文久三年（1863）五月二十日，對新兵衛來說是不幸的壹天。此日夜，尊攘派公卿姊小路公知在參加了禦所會議後的歸側途中，被暗殺於朔平門外。（姊小路公知生於壹八三九年（天保十年），是試圖打壓幕府、復興朝政的青年公卿的代表。當晚他帶著二名家臣和壹名仆童出門，遭到三名刺客的襲擊。替公知拿著太刀的家臣嚇破了膽，竟然帶著公知的佩刀逃跑了。公知赤手空拳，只有壹柄折扇，但他頑強抵擋，盡管頭部受了重傷，還是奪過了壹名刺客手中的刀。刺客們見狀心生畏懼而遁去，公知也終因傷重身亡。）
經過查證，刺客遺下的刀正是田中新兵衛的佩刀。另外新兵衛身上所受的傷口位置也與生存者的證言壹致。（同時仁禮源之丞等人也遭到逮捕後被釋放。）於是將新兵衛逮捕至町奉行所。在町奉行所，新兵衛壹直憤慨地矢口否認犯案。而當審問官將刀出示給他看時，新兵衛臉色驟變，立即拔出肋差當場切腹自盡。
也有說法事發之時他並不在現場，而是在某處借酒消愁，這壹陣子以來他壹直頗為消沈。不離身的佩刀竟被竊走，對壹個武士而言，無疑是奇恥大辱，看來他是因此覺得無顏茍活，才會自尋短見。事件的真相到底是什麽呢，至今難以明白。 新兵衛享年二十三歲，真是英年早逝啊。
與河上彥齋相比，被冠以“天誅”先驅之名的田中新兵衛似乎更加接近“人斬拔刀齋”。不過新兵衛不僅死得早，而且若暗殺姊小路的兇手不是他的話，那麽他死得也太窩囊。
P.S.和月伸宏在《劍心秘傳》中提到，有壹定可能劍心參與了姊小路公知遇刺事件。