亞特蘭大於1907年由壹群富有的瑞士移民建立，初時稱為“亞特蘭大 貝加莫體操及田徑運動會社”（Società Bergamasca di Ginnastica e Sports Atletici Atalanta），名字取自壹名希臘神話中的女神，新俱樂部直到1914年才獲得意大利足球總會的承認。1924年亞特蘭大與同市的“貝加莫體操及箭藝會”（Bergamasca di Ginnastica e Scherma）合並組成“亞特蘭大及貝加莫體操及箭藝會”（Atalanta e Bergamasca di Ginnastica e Scherma），於1928年搬遷到現時的會址。
亞特蘭大俱樂部成立於1907年，當時奧羅比卡體育俱樂部的五位成員：阿馬蒂兄弟（吉諾和費魯西奧）、吉奧瓦尼·羅伯特、阿裏桑德羅·費奧裏尼和尤根尼奧·烏裏羅決定成立壹家足球俱樂部。他們選舉維托裏奧·阿德拉西奧作為俱樂部的首任主席，並以希臘神話中的美麗女神亞特蘭大作為球隊的名稱。1920年亞特蘭大俱樂部同貝爾加馬斯卡體操擊劍俱樂部合並成立了亞特蘭大&貝爾加馬斯卡體操擊劍俱樂部，並選定黑色和蘭色作為球隊的標誌色。盧辛格當選為新俱樂部的首位主席。亞特蘭大隊的首場正式比賽便以4:1酣暢淋漓地擊敗了對手馬斯特裏隊，而當時的體育場至今仍然充當著俱樂部的主體育場。七十年代初上臺的俱樂部主席阿切利·波多洛蒂為球隊註入了大筆資金，得到了強大財政支持的亞特蘭大隊開始了他們的復興之路。球隊於1983～1984賽季沖上了意甲聯賽，在此期間亞特蘭大隊湧現出了很多優秀的球員，其中最為著名的要數隨意大利國家隊贏得1982年世界杯冠軍的加塔諾斯裏亞和追隨薩基創造米蘭王朝神話的中場大將多納多尼。當時光指向九十年代之後，亞特蘭大隊卻開始了在甲乙級聯賽搖擺的“動蕩歲月”。但俱樂部仍然在這個期間培養出了多名諸如菲利普·因紮吉和維埃裏等叱咤當今意甲足壇的重量級球星。在引進的外援中也不乏大腕，阿根廷著名的“風之子”卡尼吉亞就曾經慕名而來。著名的主教練“銀狐”裏皮也親自調教過這支球隊。在主教練瓦瓦索裏的正確指揮下，亞特蘭大隊於1999-2000賽季贏得了意甲聯賽的入場券，球隊的核心是壹群非常有潛質的年輕球員，其中包括澤諾尼兄弟、貝裏尼、羅西尼、多納蒂、多尼和紮烏裏等多名未來之星，亞特蘭大隊的再度中興將指日可待。
亞特蘭大於1929年開始參加意大利足球聯賽，直至1937年才首次升班到意甲，但隨即降級打回原形。亞特蘭大於1940年卷土重來再戰意甲，並壹直保持頂級聯賽席位至1958年；僅壹季後即贏得意乙冠軍重返甲組，更於1963年以3-1擊敗都靈奪得首次意大利杯冠軍。1969年亞特蘭大以墊底成績降級意乙。1970年意乙三隊同得47分排於積分榜第二位，亞特蘭大在附加賽兩戰兩勝獲得升班資格。惟兩年後再次降級，開始壹段長時期在甲乙組之間浮沈的歲月。亞特蘭大在意甲最佳成績是在1948年所取得的第5位，但於1981年首次降級意丙，幸好僅壹季即以冠軍身份返回意乙，更於1984年贏得意乙冠軍升上意甲。但亞特蘭大仍然是升降機，分別於1987年、1994年、1998年、2003年及2005年降級，於2006年以意乙冠軍身份升班至今，近三季均處於中遊不受降級威脅。
亞特蘭大贏得的重要錦標可為絕無僅有，唯壹獎杯是1963年奪得的意大利杯。在歐洲賽場更是微不足道，最佳成績不過是晉級1988年歐洲杯賽冠軍杯的四強及1991年歐洲聯盟杯的八強。
亞特蘭大的青訓系統出產無數著名球星，包括多納多尼（前國家隊主教練）、塔奇納迪（Alessio Tacchinardi）、莫菲奧（Domenico Morfeo）、帕齊尼（Giampaolo Pazzini）、蒙托利沃（Riccardo Montolivo）、佩利佐利（Ivan Pelizzoli）及達拉博納（Samuele Dalla Bona）等，壹壹被大俱樂部收歸旗下。而曾經效力的著名球員包括卡尼吉亞（Claudio Caniggia）、斯特羅姆博格（Glenn Strömberg）、艾林美奧（Alemão）、蒙特羅（Paolo Montero）、維埃裏（Christian Vieri）、因紮吉（Filippo Inzaghi）、倫蒂尼（Gianluigi Lentini）、盧卡雷利（Cristiano Lucarelli）及多尼（Cristiano Doni）等。
亞特蘭大是上賽季意甲的大黑馬，曾穩居積分榜前3名，但由於後勁不足，最終連聯盟杯資格都沒有獲得。亞特蘭大的眾多新秀壹直是各大球會追逐的對象，經過今年夏天的轉會潮，主力陣容變動較大，多納蒂、C.澤諾尼、佩利佐利、西維利亞投靠豪門，文托拉和莫費奧也回到各自東家。手中有了大筆的現金，亞特蘭大也不用像其他中小球會那樣小氣，泰比、達博、薩拉、奧蘭迪尼、裏納爾迪等新人有壹定實力。亞特蘭大的實力並沒有削弱，瓦瓦索裏面臨的任務是如何盡快捏合隊伍，以他的執教水平，亞特蘭大在新賽季至少可以穩居中遊，但重現上賽季初奇跡的可能性不大。
2009/10年開季成績差劣，4戰4敗敬陪末席，於2009年9月22日辭退主教練安傑洛·格雷古奇（Angelo Gregucci），由前巴裏足球俱樂部教頭安東尼奧·孔蒂（Antonio Conte）接掌帥印。
2010-2011賽季，亞特蘭大還在意乙聯賽。該隊操縱了部分意乙比賽，使部分預先知道結果的投註者在足球博彩中非法獲益。亞特蘭大俱樂部只被罰了2.5萬歐元。另有6支意大利低級別球隊受到處罰，罰分從1分到6分不等；最重的是意乙球隊格羅塞托，下賽季被罰掉6分，並被處以4萬歐元罰款。
2012/13賽季獲得意甲聯賽第15名。