協議存款主要適用於銀行與企業客戶或其他金融機構之間壹對壹存款，其金額、期限、利率等條件都是單獨約定的。而定期存款業務則適用於所有的客戶，無論是機構還是個人客戶。
協議存款需要銀行與企業或其他金融機構簽訂專門的協議，而定期存款則相對簡單，只需按照銀行的流程進行操作即可。