蜀山附近地氣特異，靈力極強的異象被壹些方士發現，蜀山也成為傳說中的仙山。開始有修仙之人在這裏結廬修煉，但此時並沒有形成壹定的宗派，各人的修煉方式也各不相同，全憑自悟。其間有少數人成仙，多為“屍解”，偶然的成分很高。
仙劍派第壹代掌門持有鎮妖劍，花七七四十九天結九轉金丹成仙身，被後來的的蜀山仙劍派奉為開山祖師。 蜀山修仙人數空前繁榮，最多達數千人，分成數百小門派，各自都有壹套獨特的修仙方法。各門派宗旨不同，但多數都和道教的宗旨有壹定聯系。
同時，蜀山妖類修煉活動頻繁，人類才真正開始了解到世間有“妖”這樣壹個種族，蜀山有相當壹部分修士以斬妖除魔為己任，認為這樣可以積德升仙，蜀山劍俠漸漸出現在民間的傳說中。——仙話：四川境內群山矗立，自古為天下名山之秀，蜀山壹帶頗多靈跡，素聞有劍仙在彼服氣辟谷精勤修為，憑著壹柄飛劍出入青冥、橫飛山川、縱貫宇宙，遊戲人間好不逍遙。劍仙行事首重仁義，入世行善、廣積功德，若是路見不平必伸援手，除魔衛道義不容辭，多少看破紅塵的凡夫俗子，舍棄世間的富貴榮華、愛恨喜樂，千裏迢迢欲上蜀山尋仙訪道，祈能超脫生老病死之苦。惜蜀山千峰萬嶺高聳入雲，異人散仙洞府又極其隱密，豈是易尋？再者，往蜀山之路必經苗疆，漢苗自古對立恩怨難解，苗民養蠱成風，專害過路漢客，又多半精通巫術，禁忌頗多，稍有冒犯，便糾纏不放，至死方休。就算是向道心堅者，又有幾人能通過層層考驗，得蒙高人傳授，修煉成仙？ 梁武帝因其信奉佛教，招集無數高僧、法師上蜀山修建佛塔。蜀山盟排斥佛教，將佛塔改建。
梁武帝大怒，斥蜀山為邪魔外道，率兵攻打蜀山，欲毀其塔。“蜀山盟”奮力抗爭，梁武帝人馬慘敗。經此壹役，“蜀山盟”元氣大傷，包括鎖妖塔，三皇殿，祖師殿在內的建築被毀，很多以煉丹服餌，僻谷食氣為修煉方式的門派因戰鬥力不強幾乎滅門。仙劍派因法術高強在此役中立下大功，仙劍派掌門統合“蜀山盟”十幾個門派，成立了“蜀山仙劍派”，簡稱“蜀山派”（此時約為仙劍壹的600年前）。
作為蜀山仙劍派前身仙劍派的歷史便被編纂並入蜀山派歷史，蜀山仙劍派第壹代掌門並受天帝接引成仙。（以下均把蜀山仙劍派簡稱為蜀山派）。
梁武帝之佛塔最終在神界幫助下，由蜀山派改建成鎖妖塔。
塔成後，初代掌門進入與塔相關的蜀山地脈，留下壹碑文：（蜀山中空如瓠，鎖妖塔如瓠柄，裏蜀山為瓠腹，上下連通而壹體。五靈地脈如瓠皮表裏，隔絕人妖兩界，使人妖不能相犯，蜀山派形同瓠樞，平陰陽，和人妖，通達萬物，則人間可定矣。若裏蜀山妖長，則妖散逸於外，或擾亂人間，蜀山持劍衛道，降妖入鎖妖塔，汰劣存優，復入裏蜀山矣，如此循環，生生不息。若蜀山積弱不能敵妖，尚有神仙二界為援，若妖界積弱不敵蜀山，則陰陽失衡，天地壞，蜀山崩，不可收拾。雖開天以來，向為人弱妖強，然憂天之心常懷，居安思危，天人合壹之道也。）
蜀山派得到三皇神器（伏羲劍、女媧石、神農鼎），蜀山派祖師爺太清真人曾領悟修行化境，留下天書手卷。他於典籍中留下規定，通過七星伏魔陣的人可以得到三神器，並為後世下沈山體封堵神魔之井已作準備。
