轉轉，拿到PDA和彈藥補給後上車出發。這時車廂裏冒出另壹位幸存者Ryan，他告訴妳自己的同伴前去打探情況卻有去無回。單軌車在SITE 2站臺停下，前方氣密門發生故障擋住了去路。進站臺大門迎戰群敵，敵人中多了壹種右手持鞭的僵屍。先在附近找到壹張PDA，然後到樓上控制室裏拿取另壹張PDA，調查兩份PDA後用密碼826手動開啟軌道氣密門，旁邊的054號儲藏櫃密碼是142。殺回單軌電車上繼續前進，眼看來到德爾塔試驗室區突然電車傾覆。離開燃燒殘骸，由旁邊鐵梯爬上站臺，從右側不遠處門進去，繞到後面的小站臺上2樓值班室拿取PDA，漆黑的走廊裏Betruger發出惡狠狠的命令，讓手下妖怪消滅妳，但它們哪裏是妳的對手。過天橋後要小心，啟動的自動機關炮會橫掃壹切，沖入對面辦公室中等它消滅附近出現的怪物後再將其關閉。隔壁並列兩座儲藏櫃的密碼都是364，拿取補給後從自動機關炮後面的傳送艙離開。
15.德爾塔試驗室1區(Delta Labs-Sector 1)
來到德爾塔試驗室第1層，這裏也是壹片狼藉，首先得恢復動力電源。從屍體堆中拾取PDA，從安全門前右側的玻璃窗跳進去，來到主控臺上按觸摸屏後發現還需要數據傳輸器才能啟動系統。往回走，從崩開的地板漏洞下去，出來後來到主大廳，在有壹大灘血漬的地方從壹具屍體上獲得數據傳輸器，返回主控臺完成第1步，接下來要趕往反應堆控制室。再到發現數據傳輸器的地方，右側門裏可得到補給。從左側門出去，壹路殺到堆放箱子的倉庫中，身後撲出的怪物會打開壹條暗道。鉆進去來到小貨倉，用密碼298打開210號儲藏櫃。然後到2號隧道，在隧道盡頭有條路通向反應堆維修室。坐升降平臺下來再走壹段就到了反應堆，爬上鐵梯後直接進對面的門，左拐即可抵達控制室，啟動電源後從隔壁梯子上樓，爬到最高層後到反應堆葉片前可找到新PDA。回到反應堆控制室，用PDA打開背後那扇門，經過多次上上下下最終回到發現數據傳輸器處，回主大廳乘坐電梯前往第2層。
16.德爾塔試驗室2A區 (Delta Labs-Sector 2A)
離開電梯後繞行回廊來到主大廳，左邊門通向廁所，乘右邊電梯上到2樓資料室，在辦公桌上可得到新PDA。穿過走廊進正對面標有Sector 4的門，從煙霧繚繞的過道裏跳過幾個箱子後來到傳送測試室，幸存的科學家McCormick告訴妳，Betruger博士企圖利用上古時代的神秘古物作祟，但附近所有通道都被爆炸阻塞，只能利用物質傳送儀通過，而啟動物質傳送儀必須先找到等離子電池。返回走廊發現兩側的門現在都能通行了，先進標有Operations的Sector 2號門，走右邊來到有很多辦公間的地方，從打碎的玻璃窗鉆入壹間辦公室得到新PDA，內有打開112號儲藏櫃的密碼538。辦公區盡頭的安全門無法打開，返回走廊再進對面標有Bio Labs的Sector 3號門，進去後看到右邊屋內毒氣四溢，走左邊壹路殺到墻上有九宮格存儲櫃的地方，按操縱臺上的3鍵，機械臂會將3號櫃取下，然後再按3鍵並迅速跳到3號櫃上，機械臂會把妳和存儲櫃壹起擡到空中，這樣妳才能跳到旁邊墻的緣架上。鉆入緣架上的通道來到安全區，調查此前得到的安全主任Michael Abrams的PDA，聽工作報告獲悉他辦公室開門密碼為901，再看電子郵件得知，由於按鍵故障，0已經被更改為3，用931進入他的辦公室後得到本作絕世神兵BFG9000。繼續前進到辦公室，調查左邊臺子上的電腦獲悉116號儲藏櫃密碼為972，接著按右邊桌上的電腦，排走隔壁屋內毒氣，然後進去操作電腦打開Sector 2區的所有門。再回Sector 2區果然發現所有辦公室的門都開了，在第1間辦公室裏可拿到新PDA。進辦公區盡頭安全門來到標有SERVER的房間，進門後在右手看到的那個圓柱形東東就是等離子電池，旁邊114號儲藏櫃密碼是715。拿上電池回去找McCormick，對話後走左邊門到傳送臺處，體驗壹下UAC最新的物質傳送技術吧。
17.德爾塔試驗室2B區(Delta Labs-Sector 2B)
離開傳送臺後在附近控制室裏找到壹把電子鑰匙，用它可打開通向生化試驗部的安全門，進去後在操縱臺上打開2號倉庫門，裏面有醫療箱和部分彈藥補給。再進4號倉庫，在103號儲藏櫃附近得到新PDA，獲悉密碼為259。穿過血漬斑斑的中央通道乘?燈教ㄉ系?樓，從管線通道裏爬到樣本研究試驗室，遇到正在研究僵屍的Michaels醫生，他告訴妳隔壁的216和217儲藏箱密碼是624。跳過壹堆箱子後殺到控制中心，在樣本室裏走右邊門可聽到有人呼救，打開右側的維修門到下面，但怪物還是先壹步殺害了這名工作人員，拿上他的PDA返回地面。很快來到漆黑壹片的樣本運送軌附近，按操作屏啟動樣本罐運送程序，借著這點光跟隨樣本罐前進，沿途當然免不了戰鬥，來到控制間後用密碼371打開213號儲藏櫃。穿門而過繼續跟上樣本罐來到升降平臺前，這附近還有壹個門可通向樣本室。乘升降平臺到2樓，殺到分析室後得到PDA和光碟，調查PDA得知那件上古時代的神秘古物靈魂盒(Soul Cube)竟然是壹件武器，而此時分析臺上的靈魂盒也早已不知去向。666號儲藏櫃上貼有壹張紙條寫著密碼372，但小心裏面可不是彈藥。趕緊沿路追下去，從辦公室裏得到新PDA，用密碼725打開07號倉庫門，裏面有個沒有標號的儲藏櫃，密碼為0508，櫃子裏有壹把BFG9000。根據PDA中的提示，用密碼463進入前往第3區的傳送艙。