2008年6月22日淩晨，李樹芬溺水身亡停屍河邊到2008年6月28日，是甕安事件的“發酵期”。這7天裏，經《瞭望》新聞周刊記者調查，圍繞李樹芬之死，主要發生了以下壹些事情。
2008年6月22日淩晨0時27分，甕安縣公安局110指揮中心接到報警，稱西門河大堰橋處有女生跳河，請求出警。110指揮中心立即指令甕安縣城所在地雍陽鎮派出所民警出警。派出所值班民警田豐、張險峰接到指令後，驅車趕往現場。途中遇到聞訊趕來的李樹芬哥哥李樹勇及李樹芬表舅劉金學，將二人壹同帶到現場。到達現場後，由於沒帶打撈工具，田豐安排家屬撥打119通知消防隊員前來施救。約20分鐘後，十多名消防隊員趕到現場。消防隊員在河岸借助工具打撈半個多小時未果，便提出等天亮後再打撈。期間，李樹芬叔叔李秀忠等陸續趕到。
2008年6月22日淩晨2時許，消防隊員撤離，民警田豐、張險峰交待家屬繼續打撈，並按家屬請求，將在場人員劉言超、陳光權、王某帶回雍陽鎮派出所詢問，但未做筆錄。
2008年6月22日淩晨3時40分左右，死者家屬將李樹芬屍體打撈上岸，停放在橋頭七星村村民張友忠家的玉米地邊上。
2008年6月22日7時23分，民警向110指揮中心回復，死者家屬懷疑死者系他殺，請求轉刑偵處理。110指揮中心指令刑偵二中隊負責人唐仕平出警，並按刑偵隊隊長倪興雲指示，把劉言超等三人帶回刑偵隊做了筆錄，並聯系技術科科長周方沁壹起到現場進行了勘查和調查走訪。根據死者家屬要求，當天下午，縣公安局法醫胡仁強對死者屍檢，鑒定死者系溺水死亡。
2008年6月23日，李樹芬父親李秀華、母親羅平碧等人提出再次屍檢等要求。
2008年6月24日，甕安縣公安局調查認定死者溺水死亡系自殺，於當天下午向死者家屬送達了《不予立案通知書》和《屍體處理通知書》。死者家屬對公安機關的結論不服，未將屍體領回處理。當晚，縣政法委維穩辦副主任黃亞華參與繼續組織雙方調解，調解再次失敗。
2008年6月25日上午9時許，唐仕平等人帶李秀忠到現場指認打撈地點，然後回刑偵隊做筆錄。回到縣公安局，唐仕平安排李秀忠先去縣公安局大樓後的刑偵隊辦公樓等候。
李秀忠上到刑偵隊辦公樓三樓，走進第壹間辦公室，幹警張明問他：“有什麽事？”李秀忠連日來心裏有氣，回了句：“來玩的。”隨後雙方發生沖突，辦公室另外兩名幹警見狀上來拉開，李秀忠邊下樓邊喊“警察打人了”，並到前樓找到縣公安局副局長周國祥反映。周國祥安排倪興雲將李秀忠帶回刑偵隊查明情況，倪興雲安排唐仕平帶李秀忠去醫院檢查，然後找到張明詢問，並要求其寫出事件經過交局紀委。之後，聞訊趕來的李秀忠妻子蘭明菊和其妹李秀菊找到正在寫經過的張明，雙方發生抓扯，蘭明菊用高跟鞋打了張明。倪興雲等人聞訊趕來制止，並報告周國祥和局長申貴榮，申貴榮指示將蘭明菊和李秀菊帶到看守所關押。此時，在去醫院路上，唐仕平接到倪興雲電話，說李秀忠妻子打了張明，便與李秀忠壹起返回公安局。當天中午，縣教育局副局長嚴軍將李秀忠從縣公安局帶回縣教育局。
2008年6月25日下午17時40分，李秀忠到雍陽鎮派出所做筆錄結束後返回縣教育局。18時許，李秀忠離開縣教育局，經縣保險公司門口，正在給親屬打電話時，幾個不明身份的人突然從後面沖上來追打，致使其輕微腦震蕩、頭皮損傷、胸腹部軟組織損傷、鼻骨骨折。縣公安局黨委得知此事後，立即召開會議，並通知張明到會，張明矢口否認李秀忠被打是其所為，局黨委當場決定，沒收張明佩槍，停止其執行職務15天，同時安排法制科、巡警大隊工作人員將蘭明菊、李秀菊二人釋放。事後調查表明，李秀忠被打確系張明在幕後指使。
此時，關於李樹芬之死，甕安縣城正謠言四起。中間發生的這壹節外生枝的插曲，無疑火上澆油，使得更多市民對李樹芬死因產生了懷疑，對公安機關執法的公正性也產生了懷疑。事後看來，可以說這場沖突對整個事件急轉直下的變化起到了推波助瀾的作用。
2008年6月26日淩晨1時左右，州公安局指派的法醫王代興對李樹芬屍體再次進行屍檢，仍維持溺水死亡的結論，家屬則堅持有奸殺嫌疑。甕安縣委常委、政法委書記、公安局政委羅來平等人繼續做家屬工作至淩晨4時40分，調解最終失敗。
2008年6月27日零時左右，死者表舅劉金學打電話給副縣長肖松，說死者家屬已同意調解方案，並約定28日上午9時簽訂協議，下午安葬。
2008年6月28日9時30分，劉金學突然又給肖松打電話，稱家屬反悔，他代表不了死者家屬意見。肖松要劉金學繼續做死者家屬工作，並要求當天下午必須把屍體擡走處理。當天上午，公安局再次向死者家屬送達了《屍體處理催辦通知書》，限死者家屬必須於當天下午17時前把屍體擡走處理。