小賢升為小學五年級，變成了通曉8國語言，小學5年級就有超高的電腦操作技術，在各方面都表現傑出的天才少年。在與秋山遼的大冒險之後，被黑暗種子附身的小賢，在哥哥死後進入數碼世界的黑暗之海把數碼機染黑並升級成第壹臺D-3。因被植入黑暗種子，引發黑暗面（可以
機械暴龍獸（病毒種）
說是另壹人格的暴龍改造者（壹乘寺賢）當上了數碼皇帝（他變成暴龍改造者是因為收到及川悠紀夫（即變種吸血魔獸）的壹封電郵而變成的） ，大肆破壞數碼世界，捕獵數碼獸並加以改造成無敵的數碼獸，綁架太壹的亞古獸並用黑暗魔環套入亞古獸的脖子，並要求其進化成機械暴龍獸，誰知道卻進化成喪屍暴龍獸，其後喪屍暴龍獸因為沒有力量的關系退化成亞古獸，暴龍改造者把新的邪惡螺旋環安在亞古獸身上，其進化成病毒型的機械暴龍獸。機械暴龍獸攻擊新的被選中的孩子、太壹及阿和。其後在與大輔的戰鬥中大輔亦找到了屬於友誼的裝甲，v仔獸裝甲進化終於成雷龍獸，並與加魯魯獸合力把黑暗螺旋環破壞，令亞古獸變回正常狀態。基米拉獸是暴龍改造者集合了比多獸的頭部，天使獸和飛龍獸的翅膀，惡魔獸、喪屍暴龍獸和古加獸的爪，角龍獸的尾巴，加魯魯獸的雙腿，更有暴龍獸的身體和機械暴龍獸的頭發而融合成的數碼獸，它理論上不能征服，走來走去破壞數碼世界。他的攻擊是如此的有力以致於即使和它察肩而過時，也會受到傷害。後來蟲蟲獸犧牲了自己，讓金甲龍獸消滅了它
企圖搶奪黑暗種子的變種吸血魔獸
……但千年獸後來被秋山遼消滅，死前放出無數黑暗種子，打中了小賢，使他後來成為了暴龍改造者，千年獸自己雖然死去，它的靈魂卻未消失，進化成月之千年獸，繼續和秋山遼戰鬥，給他制造麻煩……從時空角度來看，小賢被植入黑暗種子、成為暴龍改造者並造出基米拉獸或許是壹種必然）後來蟲蟲獸的死令暴龍改造者恢復成壹乘寺賢。