二戰前
漢諾威96成立於1896年4月12日，當時球隊的名稱叫做漢諾威人1896俱樂部。1878漢諾威德國人俱樂部的創始人費迪南德-威廉·弗裏克是俱樂部的發起人。俱樂部創立之初將主要精力放在了田徑和橄欖球上。直到1899年，足球才成為俱樂部經營的項目之壹。1902年，漢諾威日耳曼尼亞1902俱樂部中的壹部分宣布並入漢諾威96。剩余部分則組成漢諾威人球類競技俱樂部。1913年，漢諾威96與漢諾威拉1898球類俱樂部宣布合並（後者是於1905年由漢諾威1898漢諾威拉足球俱樂部和漢諾威BV俱樂部合並而成），從而成立了漢諾威1896體育俱樂部。
漢諾威人俱樂部的主色調為黑白綠，但該隊卻身著藍色隊服比賽。而漢諾威BV俱樂部則身著紅色隊服。合並之後的俱樂部采用黑白綠作為俱樂部的主色調，但球隊出場比賽時卻身著紅色隊服。球隊因而得名“紅軍”（德語：Die Roten）。球隊的第三款隊服才采用俱樂部的主色調。
上世紀初，漢諾威96曾多次殺入國家聯賽附加賽，但遭到了不倫瑞克足球俱樂部的淘汰。兩隊的仇恨就此結下，並壹直延續到了今天。進入20年代後，漢諾威96逐漸壯大，球隊終於得以殺入國家聯賽。
1933年，第三帝國時期的德國足球聯賽進行了大規模的改制，分立為16個頂級聯賽。漢諾威96則被分入了下薩克森州聯賽。1935年，他們殺入了該地區聯賽的決賽階段，並得以在次年作為代表參加國家聯賽。1938年，漢諾威96首次獲得德國國家冠軍，這也成為德國足球歷史上的壹大冷門，當時他們擊敗了不可壹世稱霸德國足壇的沙爾克04。雙方戰成3比3之後，不得不進行重賽。結果漢諾威96以4比3擊敗對手捧得冠軍。1943年，球隊參加新成立的下薩克森州聯賽。
二戰後
漢諾威96與當時德國多數的組織機構壹樣在戰後由於德國被盟軍占領而被迫宣布解散。1945年8月，壹支由當地人組成的球隊開始形成。1個月後，由漢諾威96和漢諾威亞美尼亞球員聯合組成的球隊與英軍組織的球隊進行了當地戰後的第壹場正式足球比賽。1945年11月11日，漢諾威96以漢諾威人SV俱樂部的形式重新組建。1946年4月27日，球隊恢復了戰前所采用的俱樂部名稱。
1947年，俱樂部重新投入聯賽，參與當時組建的北區上部甲級聯賽，但隨即降級。1949年，漢諾威96又憑借優異的表現重返甲級聯賽。1954年，漢諾威96殺入德國國家決賽，以5比1完勝凱澤斯勞滕。而當時的凱澤斯勞滕隊中雲集了五名後來於同年為德國捧得歷史上第壹座世界杯冠軍的球員。
1963年，德國足球甲級聯賽正式成立，雲集了當時國內的16支頂級球隊。而當時的漢諾威96則參加乙級北部地區聯賽。但次年，球隊就得以成功升級。1964年，球隊挺進德甲聯賽。而場均46000名觀眾也為俱樂部帶來了豐厚的收益。
此後的10年時間，漢諾威96始終在德甲聯賽中占據壹席之地，直到1974—75賽季，球隊不幸降入德乙聯賽。次年漢諾威96殺回德甲但又隨即降級。此後的20年時間裏，球隊有整整17年都在德乙聯賽蹉跎。
復興
