2000年，深圳足球俱樂部為了加強梯隊建設決定加大投入，將原來的二隊分成二隊和三隊兩支隊伍。
2003年又組建了U15隊，2004年深足陷入動蕩致梯隊建設停滯，梯隊合並繼續參加全國U-17聯賽、U-19聯賽。
2007年，深足與保定鴻鵠足球俱樂部簽署梯隊合作協議，建立深足後備梯隊人才基地。
2008年9月深足梯隊以“香雪上清飲”之名征戰2008年－09年香港甲組足球聯賽，深圳隊創造壹項記錄就是成為首支同時征戰內地和香港聯賽的球隊。但結果位列榜末而需降級到香港乙組足球聯賽。最終隨著降級二隊也退出香港聯賽。
2009年，南山少年足球倶樂部以提供訓練基地及隊員的方式入股深圳隊，南山少年隊的隊員成為深足梯隊的隊員，深足的二、三線隊伍亦代表深圳參加廣東省運會和廣東省中學生運動會。南山青少年俱樂部、前任助教謝育新帶領的鹽田少年隊都作為深足梯隊。但隨著範育紅下課、謝育新到廣州市二線隊任職後，深足與兩者的關系發生了重大改變。
2013年，深圳紅鉆授權新鄉市綠茵青少年體育俱樂部成立深圳紅鉆足球俱樂部後備人才訓練基地。開展U系列梯隊訓練和組建。2013年，與陳永強足球培訓班合作開展青少年足球培訓工作。
2013年，與前外援馬裏科與同樣曾效力深足的日科夫壹起攜手深圳紅鉆俱樂部，合作成立了“深圳紅鉆足球俱樂部馬裏科+日科夫青少年足球培訓班”。