作為機動戰士高達SEED的續作，本作也或多或少也承繼了上作的評價，同時也繼承了SEED的大量迂回路線，以及大量相同的戰鬥場景，以至於50集中將近20集都是可以跳過而不影響劇情，至於戰鬥方面就是主角們耍酷了。但是作為續作，機動戰士高達SEED DESTINY在某些方面的表現使之獲得不少劣評。
人物的爭議
雖然在本作開始時真·飛鳥是以主角的定位登場，但其真正活躍的場景卻不多見，前六話的戲份也沒有特別著重在他的表現，反而較偏重於阿斯蘭·薩拉與吉爾伯特·迪蘭達爾這兩位角色的應對，之後又穿插了為數不少的兼用卡，因此感覺不太出他主角的地位。第12話雖然有他爆種覺醒的活躍，但是在第11話卻只有壹句臺詞，14話的時候也只有在卡嘉莉·尤拉·阿斯哈的回憶鏡頭登場，作為壹個主角，其鏡頭真的是少的可憐。
同時，由於他在劇中對戰鬥的無情，而擊墬不少人氣角色也成為壹部分觀眾對他行為的憤慨，且由於他多不是出於自己的意願而是遵從著議長的命令，因此不少的觀眾（尤其是人氣角色的擁護者）也很直接的在討論版或自己的網誌上，說他只不過是“議長與尼爾的棋子”。之後由於故事劇情的展開，真·飛鳥所待的ZAFT方明顯透露出越來越多將成為敵方的跡象，相對於此，前代主角基拉·大和這壹方則有著被描寫正義行為的鏡頭出現，兩相對照之下，真也越來越沒有主角的地位，也因此被觀眾譏為“路人真”。
而且在片尾配音人員列表順序的部分，更出現了基拉·大和（保誌總壹朗）與真·飛鳥（鈴村健壹）的順序替換，雖然壹般說來也是有其他動畫有過主角壹話不出場之類的情況，但主角在列表順序的調換倒是相當奇異的例子。
根據監督福田己津央在Gundam ACE上的訪談，他說“他並沒有盡全力”，因此也有人據此而做出“因為萬代的商業化政策與前代人氣角色的擁護者的原因而犧牲掉了真”的推論；然而在日本最大匿名討論區2ch，由於曾經出現能準確泄漏劇情的疑似劇組相關人士，在提供劇情情報之余還談到“福田夫婦壹心壹意想將主角換成基拉跟阿斯蘭，其他工作人員因此與之爭執”；導致日本觀眾比較相信真是純粹因為導演夫婦私情而被冷落壹說。
而真被冷落的原因，有人認為是因為聲優鈴村健壹對於真的戲份於壹開始就被大砍，而他又被前代人氣角色的擁護者給不斷騷擾感到不滿而向監督抗議，因此導致戲份更是不斷大砍，連幫他撐腰的卡嘉莉·尤拉·阿斯哈的聲優進藤尚美在特別篇中戲份也全被砍光。
日本歷史曾出現“大和時代”，繼後出現的，便是“飛鳥時代”。因此主角“真·飛鳥”用“飛鳥”為姓，是要表示他繼承基拉·大和，成為新主角。
兼用卡的問題
本作在制作上雖然每集制作費高達3000萬日幣，但因為劇本的問題，經常導致劇本完成後只有8周的時間進行繪制動作（壹般而言是16周左右），因此有時為了節省時間，在分鏡和繪制的方面會選擇使用重復的畫面（也就是所謂的兼用卡），然而，SEED DESTINY卻不時出現壹些兼用卡錯用的情況，因而引人詬病。
機械設定的沿用
機動戰士高達 SEED DESTINY的機械設定大量使用了過去壹些高達系列作品的不同年代的機械設定，如：
U.C.紀元的ZAKU、ZAKU II及老虎都經過外觀上的修改，成了紮古戰士、紮古幻影及老虎烈焰等以新形機體登場。
而大魔的外觀，及其使用的“噴射氣流攻擊”戰術也直接移到ZGMF-XX09T Dom Trooper。
百式的金色外觀，肩上的漢字，等獨特的外觀、機體設定，也全部出現在拂曉的身上。
MVF-M11C Murasame的外型設計亦與MSZ-006系列機動戰士相似，這亦是受到批評的其中壹個原因。
作為機械設定者的大河原邦男在之後的訪談中被問及為什麽不作創新時，說明自己想要創新，卻被監督堅持要使用U.C.的舊有機體名稱和類似的外觀而不能有創新設計。