上世紀70年代末和90年代初，漢諾威96飽受財政問題困擾。1992年，漢諾威96壹路高歌猛進，拿下當年的德國杯冠軍，進而成功避免了球隊破產。漢諾威96先後淘汰了多特蒙德、波鴻、卡爾斯魯厄、雲達不來梅和門興格拉德巴赫，成為德國足球歷史上首次捧得德國杯冠軍的德乙俱樂部。球隊奪冠的頭號功臣是門將約爾格·希弗斯。他在半決賽的點球大戰中先是撲出了對方的兩記點球，隨後親自操刀命中，打進制勝壹球。而決賽同樣是在點球大戰中，他再度兩次救險幫助球隊拿下冠軍。
球隊隨即陷入低迷。1996—98賽季球隊更是壹度降入丙級北部聯賽。期間正好趕上球隊的俱樂部百年慶典，這也壹度成為敵對球迷的笑料。之後，球隊著力培養年輕球員，隊伍的面貌也煥然壹新。當時的不少年輕球員後來都入選了德國國家隊（包括傑拉爾德·阿薩莫阿、塞巴斯蒂安·凱爾和法比安·恩斯特）。1998年，球隊重返德乙聯賽。2002年，漢諾威96強勢回歸德甲，球隊在當年德乙聯賽中狂攬75分。
此後，球隊壹直穩居德甲中遊，期間俱樂部也經歷了多次換帥。2006—07賽季，由於戰績糟糕（開局三連敗，凈丟11球），彼得·諾伊呂勒被俱樂部解職。迪特·黑金接過帥印。2007—08賽季，在壹系列熱身賽中球隊相繼戰勝了格拉斯哥流浪者足球俱樂部和皇家馬德裏。但球隊在聯賽開局階段卻表現平平。之後球隊豪取三連勝，其中就包括2比0戰勝衛冕冠軍斯圖加特。漢諾威96也得以位居積分榜前六。但冬歇期結束後，球隊卻出現大幅滑坡。不過在賽季末段，漢諾威96適時反彈，在最後的11輪比賽中僅僅輸掉2場，以49分的成績獲得聯賽第八。
2008—09賽季，漢諾威96開局不利。但球隊經過調整之後迅速觸底反彈，期間曾以5比1橫掃門興格拉德巴赫，1比0在主場20年來首次戰勝拜仁慕尼黑，3比0擊敗漢堡足球俱樂部。但漢諾威96在冬歇期開始前還是位居積分榜下遊。下半程聯賽開始後，漢諾威96優異的主場表現令其他球隊刮目相看，但糟糕的客場成績依然令他們難有作為。憑借在聯賽最後幾輪壹場寶貴的客場勝利，球隊安全上岸，以第11名結束當年德甲征程。該賽季由於幾名核心球員因傷缺陣而導致俱樂部狀態大起大落。
2009—10賽季，球隊開始使用傳統色調的客場隊服和第三款隊服。約爾格·施馬特克就任俱樂部技術總監，俱樂部開始逐步調整發展策略。球隊從勒沃庫森相繼簽入卡裏姆·哈吉和康斯坦特·賈克帕，從因戈爾施塔特足球俱樂部買下瓦爾德特·拉馬。球隊在揭幕戰0比1不敵柏林赫塔足球俱樂部，在主場1比1戰平美因茨足球俱樂部。隨即主教練黑金主動遞交辭呈。助理教練安德裏亞斯·伯格曼接替了他的職務。賽季中段，漢諾威96再度陷入傷病困擾，期間球隊更是經歷了德國國門羅伯特·恩克因自殺不幸離世的打擊。米爾克·斯洛姆卡在冬歇期結束後取代伯格曼出任球隊主帥。阿羅納·科內和埃爾森相繼加盟球隊以進壹步充實陣容。
整個賽季，漢諾威96都在為保級苦苦掙紮。但在聯賽收官階段球隊接連取得關鍵性勝利，最終成功保級。2010—11賽季，漢諾威96令整個德甲賽場眼前壹亮，球隊連戰連捷，壹度在積分榜上壓制德甲巨人拜仁慕尼黑。賽季結束後，漢諾威96位居積分榜第四，19年來首度挺進歐洲賽場。
2011—12賽季開始後，漢諾威96延續了上賽季的良好狀態，主場2比1擊敗霍芬海姆足球俱樂部，客場2比1挑落紐倫堡足球俱樂部。在歐聯杯附加賽中，球隊以3比2的總比分擊敗西甲塞維利亞足球俱樂部，順利挺進小組賽。