慕尼黑擁有非常古老的體育傳統。1860年和1879年。兩家分別名叫TSV和MTV的體操俱樂部分別在慕尼黑建立。1900年，MTV體操俱樂部演變成為拜仁慕尼黑足球俱樂部。本世紀初，巴伐利亞的球隊都是參加南德聯賽，獲勝者才有機會參加全國聯賽的復賽。最初在南德聯賽中稱王稱霸的是紐倫堡隊。那時候的拜仁慕尼黑隊雖然在1932年擊敗法蘭克福，奪得過全國聯賽的冠軍，但名氣並不大，而且連續25年與冠軍無緣。
拜仁慕尼黑隊的支持者主要集中在城市的北部，而城南的人們大都支持慕尼黑1860隊。別看現在的拜仁慕尼黑隊已成為無可爭議的綠茵豪門，但在1963年西德職業聯賽建立之初的時候，根據西德足協的規定，每座城市只能選派壹支球隊參賽，慕尼黑的代表並不是拜仁，而是1860隊。1964年，慕尼黑1860對隊的老板紐德克爾連續兩年拒絕在自己的俱樂部中推行職業化奪得了德國杯賽的冠軍，第二年還進入了歐洲冠軍杯賽的決賽，但令人難以理解的是，1860，使球隊喪失了進壹步向超級球隊行列進軍的絕好機會。
1965年，拜仁慕尼黑隊逐漸崛起，進入了職業聯賽行列。為拜仁慕尼黑隊打開局面初建輝煌的是本土球星－－貝肯鮑爾.邁爾和穆勒。加之現代化，職業化的管理以及網羅球星的能力，拜仁慕尼黑隊迅速超過了同城對手慕尼黑1850隊。終於成為了德國乃至全歐洲的超壹流球隊。1966年，拜仁慕尼黑奪得了德國杯賽的冠軍，第二年又捧回了歐洲優勝者杯。在歐洲賽場上的勝利終於使德國足壇開始對拜仁慕尼黑隊刮目相看了。那時候拜仁慕尼黑隊還只不過是德國足壇的中遊球隊。南斯拉夫籍主教練卡捷克夫斯基為球隊確定了快速.敢於冒險.講究整體的打發。1968年，澤貝奇接替同胞卡捷克夫斯基出任主教練。他所塑造的球隊紀律更加嚴明，那時候的歐洲足壇勁旅幾乎很難擊敗拜仁慕尼黑隊。在1968－69賽季中，拜仁慕尼黑隊在聯賽中壹馬當先，最終以領先第二名8分的優勢奪得了冠軍，隨後在德國杯決賽中戰勝沙爾克04隊，歷史上首次實現了“雙冠王”的夢想。
1970年3月，澤貝奇被西德足協聘請為國家隊主教練，德國籍助理教練拉迪克接替帥位。拉迪克從此開創了拜仁慕尼黑隊輝煌的壹頁。此後的四年多時間裏，球隊保持了主場連續73場不敗的記錄，從1972年開始連續三個賽季奪得聯賽冠軍。1973年，拜仁慕尼黑隊為西德國家隊輸送了包括貝肯鮑爾在內的6名國腳，協助國家隊在1974年壹舉奪得世界杯。
1973年，在歐洲冠軍杯賽四分之壹決賽中，阿賈克斯隊以4比0重創拜仁慕尼黑隊，氣得門將邁爾回到飯店後把手套從窗口甩了出去。這段時間內，拜仁慕尼黑隊和貝肯鮑爾本人大都大受荷蘭全攻全守打法的影響。貝肯鮑爾從前衛的位置上退到了“清道夫”這個角色上，他攻守兼備，使球隊充滿了活力。拜仁慕尼黑隊最輝煌的戰績是在70年代連續三年奪得歐洲冠軍杯。在此之前只有皇家馬德裏和阿賈克斯隊成就過如此的霸業。
1979年，門將邁爾因為遭遇車禍受傷被迫退出了拜仁慕尼黑隊，他是與貝肯鮑爾同屬壹個時代的球星中最後壹個離開拜仁慕尼黑隊的。他的離去標誌著“綠茵豪門”壹個時代的結束。1980年，球隊在匈牙利籍主教練科塞納的率領下再次奪得聯賽冠軍，這位教練最與眾不同的是，辛虧他拿到了冠軍，否則他的風格肯定會遭到人們恥笑。1981年，拜仁慕尼黑隊再奪冠軍，而這壹年最大的收獲並不是冠軍獎杯，而是發現了新的領袖人物－－－魯梅尼格。1982年，魯梅尼格協助球隊奪得了德國杯賽冠軍和歐洲冠軍杯賽的亞軍。1984年，魯梅尼格被拜仁慕尼黑隊賣給了國際米蘭隊。為了填補魯梅尼格的位置，1985年拜仁慕尼黑隊從門興格拉德巴赫引進了新秀馬特烏斯。當年便獲得了聯賽冠軍。那也是該隊在六年中第五次奪冠。此後15年中，馬特烏斯為球隊立下了汗馬功勞，直到今年2000年3月才告別了榮譽之地，遠赴美國職業大聯盟踢球。1987年，拜仁慕尼黑隊還曾進入了歐洲冠軍杯賽的決賽，但不幸負於波爾圖隊。
