1.指數跟蹤的對象不同。科創板50ETF跟蹤的是上證科創板50指數，而科創50ETF跟蹤的是上證科創板50指數。
2.在基本概念上，兩者略有不同。科創板50ETF是指成分股為科創板50指數的ETF，科創50ETF則是指成分股為科創板50成分股的ETF。
3.在發行規模上也有所不同。科創板50ETF計劃募資不超過300億元人民幣，而科創50ETF募資規模較小，計劃募集資金不超過20億元人民幣。
4.在運作模式上也有所不同。科創板50ETF實行全場交易，即在交易所全天開放時間持續交易；而科創50ETF則屬於場內交易品種，只能在交易所上市期間交易。