故事情節依舊發生了大規模的改動，甚至改得有些讓人難以接受。
上部說到六大門派被趙敏全部抓到了萬安寺，明教開始展開了大規模的營救，《聖火雄風》的故事也就此拉開了帷幕。值得壹提的是，玄冥二老竟然在萬安寺頂被亂箭射死壹個，被滅絕打死壹個，這前期算是武力小巔峰的人物，就這樣憋屈的結束了其罪惡的壹生。
萬安寺壹役結束後，張無忌獨自帶小昭、趙敏還有周芷若前往極北之地—冰火島接義父金毛獅王謝遜。剛上島就遇到了波斯總教的三使和紫衫龍王，聖火令現身。
張無忌在趙敏的幫助下，悟出了聖火令的神功，擊潰了三使的合擊。但波斯總教推出了大炮，同時紫衫龍王也以自焚獻教要挾小昭。最終，小昭被迫妥協出任波斯總教的聖女教主，遠赴西域。
29年前，王晶導演的《倚天屠龍記之魔教教主》耗資巨大，李連傑、邱淑貞、張敏、黎姿等眾星雲集，動作指導洪金寶，故事緊湊且相應的改動也是流行的新武俠風貌，但續集《聖火令》卻腹死胎中。
壹方面耗資巨大；另壹方面就是新武俠電影逐步式微，令這樣的大投入項目不得不終止。王晶說這壹直是當年的遺憾，而且還帶著壹股怨念，也就在如今帶來了這部作品。
拋開演員的，能從電影裏看出，王晶這次是打足了精神，上壹部《九陽神功》堪稱更換演員之後的重新洗牌+本作預告片，《聖火雄風》才是主菜。
故事緊接前作，開場就是氣勢磅礴的大都營救，從宏觀場面和局部角色刻畫都相當唬人，而全片最佳當屬冰火島上的兩場大戰，漫天白雪的素色背景下，張無忌大戰風雲月三使，倚天劍的劍氣PK聖火令的怪異招式，寒霜與火焰的交融，還原了原著之中的冰火島大戰。