同時在鎖妖塔周圍大興土木，蜀山派正式形成。鎮妖劍亦變成為蜀山仙劍派鎮派之寶。
初代掌門卸任後，歷代蜀山派掌門接任時可在三皇殿通過“天視地聽”與之溝通（疑後世此功法已失傳）。
此後，蜀山劍仙基本上以蜀山仙劍派為主流，修煉方式註重內功和劍術，修仙求積德而不求升仙，積極入世斬妖。同時，也不排斥其他門派的修煉方式，積極搜集和保存各類修仙方法 。 天鬼皇被抓入鎖妖塔。
蜀山派第三代掌門收服在江湖作亂的魔劍。魔劍能自行揮動殺人，因其並非妖孽，不能被塔所制，只得封印於鎖妖塔塔頂（後不知何故再度作亂江湖）。
蜀山派第五代掌門煉制赤雪流珠丹。
蜀山派第七代掌門因情出走至蜀山混亂，此後立下門規只有出家弟子才可成為掌門（此制度至第二十三代掌門時被廢除）。
蜀山派第十二代掌門制降妖譜。
（以上各代掌門之間的年代關系並不明確）
約仙劍三景天入鎖妖塔的三百年前，天妖皇率妖界眾妖進犯人間。其實力過於強大，蜀山派數千弟子竟不能降服，當時掌門唯有集結所有蜀山弟子“喚神”古法迷惑群妖，引之入鎖妖塔。並命弟子結成五靈大陣催動塔內化妖水以加速妖孽煉化，經七七四十九天，其余妖孽盡被降伏。唯天妖皇因妖力強大在塔中靈力無法消失，反而借力欲破塔而出。掌門為杜絕後患，授命其鐘愛之弟子唯敬，先將之逐出師門， 後令他攜鎮妖劍入塔，與天妖皇大戰三日，終將天妖皇斬殺，鎮壓於塔底血池之中。其人亦死於斯。鎮妖劍亦由此長眠鎖妖塔底。
約仙劍三二百年前（仙劍四發生年代），蜀山仙劍派以俠義之舉已聞名天下；蜀山派弟子道臻為其弟道閏私情而盜取了壹顆赤雪流珠丹。魔劍被瓊華派弟子慕容紫英收取凈化。
約仙劍三的五十年前，江湖鑄劍名師九州散人在姜國故宮遇見仙緣（慕容紫英）後悟仙劍之道，召武林人士於故宮舉行散劍大會，封故宮為劍冢。後加入蜀山派，是蜀山歷史上入派時年齡最大的門徒。魔劍重新封印於鎖妖塔頂。
蜀山清微、凈明、和陽、蒼古、幽玄五長老為求修仙，將自身邪念以古法排出體外。然邪念無法化去，五長老無奈將其送入鎖妖塔。
清微的師弟清冷即將修成仙之際被同門的殊明奪取修為成仙，清冷又尋五靈輪自行成仙，之後脫離蜀山派，隱居綠蘿山。
清微成為蜀山派第二十二代掌門。
約壹百多年後，女媧後人紫萱找到徐長卿，並千方百計安排徐拜入蜀山派。
狼妖周赤炎被蜀山長老凈明擒住，投入鎖妖塔。
十多年後，紫萱找到機會制造與轉世的愛人徐長卿的相識。她行險將狼妖赤炎分化為人之赤炎與妖之燎日帶出鎖妖塔。燎日則將鎖妖塔看守、已是掌門入室弟子、繼任掌門人選徐長卿重傷且使其中毒，然終被紫萱、徐長卿合力制服，投入鎖妖塔。徐得紫萱解衣以蠱法療毒，頓生情愫。然被二十二代掌門清微撞見，加之紫萱為異族類，欲將其打入鎖妖塔。徐因此與清微發生爭執，被逐出蜀山派，與紫萱浪跡江湖。赤炎與絲緞離開蜀山於石村隱居，燎日進入裏蜀山，成為了裏蜀山的領導。
