1、參保人群不同：壹老壹小保險針對城鎮無保障的老年人、在校學生以及學齡前嬰幼兒提供基本醫療保障。新型農村合作醫療針對農村居民，包括農民和其他符合條件的居民。
2、待遇範圍不同：壹個老、壹個小的做法為了解決城鎮無保障的老年人和在校學生及學齡前嬰幼兒的基本醫療需求，壹老壹小保險提供門診報銷待遇，實現持卡就醫、即時結算。新型農村合作醫療更全面地覆蓋住院、意外傷害、人身傷亡養老方面的保障。