進入90年代以後，拜仁慕尼黑隊處境艱難，原來壹直引以為豪的青少年球員培養系統並沒有為綠茵豪門及時地輸送壹流的人才，這使球隊實力有所下降，成績起伏不定。1994年，貝肯鮑爾重翻拜仁慕尼黑隊出任主教練率隊奪得聯賽冠軍。第二年，在剛剛建立的歐洲冠軍聯賽中，球隊的表現不錯，只是在半決賽中負於阿賈克斯隊。此後，貝肯鮑爾成為了俱樂部高級管理層中的壹員，他為球隊請來了意大利“金牌教練”特拉怕托尼。只可惜第壹賽季“金牌教練”表現欠佳，在聯賽最終排名僅為第六名，無奈之下也只好壹走了之。接任的是曾在不萊梅隊創造過奇跡的雷哈格爾。可是這位名帥與馬特烏斯和克林斯曼兩位球員之間的關系搞得非常緊張，貝肯鮑爾對雷哈格爾也越來越喪失信心，公開在電視節目中職責雷哈格爾，賽季還沒結束，正在冠軍爭奪戰如火如荼之時，貝肯鮑爾便將雷哈格爾解職，自己親自上陣。
拜仁慕尼黑隊並未能給貝肯鮑爾撤換主教練找到合理的原因，球隊接連在最後時刻輸給不萊梅和沙爾克04, 多特蒙德趁亂登基奪冠。好在球隊在歐洲聯盟杯賽中擊敗波而圖隊奪冠。克林斯曼個人表現異常突出。拜仁慕尼黑隊就此成為了歐洲足壇為數不多三大杯都曾奪過的球隊。1996年夏天，貝肯鮑爾成為俱樂部總經理，他再次請來了特拉怕托尼，這壹次“金牌教練”沒有讓俱樂部失望，奪回了聯賽冠軍。第二年，凱澤斯勞滕隊殺回甲級行列當年便奪得了聯賽冠軍。
1998年，拜仁慕尼黑隊在特拉怕托尼的率領下奪得了德國杯賽冠軍，但同壹年貝肯鮑爾還是用希斯費爾德換下了特拉怕托尼。希斯費爾德上任後球隊面貌得到大大的改觀。他很快便率領球隊連續三年蟬聯聯賽冠軍。但是，1999年的冠軍聯賽決賽卻給希斯費爾德和拜仁帶來了難以撫平的傷痛。然而，希斯費爾德相信“妳只有忘記傷痛，才能給自己制定新的目標”。兩年之後，他率領拜仁隊在歐洲冠軍聯賽中卷土重來，在冠軍杯決賽中力克瓦倫西亞第四次奪得歐洲冠軍杯。
在這新世紀的第壹年裏，這支來自巴伐利亞的球隊用遲來的雙冠王向世人證明了“王者拜仁 ”的泱泱霸氣。無論是聯賽最後壹輪安德森進球後的絕處逢生，還是冠軍杯獅王卡恩最後壹撲的鎮守龍門，慕尼黑以他特有的堅強意誌喚起了壹個鼎盛的拜仁王朝的到來。然後隨後到來的 01-02賽季，拜仁慕尼黑戰績卻不甚理想。在聯賽中以距榜首兩分之差名列第三，冠軍杯以凈 勝球劣勢惜敗，未能進入四強。唯壹值得安慰的是在01年歲末的豐田杯決賽上，拜仁力克博卡 青年最終歷史第二次捧杯。02-03賽季，拜仁慕尼黑重整旗鼓，在人員方面做出了重大的調整 。隨著中場核心埃芬伯格的離去，隊內補充了世界杯上大放異彩的德國新任領軍人物巴拉克， 而中場天才小將戴斯勒及勒沃庫森主力澤羅伯托等人的加盟使得拜仁的中場空前強大。果不其 然，在隨後參加的皇馬百年慶典上，球隊以“白色芭蕾”震撼伯納烏，捧杯而歸，隨即拉開了 新賽季的序幕。聯賽中的拜仁慕尼黑壹騎絕塵，自第五輪開始便遙遙領先，直至最後提前四輪 奪冠。在賽末的德國杯決賽上拜仁擊敗凱澤斯勞騰，順利拿到了國內的雙冠王。
2002-2003賽季，拜仁慕尼黑重整旗鼓，在人員方面做出了重大的調整 。隨著中場核心埃芬伯格的離去，隊內補充了世界杯上大放異彩的德國新任領軍人物巴拉克， 而中場天才小將戴斯勒及勒沃庫森主力澤羅伯托等人的加盟使得拜仁的中場空前強大。果不其然，在隨後參加的皇馬百年慶典上，球隊以“白色芭蕾”震撼伯納烏，捧杯而歸，隨即拉開了 新賽季的序幕。聯賽中的拜仁慕尼黑壹騎絕塵，自第五輪開始便遙遙領先，直至最後提前四輪奪冠。在賽末的德國杯決賽上拜仁擊敗凱澤斯勞騰，順利拿到了國內的雙冠王。
然而，球隊在國際賽場的表現顯然不能令人滿意，於是本賽季初，拜仁不惜重金買入歐洲金靴馬凱充實鋒線，這個拜仁歷史上身價最高的荷蘭人沒有讓球迷失望，在經過短暫的適應之後迎來了自己的進 球狂潮。但是，壹個前鋒並不足以拯救拜仁。舊核心離去後的新壹套人員及戰術打法仍處於壹 個不確定的動蕩時期，拜仁還沒有找到自己最準確的定位。不理想的戰績在困擾著球隊，然而 ，“寶劍鋒從磨礪出”，任何球隊都要經過壹個階段性的蛻變過程。我們有理由相信，拜仁慕 尼黑——這個鐵血王者，將在不遠的未來涅槃重生、再塑輝煌！