半世紀以來，有關克萊伯之死的各種版本層出不窮。
有人認為，克萊伯是被蘇聯蛙人幹掉的。
有人稱，他在執行任務時被蘇軍用麻醉槍擊昏，在被帶到蘇聯洗腦後，成了蘇聯蛙人的教官。甚至還有人有板有眼地說，克萊伯其實早就被蘇聯克格勃“招降”，成了蘇聯間諜，這次只是找到了壹個機會叛逃，在蘇聯，他已當上了黑海艦隊水下特種行動司令部的指揮官。
還有人認為，是軍情六處借機安排他作為臥底打入了蘇聯海軍。還有壹種說法是“自己人”殺人滅口，說克萊伯行動時遇上故障，軍情六處為避免曝光而將其殺死。1990年，壹位前蘇聯海軍情報官員曾公開證實，克萊伯是在執行任務時被蘇聯人發現後擊斃的。
2006年3月，英國《星期日郵報》推出了克萊伯失蹤之謎的新版本：他是被英國情報部門暗殺的。消息源自克萊伯的昔日搭檔西德尼·諾利斯。據他透露，退役後的克萊伯因身體和經濟原因情緒低落，產生了叛逃蘇聯的念頭。情報部門獲悉後決定對他采取行動。他們設下圈套，在克萊伯下水後派壹個身手更利落的蛙人將他殺死。西德尼“奉命”認屍，但那顯然不是他的屍體。後來，西德尼曾打算向壹名傳記作者透露此事，結果有人威脅要他的命。
去年10月，英國國家檔案館解密了壹批文件，透露了克萊伯失蹤前的壹些片斷。據和他壹起上船的那名男子回憶，“克萊伯當時攜帶的氧氣足夠使用兩個小時。下水後他曾浮出水面，因為呼吸器出了點小問題。稍做調整後他再次入水，此後就再沒上來”。
這名男子本打算報警，但上司命令他立即返回。但這些文件還是沒有解開克萊伯失蹤謎團。
國家檔案館的霍華德·戴維斯表示，官方的掩飾行為表明，克萊伯壹案還有更多細節沒有浮出水面。這個“冷戰最大懸疑”的謎底，恐怕要等到50年後文件正式解密時才能揭曉了。