米歇爾·巴斯托斯的球員生涯開始於家鄉的佩洛塔斯俱樂部，他從1994年開始在這裏接受訓練，不過他並沒有代表球隊參加正式比賽。2001年米歇爾·巴斯托斯首次旅歐，他加盟荷蘭聯賽的費耶諾德隊，第壹個賽季18歲的他始終在俱樂部的二線隊，2002-03賽季他被租借到鹿特丹隊效力了壹個賽季。
2003年巴斯托斯返回巴西國內，加盟了巴拉納競技隊，2004年又被租借到給雷米奧。
2006年賽季巴斯托斯二次旅歐，這壹次他加盟的法甲裏爾俱樂部，在2006-07賽季法甲揭幕戰上巴斯托斯替補出場，2007-08賽季巴斯托斯在法甲中出場35次打進8球，幫助球隊獲得聯賽第七名。2008-09賽季巴斯托斯更進壹步，他在法甲賽場上打進14球並送出9次助攻，成為法甲歷史上首位同時進入射手榜和助攻榜前五的球員，這個賽季他也被評為了法甲賽季最佳球員，隨後他以1800萬歐元的身價轉會裏昂。
巴斯托斯在裏昂的表現更加出色，2010年2月21日他在與索肖隊的比賽中用了21分鐘就完成帽子戲法，幫助裏昂隊最終4比0大勝對手。
德甲沙爾克04俱樂部1月29日在其網站上宣布，從法甲裏昂隊租借到巴西攻擊型中場球員巴斯托斯，後者將為“需工”效力到下賽季結束，同時俱樂部在租借期內擁有買斷權。 在加盟裏昂隊之前，米歇爾·巴斯托斯從未入選過巴西國家隊。2009年10月巴斯托斯被鄧加招入國家隊，並在隨後對陣英格蘭和阿曼隊的兩場熱身賽中出場，司職主力左後衛，表現出色。他很有可能將在南非世界杯上出任巴西隊的主力左後衛。
截止到2010年3月米歇爾·巴斯托斯***為巴西國家隊出場3次，還沒有取得進球。