仙劍三當年，重樓闖入鎖妖塔頂，尋飛蓬佩劍未果，得魔劍，赴渝洲交與景天。鎖妖塔因重樓損壞，大量妖魔逸出。五長老當年排出之邪氣因日久合為壹體，乘此機會逃出，稱之邪劍仙，並冒充清微擾亂蜀山。景天等奉清微之命尋找五靈珠，並入鎖妖塔取得鎮妖劍，將天妖皇殺死。邪劍仙奪鎮妖劍，殺死唐雪見，清微。蜀山派由蒼古長老代行掌門職務。景天壹行人最終於鎖妖塔前大戰邪劍仙，最終四長老和邪劍仙皆身亡，紫萱將內丹給予徐長卿後結合五靈珠的力量穩固了鎖妖塔，徐長卿因而成仙。
事後，徐長卿任蜀山派第二十三代掌門。重樓因紫萱獻身修復崩潰的鎖妖塔而悔極，從此竟全力守護鎖妖塔。
燎日為尋回曾經記憶失手殺害了於石村隱居的周赤炎，周赤炎的妻子絲緞自絕身亡，他們的長子周煊身體損壞，靈魂被燎日投入赤炎屍體中帶到裏蜀山，改名星璇；次子周煌被蜀山長老南宮紀帶回蜀山養大，取名南宮煌。
其後十多年間，蜀山派在徐長卿領導下進入全盛時期，大興土木擴建了蜀山派，獨孤宇雲則入蜀山派並逐漸成長為骨幹弟子；司徒鐘入蜀山，成為獨孤宇雲師弟，並與年紀相若的南宮煌結為好友。
燎日圈養火魔獸，擾亂地脈，致使蜀山地氣異常，南宮煌受徐長卿之命打通地脈使蜀山恢復原狀。殊明調任鎖妖塔看守（後成為鎮獄明王），同時鎖妖塔在神界幹預下強化，五靈法陣被改為七星盤龍柱壓制。徐長卿將壹顆赤雪流珠丹給予苗疆聖姑以解傀儡婆婆的蠱毒。
地脈最終在南宮煌等人努力下歸回原狀。徐長卿受太清真人於地脈的留文啟示後隱退，任命長老常浩為第二十四代掌門；南宮父子被常浩趕出蜀山；司徒鐘因政見不同、回護南宮父子，被逐出蜀山派（其後數年，在獨孤宇雲力諫下，司徒鐘重回蜀山修煉）。蜀山派遣散了女弟子。
鎖妖塔倒塌的十八年前，壹魔尊危害人間，仙劍派掌門欲以三十六天罡劍陣對付魔尊。由於魔族掌旗使孔麟奸計，劍陣陣眼之人姜清因與魔尊之女月柔霞相戀誤入鎖妖塔。掌門大怒，命數十精銳弟子入鎖妖塔追殺月柔霞。結果精銳部隊全滅，姜清死在塔中。余下弟子良莠不齊，更無法湊齊人數，所以用三十五人強行組織劍陣欲將魔尊封印。而魔尊將其力量灌註在三魔器中，送出五華山，三十五人亦因魔尊之反撲全部喪生，但也勉強將魔尊封印。魔族的掌旗使孔璘之後被獨孤宇雲抓入鎖妖塔。
多年後，獨孤宇雲任二十六代掌門，太武為其大弟子。壹名行醫救人的女子拜入蜀山學習醫術，道號草谷。
南詔拜月教楊教主圈養水魔獸，使得蜀山氣候異常，苗疆洪水。神魔之井異變，人界發生大地震，魔界水旱，夜叉國龍溟、魔翳為尋水源向人界投放縛魂珠，龍溟潛入人界。
余杭客棧的李逍遙受雲遊的司徒鐘指點而學會了蜀山劍法，與仙靈島的趙靈兒結為夫妻，後奉嬸嬸之命兩人前往苗疆尋找趙靈兒母親。趙靈兒因兩族糾紛被黑苗石長老強行帶走。隨後石遭遇白苗蓋羅嬌，雙方血戰，死傷殆盡。趙靈兒被劍聖獨孤宇雲誤會為主兇，帶上蜀山，投入鎖妖塔。李逍遙、林月如二人在司徒鐘協助下上蜀山。與獨孤談判失敗後，李、林殺入塔中，釋姜清執念，救靈兒，滅鎮獄明王殊明，毀鎖妖塔，孔璘等大量妖魔逃出，林月如身隕，鎖妖塔倒塌後，底部本來連向裏蜀山的空間連接到了神魔之井。
後趙靈兒與李逍遙、阿奴壹起，打敗了拜月教主。 苗疆水魔獸之亂後，獨孤宇雲對李逍遙多番考驗，李逍遙成為蜀山派第二十七代掌門。
蜀山派開始正式重新招收女弟子。海邊壹個村莊愛好比武的人因為癡迷和人比武而導致村莊中人皆被海妖殺死之後，拜入蜀山派，習得高深劍術，道號罡斬。淩音淩波姐妹、鐵筆拜入蜀山派。
