1984年退役以後，杜伊科維奇開始了教練生涯。1982年至1988年，他分別擔任南斯拉夫澤蒙隊教練和紅星隊的助理教練。他在1988年至1989年間曾在阿聯酋工作過，隨後又返回南斯拉夫擔任紅星隊助理教練，並隨同紅星隊奪得了1991年歐洲冠軍杯賽冠軍。1992年，杜伊科維奇開始擔任委內瑞拉國家隊主教練。1995年他回國擔任南斯拉夫國青隊主教練。1996年，杜伊科維奇應邀前往緬甸擔任主教練但不久就前往委內瑞拉執教。2000年歐錦賽期間，杜伊科維奇擔任了南斯拉夫隊助理教練壹職。
杜伊科維奇2001年成為盧旺達國家隊的主教練，並在2004年首次將盧旺達帶進非洲國家杯賽決賽階段。杜伊科維奇2005年起開始執教加納隊，並成功帶領加納隊首次闖進世界杯決賽圈。2006年德國世界杯賽上，與意大利、美國和捷克隊同分在E組的加納隊，在杜伊科維奇的率領下，從小組中脫穎而出，闖進了十六強。在八分之壹決賽中，加納隊0：3不敵巴西隊。(完)