事業單位在編和不在編的區別主要是：
第壹：合同。在編的員工很多都是長期合同或無固定期限合同，由用人機構直接簽署；不在編的員工合同多為派遣公司代理，也就是所謂的勞務輸出，就算是用人機構簽訂合同，也是短期合同。
第二：社會保險（包含社保、醫療、公積金等）。在編享受的是用人機構統壹的繳納標準；不在編的如果是派遣公司簽合同的話，就是由派遣公司負責繳納。（這個其實差別不大，因為福利繳納主要有國家調控）
第三：福利（包括節日慰問、年貨、旅遊等）在編員工完全享受用人機構的福利政策；不在編的員工享受部分福利。
第四：節假日無差別。全部按照國家規定的執行
第五：晉升。在編的員工根據工齡、能力（社會背景）有壹定的晉升空間，不在編的原則上不在晉升範圍內