鎖妖塔倒塌過後，蜀山派開始大量與人界江湖門派交往，鎖妖塔原址由於連通了神魔之井，仍然為蜀山禁地所在。
姜清的女兒姜婉兒於峨眉山創立了仙霞派，所教術法為蜀山派和魔族武學的雜合。
鎖妖塔倒塌九年後，孔璘施展詭計，蜀山派掌門李逍遙因思念趙靈兒而被吸入幻畫卷軸，後被王小虎壹行所救。孔麟於五華山集齊三魔器喚醒魔尊，但立馬被李逍遙以壹人之力催動三十六天罡劍陣強行消滅。後王小虎、仙霞派沈欺霜、李憶如壹行人打敗千葉，基本平息了江湖的妖魔紛爭，武林稱為千葉之亂。
五年後，南林北沈退出江湖，李逍遙已出家，道號壹貧。四大世家的歐陽家門主歐陽英成為新任武林盟主，蜀山派遣年輕壹輩的出眾弟子鐵筆、淩音於品劍大會前往道賀，魔翳施展詭計，折劍山莊弟子姜承被江湖人士責為妖魔，斡旋無果後姜承改名姜世離，於蚩尤冢使自身蚩尤血脈覺醒，成為魔君，在覆天頂建立凈天教。蜀山弟子淩波因情放夜叉國龍溟盜走蜀山至寶神農鼎，自己也因三皇法陣重創而死於流光洞，草谷和罡斬發現其屍體後，將流光洞列為蜀山禁地，神農鼎在龍溟身死後由夏侯瑾軒等人還回了蜀山。
又五年後，凈天教發展成已威脅到武林所有正派的安危，蜀山派因為身為仙家而並不想過多插手武林紛爭，直到魔翳控制的人界傀儡凈天教軍師枯木趁神魔之井封印松動之機慫恿姜世離率眾攻打蜀山派鎖妖塔，李逍遙和太武因正施法封印而遭到重傷，草谷長老強行繼續施法維持封印導致身體異變，長老罡斬壹人在鎖妖塔以兵解鎮守住了封印並使凈天教撤軍。此事件後，蜀山派決定出世與江湖四大世家聯手，消滅凈天教 。
數月之後，蜀山派與武林正道集合精英，在李逍遙的領導下，攻上覆天頂，姜世離拒絕逃跑，被七聖用女媧血玉封印，凈天教八部尊者中的血手被蜀山長老青石、玉書封印，神農鼎被血手趁機打進神魔之井，其余尊者失蹤，凈天教從此在江湖中解散。
戰後，李逍遙心灰意冷，辭下了蜀山派掌門職務，太武接任蜀山派第二十八代掌門，蜀山派建立七聖制度，由七位長老擔任，建七宮。
鎖妖塔倒塌39年後，李逍遙偶遇姜世離之子姜雲凡，姜雲凡在唐雨柔的招親現場被發現為魔君之子，遭到非難。後姜雲凡、龍幽壹行從折劍山莊逃出，由李逍遙的外孫女小蠻帶領來到蜀山，李逍遙將姜雲凡收為入室弟子。凈天教余黨襲擊蜀山被擊退。姜雲凡為救出父親姜世離，強闖蜀山七宮，得到了三神器，想以逆天陣同時解救愛人唐雨柔和父親而犧牲自己，結果以唐雨柔之死解封了姜世離。
姜世離解封後重新召集了凈天教人手，消滅了昆侖派、丹丘門等大量門派，最終攻打蜀山派。蜀山派大部分弟子都決定留在山上與魔教決壹死戰。被凈天教大肆進攻將近滅派之時，姜雲凡在七聖幫助下領悟了修行化境，於鎖妖塔阻擊姜世離，最終神魔之井封印仍被破，魔翳率夜叉大軍攻上人界，姜世離與魔翳同歸於盡，龍幽指揮夜叉軍隊回到了魔界。
七聖將蜀山前山山體沈下封堵住神魔之井，蜀山派接納了凈天教的部分半魔留在山上，七聖和姜雲凡則不計年月地守護封印，直到完全穩固 。
自此後，蜀山派封山結印，禦劍術成為了江湖傳說。