用手機交農村合作醫療的流程如下：可以通過微信繳納。點擊微信，然後在微信的右下角界面選擇“我的”按鈕，然後進去壹個新的界面，在新的界面中選擇支付按鈕，會跳轉出壹個包含城市服務的按鈕，那麽這個時候點擊城市服務按鈕，選擇社保、地區，點擊城鄉居民社保繳納，輸入需要繳納的證件號碼，選擇需要繳納的檔次，直接根據提示點擊下壹步即可，就可以完成新農村合作醫療繳納了。根據相關法律規定可知，國家建立和完善新型農村合作醫療制度。
新型農村合作醫療的管理辦法，由國務院規定。
《中華人民***和國社會保險法》
第六十條?用人單位應當自行申報、按時足額繳納社會保險費，非因不可抗力等法定事由不得緩繳、減免。職工應當繳納的社會保險費由用人單位代扣代繳，用人單位應當按月將繳納社會保險費的明細情況告知本人。
無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加社會保險的非全日制從業人員以及其他靈活就業人員，可以直接向社會保險費征收機構繳納社會保險費。