在希臘的雅典，兩位旅客無意間發現了聖鬥士的存在，從這裏揭開了故事的序幕
魔鈴教導星矢從卡西歐士那裏奪下了聖衣，並從莎爾拉的追殺下離開後，星矢回到日本，此時城戶財團的繼承人城戶紗織正在舉辦銀河擂臺賽，錦標是射手座黃金聖衣，參加者正是當初被送走的壹百個孤兒中幸存回來的十個青銅聖鬥士。戰事隨即開始，獲得白鳥聖衣的冰河突然歸來，他身上背負著來自教皇的秘密任務：將“私鬥”的聖鬥士們處決。星矢，冰河分別擊敗各自對手，在紫龍對星矢的戰鬥中，兩人見證了壹段從此之後始終不渝的兄弟情誼。在接下來的戰鬥中，瞬對邪武，戰鬥過程中壹輝歸來，但他已經不是大家從前所識。壹輝帶領暗黑聖鬥士奪走了射手座黃金聖衣。
為了奪回聖衣，四位青銅聖鬥士接受了壹輝的挑戰。為了修補在戰鬥中粉碎的天馬天龍兩件聖衣，紫龍孤身赴嘉米爾，在隱者穆那裏用自己的血為代價恢復了兩件聖衣。四位青銅聖鬥士分別擊敗了自己的敵手來到壹輝那裏，冰河用冰的招數令壹輝的幻魔拳反彈，大家終於知道了壹輝為何變得如此冷酷，原來在代替瞬前往死亡皇後島進行魔鬼訓練的六年中他的遭遇讓他失去了對愛的信心。後來在黃金聖衣的幫助下壹輝戰敗，他承認自己的失敗，並揭出了壹個巨大的秘密：原來壹百個孤兒都是城戶光政自己的兒子。
正在此時，富士山突然地震，原來是教皇見冰河最終沒有執行任務，故而派白銀聖鬥士來剿滅青銅聖鬥士。五個人在穆的幫助下逃生，星矢卻遇到了三個白銀聖鬥士。在魔鈴的幫助下星矢擊敗三人，青銅聖鬥士返回後，發現舉行銀河戰爭的競技場被毀滅殆盡，正是白銀聖鬥士所為。在此處，紗織道出了自己身份的秘密，她正是雅典娜女神的轉世。但是青銅聖鬥士們因為她幼年的嬌縱並不願意跟隨她，因之離去。但是此時教皇派遣烏鴉座聖鬥士撒米安掠走紗織，星矢前往營救，和紗織壹同墜谷。紗織此時以女神的力量制止了烏鴉座進壹步的攻擊，而壹輝突然出現擊退另壹個白銀，剩下的人也被瞬打敗。但是此時，英仙座白銀聖鬥士出現，星矢，瞬，冰河皆不敵，被石化，紫龍以自毀雙目為代價擊敗英仙座，令三人恢復。星矢受傷在醫院治療，黃金聖鬥士獅子座艾奧裏亞出現，他是星矢的故人，但卻是為剿滅青銅而來。危急時刻莎爾拉為星矢擋下致命壹擊，紗織前來向艾奧裏亞說明了十三年前教皇如何篡權的真相，而艾奧裏亞的哥哥艾奧羅斯的靈魂出現，令艾奧裏亞醒悟返回聖域。紗織向星矢講述了十三年前城戶光政百子獻神的故事，並決定獨自前往聖域對抗教皇。青銅們最終決定承認紗織的身份，與她同赴聖域。
接下來，便是黃金十二宮的劇情